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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gh5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of S-2-hydroxypropyl coenzyme M dehydrogenase (S-HPCDH) | ||||||
![]() | Short-chain dehydrogenase/reductase SDR | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bakelar, J.W. / Johnson, S.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of S-HPCDH reveal determinants of stereospecificity for R- and S-hydroxypropyl-coenzyme M dehydrogenases. 著者: Bakelar, J.W. / Sliwa, D.A. / Johnson, S.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 206.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 164.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 68.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27112.775 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Py2 / 遺伝子: Xaut_5073 / プラスミド: pET28-b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.52 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.35M ammonium acetate, 27% polyethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年9月2日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→35 Å / Num. all: 113574 / Num. obs: 113574 / % possible obs: 16 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 25.75 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique all: 9812 / Rsym value: 0.423 / % possible all: 86 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2CFC 解像度: 1.6→26.425 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.254 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.77 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→26.425 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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