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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gh2 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the CHK1 | ||||||
![]() | Serine/threonine-protein kinase Chk1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic centrosome separation / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of gene expression, epigenetic ...negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic centrosome separation / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of gene expression, epigenetic / nucleus organization / cellular response to caffeine / Transcriptional Regulation by E2F6 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / replicative senescence / signal transduction in response to DNA damage / Activation of ATR in response to replication stress / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / positive regulation of cell cycle / regulation of signal transduction by p53 class mediator / condensed nuclear chromosome / replication fork / DNA damage checkpoint signaling / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / peptidyl-threonine phosphorylation / G2/M DNA damage checkpoint / Signaling by SCF-KIT / cellular response to mechanical stimulus / G2/M transition of mitotic cell cycle / regulation of cell population proliferation / Processing of DNA double-strand break ends / DNA replication / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / chromatin remodeling / protein domain specific binding / protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / apoptotic process / DNA damage response / chromatin / protein-containing complex / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kang, Y.N. / Stuckey, J.A. / Chang, P. / Russell, A.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the CHK1 著者: Kang, Y.N. / Stuckey, J.A. / Chang, P. / Russell, A.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 131.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 772.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 773.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4fsmC ![]() 4fsnC ![]() 4fsqC ![]() 4fsrC ![]() 4fstC ![]() 4fsuC ![]() 4fswC ![]() 4fsyC ![]() 4fszC ![]() 4ft0C ![]() 4ft3C ![]() 4ft5C ![]() 4ft7C ![]() 4ft9C ![]() 4ftaC ![]() 4ftcC ![]() 4ftiC ![]() 4ftjC ![]() 4ftkC ![]() 4ftlC ![]() 4ftmC ![]() 4ftnC ![]() 4ftoC ![]() 4ftqC ![]() 4ftrC ![]() 4fttC ![]() 4ftuC ![]() 3ot3S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 32186.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: O14757, non-specific serine/threonine protein kinase |
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-非ポリマー , 5種, 219分子 ![](data/chem/img/HK0.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HK0 / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-IPA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 8000, Isopropanol, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Osmic Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.02→50 Å / Num. all: 22506 / Num. obs: 21719 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 25.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 13.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3OT3 解像度: 2.03→44.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9522 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9437 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32.1 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→44.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.03→2.13 Å / Total num. of bins used: 11
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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