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- PDB-4ggp: Crystal Structure of Selenomethionine containing Trans-2-Enoyl-Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ggp
タイトルCrystal Structure of Selenomethionine containing Trans-2-Enoyl-CoA Reductase from Treponema denticola
要素Trans-2-enoyl-CoA reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / Reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NAD+) / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD binding / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / Trans-2-enoyl-CoA reductase / Enoyl reductase FAD binding domain / Trans-2-enoyl-CoA reductase catalytic domain, putative / Enoyl reductase FAD binding domain / Trans-2-enoyl-CoA reductase catalytic region / NAD(P)H binding domain of trans-2-enoyl-CoA reductase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trans-2-enoyl-CoA reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Treponema denticola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Bond-Watts, B.B. / Weeks, A.M. / Chang, M.C.Y.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of the trans-Enoyl-CoA Reductase from Treponema denticola.
著者: Bond-Watts, B.B. / Weeks, A.M. / Chang, M.C.
履歴
登録2012年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月10日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trans-2-enoyl-CoA reductase
B: Trans-2-enoyl-CoA reductase
C: Trans-2-enoyl-CoA reductase
D: Trans-2-enoyl-CoA reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,5414
ポリマ－177,5414
非ポリマー00
水9,818545
1
A: Trans-2-enoyl-CoA reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3851
ポリマ－44,3851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Trans-2-enoyl-CoA reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3851
ポリマ－44,3851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Trans-2-enoyl-CoA reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3851
ポリマ－44,3851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Trans-2-enoyl-CoA reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3851
ポリマ－44,3851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.580, 87.680, 91.990
Angle α, β, γ (deg.)106.248, 109.854, 98.335
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Trans-2-enoyl-CoA reductase


分子量: 44385.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema denticola (バクテリア)
株: ATCC 35405 / 遺伝子: TDE_0597 / プラスミド: pET23a-His10-Tev / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q73Q47, acetoacetyl-CoA reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化温度: 291 K / pH: 7.5
詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 7.5, 25% PEG 6000, 2.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.979, 0.957
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月27日
放射モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.9571
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 114220 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 39.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 20.67
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.599 / Mean I/σ(I) obs: 4.38 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXAutoSolモデル構築
AutoBuildモデル構築
PHENIXAutoRefine精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIXAUTOSOL位相決定
AUTOBUILD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.05→19.47 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 2 / 位相誤差: 23.48 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2145 5182 5.065 %
Rwork0.1822 --
obs0.1838 103632 97.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.916 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12316 0 0 545 12861
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00412536
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78316916
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7224696
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571872
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032196
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.07330.28691690.24983202X-RAY DIFFRACTION96
2.0733-2.09760.28061720.23883278X-RAY DIFFRACTION96
2.0976-2.12320.25311710.22943239X-RAY DIFFRACTION96
2.1232-2.150.2381710.22063263X-RAY DIFFRACTION97
2.15-2.17830.26261720.2143252X-RAY DIFFRACTION96
2.1783-2.20810.25591710.20923266X-RAY DIFFRACTION97
2.2081-2.23960.25851730.21963278X-RAY DIFFRACTION96
2.2396-2.2730.28281690.21213234X-RAY DIFFRACTION97
2.273-2.30840.27241750.20623326X-RAY DIFFRACTION97
2.3084-2.34620.23611700.20253212X-RAY DIFFRACTION97
2.3462-2.38660.27421730.20613289X-RAY DIFFRACTION97
2.3866-2.42990.23091710.19323263X-RAY DIFFRACTION97
2.4299-2.47660.24961740.19293295X-RAY DIFFRACTION97
2.4766-2.5270.20061700.1873233X-RAY DIFFRACTION97
2.527-2.58190.23171760.1873336X-RAY DIFFRACTION97
2.5819-2.64180.23071730.18593301X-RAY DIFFRACTION97
2.6418-2.70770.23461740.1933309X-RAY DIFFRACTION97
2.7077-2.78070.24721730.19433267X-RAY DIFFRACTION97
2.7807-2.86230.23431720.18453281X-RAY DIFFRACTION97
2.8623-2.95440.21721740.17783304X-RAY DIFFRACTION98
2.9544-3.05970.2241730.18343291X-RAY DIFFRACTION98
3.0597-3.18170.2031740.183293X-RAY DIFFRACTION98
3.1817-3.32580.19131740.18723305X-RAY DIFFRACTION98
3.3258-3.50030.23591730.17783302X-RAY DIFFRACTION98
3.5003-3.71830.19821740.17463300X-RAY DIFFRACTION98
3.7183-4.00320.18341750.16273318X-RAY DIFFRACTION98
4.0032-4.40210.19241720.15933280X-RAY DIFFRACTION97
4.4021-5.030.1891730.16053287X-RAY DIFFRACTION98
5.03-6.30330.19941760.18513344X-RAY DIFFRACTION98
6.3033-19.84780.17251750.16183302X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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