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- PDB-4gin: Crystal structure of the MUTB R284C mutant from crystals soaked w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gin
タイトルCrystal structure of the MUTB R284C mutant from crystals soaked with the inhibitor deoxynojirimycin
要素Sucrose isomerase
キーワードISOMERASE / MUTANT ENZYME / TIM-BARREL(BETA/ALPHA)8 / SUCROSE ISOMERASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / TREHALULOSE SYNTHASE / GH13 FAMILY(CAZY DATABASE) / CALCIUM BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan 1,4-alpha-maltotriohydrolase activity / oligo-1,6-glucosidase activity / maltose catabolic process / : / sucrose alpha-glucosidase activity / sucrose catabolic process / alpha-amylase activity / amino acid transport / isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase, C-terminal (DUF3459) / Domain of unknown function (DUF3459) / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta ...Glycosyl hydrolase, C-terminal (DUF3459) / Domain of unknown function (DUF3459) / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sucrose isomerase / Sucrose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lipski, A. / Ravaud, S. / Robert, X. / Haser, R. / Aghajari, N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Mutations inducing an active-site aperture in Rhizobium sp. sucrose isomerase confer hydrolytic activity
著者: Lipski, A. / Watzlawick, H. / Ravaud, S. / Robert, X. / Rhimi, M. / Haser, R. / Mattes, R. / Aghajari, N.
履歴
登録2012年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sucrose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2246
ポリマ－66,8151
非ポリマー4085
水12,899716
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.8, 89.7, 91.6
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sucrose isomerase / Trehalulose synthase


分子量: 66815.344 Da / 分子数: 1 / 変異: R284C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium (根粒菌) / 株: MX-45 / 遺伝子: mutB / プラスミド: PHWG659.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: Q2PS28, UniProt: M1E1F6*PLUS, EC: 5.4.11.99
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 716 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.26 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl, 12%(w/v) PEG20000, 0.01M L-Cysteine, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9699 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月3日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9699 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44.85 Å / Num. all: 55036 / Num. obs: 55036 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZJA

1zja


解像度: 1.9→44.85 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 15.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1806 5580 10.14 %RANDOM
Rwork0.1399 ---
obs0.144 55017 99.9 %-
all-55017 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4453 0 25 716 5194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084666
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0956351
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7431687
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085645
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005840
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9-1.92160.24141680.18941638100
1.9216-1.94420.2032010.16571618100
1.9442-1.96790.19741920.1551599100
1.9679-1.99280.19511910.14991629100
1.9928-2.01910.20951790.14951615100
2.0191-2.04670.19781790.15081662100
2.0467-2.0760.1931960.15011615100
2.076-2.10690.19251540.14851638100
2.1069-2.13990.18872010.13681622100
2.1399-2.17490.19151650.141648100
2.1749-2.21240.18311830.14371630100
2.2124-2.25270.20351940.14511613100
2.2527-2.2960.20541700.14081670100
2.296-2.34290.16812010.13381612100
2.3429-2.39380.171870.13291636100
2.3938-2.44950.19371960.13841619100
2.4495-2.51070.19781910.12941645100
2.5107-2.57860.17641780.13741622100
2.5786-2.65450.16841760.13531651100
2.6545-2.74020.17371770.13651655100
2.7402-2.83810.17922000.14191650100
2.8381-2.95170.19451960.14421628100
2.9517-3.0860.18891810.1461665100
3.086-3.24860.1962050.14361657100
3.2486-3.45210.18421720.13891668100
3.4521-3.71850.14861960.13151649100
3.7185-4.09250.15951590.12191708100
4.0925-4.68420.15191910.11551690100
4.6842-5.89940.16162040.13141704100
5.8994-44.86250.17911970.168178199
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.4763 Å / Origin y: 12.5386 Å / Origin z: 14.8503 Å
111213212223313233
T0.0911 Å20.0085 Å20.0051 Å2-0.0764 Å2-0.0003 Å2--0.0762 Å2
L0.4872 °20.0723 °20.0739 °2-0.6844 °2-0.0711 °2--0.4728 °2
S0.0146 Å °-0.0211 Å °-0.005 Å °-0.0159 Å °0.0022 Å °-0.0731 Å °0.0068 Å °0.0178 Å °-0.0186 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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