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- PDB-4ght: Crystal structure of EV71 3C proteinase in complex with AG7088 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ght
タイトルCrystal structure of EV71 3C proteinase in complex with AG7088
要素3C proteinase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE / CYSTEINE PROTEINASE / INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AG7 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Chen, C. / Wu, C. / Cai, Q. / Li, N. / Peng, X. / Cai, Y. / Yin, K. / Chen, X. / Wang, X. / Zhang, R. ...Chen, C. / Wu, C. / Cai, Q. / Li, N. / Peng, X. / Cai, Y. / Yin, K. / Chen, X. / Wang, X. / Zhang, R. / Liu, L. / Chen, S. / Li, J. / Lin, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structures of Enterovirus 71 3C proteinase (strain E2004104-TW-CDC) and its complex with rupintrivir
著者: Wu, C. / Cai, Q. / Chen, C. / Li, N. / Peng, X. / Cai, Y. / Yin, K. / Chen, X. / Wang, X. / Zhang, R. / Liu, L. / Chen, S. / Li, J. / Lin, T.
履歴
登録2012年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C proteinase
B: 3C proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9844
ポリマ－42,7832
非ポリマー1,2012
水3,495194
1
A: 3C proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9922
ポリマ－21,3911
非ポリマー6011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 3C proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9922
ポリマ－21,3911
非ポリマー6011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area15540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.885, 64.254, 75.811
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 180 / Label seq-ID: 1 - 181

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 3C proteinase


分子量: 21391.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
株: E2004104-TW-CDC / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9XG43, picornain 3C
#2: 化合物 ChemComp-AG7 / 4-{2-(4-FLUORO-BENZYL)-6-METHYL-5-[(5-METHYL-ISOXAZOLE-3-CARBONYL)-AMINO]-4-OXO-HEPTANOYLAMINO}-5-(2-OXO-PYRROLIDIN-3-YL)-PENTANOIC ACID ETHYL ESTER / RUPINTRIVIR, bound form


分子量: 600.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H41FN4O7
コメント: 抗ウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.36 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris, 25% PEG4000, 0.8M lithium chloride, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. all: 23079 / Num. obs: 23064 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.47 % / Rmerge(I) obs: 0.1111 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 1.96→2.03 Å / 冗長度: 6.56 % / Rmerge(I) obs: 0.4926 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique all: 2255

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
AUTOMARデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4GHQ

4ghq


解像度: 1.96→48.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 5.047 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2794 1182 5.1 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.2086 23079 --
obs0.2086 23014 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.51 Å2 / Biso mean: 26.1554 Å2 / Biso min: 9.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→48.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2802 0 86 194 3082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0192948
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022872
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9061.993994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.41236588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6685360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.94623.71124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.75815494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1891520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02676
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11048 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.011 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 88 -
Rwork0.288 1583 -
all-1671 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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