PDB-4gio: Crystal structure of Campylobacter jejuni cj0090

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gio

タイトル

Crystal structure of Campylobacter jejuni cj0090

要素

Putative lipoprotein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / LIPOPROTEIN

機能・相同性

Immunoglobulin-like - #3230 / Protein of unknown function DUF1425 / YcfL-like superfamily / Protein of unknown function (DUF1425) / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / BROMIDE ION / Putative lipoprotein

機能・相同性情報

生物種

Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kawai, F. / Yeo, H.J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the Campylobacter jejuni Cj0090 protein reveals a novel variant of the immunoglobulin fold among bacterial lipoproteins.
著者: Paek, S. / Kawai, F. / Choi, K.J. / Yeo, H.J.

履歴

登録	2012年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月14日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gio.cif.gz	53.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gio.ent.gz	39.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gio.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gio_validation.pdf.gz	433.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gio_full_validation.pdf.gz	435.8 KB	表示
XML形式データ	4gio_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	4gio_validation.cif.gz	15 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/4gio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/4gio	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3vuw-1 4m4m-d 4m4i-d 6gv0-d 3ezi-4 3fq9-d 4odr-1 4yw7-6 4m4l-d 2zp6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative lipoprotein

B: Putative lipoprotein

ヘテロ分子

24.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative lipoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative lipoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.151, 51.151, 186.786
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Putative lipoprotein 分子量: 12307.028 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 16-122 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター) 株: NCTC 11168 / 遺伝子: Cj0090 / プラスミド: PET45B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0PC47
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES, PH 7.0, 0.8M NACL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 288K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月8日
放射	モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 19705 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.071
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.313 / % possible all: 88.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
SHELX		モデル構築
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→19.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 3.601 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.244	1006	5.1 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.198	19699	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.46 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1568	0	3	133	1704

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.847	1.971	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.084	5	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.435	24.25	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.086	15	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.644	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.155	0.2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.315	1.5	954
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.374	2	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.696	3	636
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.208	4.5	598
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	64	-
R_work	0.264	1208	-
obs	-	-	100 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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