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- PDB-4gfj: Crystal structure of Topo-78, an N-terminal 78kDa fragment of top... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gfj
タイトルCrystal structure of Topo-78, an N-terminal 78kDa fragment of topoisomerase V
要素Topoisomerase V
キーワードISOMERASE / helix-hairpin-helix / DNA repair enzyme / topoisomerase / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #950 / DNA topoisomerase V, catalytic domain superfamily / : / : / : / Topoisomerase V, second (HhH)2 tandem domain / SAM domain-like / Topoisomerase V, HHH domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / RuvA domain 2-like ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #950 / DNA topoisomerase V, catalytic domain superfamily / : / : / : / Topoisomerase V, second (HhH)2 tandem domain / SAM domain-like / Topoisomerase V, HHH domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Helix non-globular / Special / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Methanopyrus kandleri AV19 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Rajan, R. / Prasad, R. / Taneja, B. / Wilson, S.H. / Mondragon, A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Identification of one of the apurinic/apyrimidinic lyase active sites of topoisomerase V by structural and functional studies.
著者: Rajan, R. / Prasad, R. / Taneja, B. / Wilson, S.H. / Mondragon, A.
履歴
登録2012年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Topoisomerase V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0185
ポリマ－78,6761
非ポリマー3424
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.634, 161.634, 58.227
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Topoisomerase V


分子量: 78676.336 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-685 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri AV19 (古細菌)
株: AV19 / 遺伝子: MK1436, Topoisomerase V / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F1SVL0
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.93 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50 mM HEPES pH 7, 0.1 M KCl, 0.01 M MgCl2, and 15% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月21日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→29.1 Å / Num. obs: 19283 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 35.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2.91→3.04 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 2264 / Rsym value: 0.519 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2CSB

2csb


解像度: 2.91→29.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 35.583 / SU ML: 0.312 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.413 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 989 5.1 %RANDOM
Rwork0.20141 ---
all0.20473 19283 --
obs0.20473 18292 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.398 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.21 Å2-1.11 Å20 Å2
2---2.21 Å20 Å2
3---3.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→29.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4940 0 19 4 4963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0225057
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0351.9946805
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81738794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4345613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.61422.874261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.22615953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2471568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2747
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021065
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2821.53045
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0391.51239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.55524903
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.08632012
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5844.51902
LS精密化 シェル解像度: 2.91→2.984 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 58 -
Rwork0.287 1263 -
obs-1263 94.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.67550.5804-0.22744.32710.08341.3098-0.04050.2137-0.12490.06430.1065-0.0195-0.087-0.1363-0.06610.17040.0249-0.03650.20220.00650.12833.9923-55.6589-3.1772
28.20941.0872-0.36811.95130.52061.2574-0.08460.6317-0.5315-0.1430.09440.0081-0.0845-0.1204-0.00980.13140.018-0.06520.22770.02180.130926.2595-61.0863-7.922
316.59098.63570.66848.0455-0.07394.34010.7178-0.8679-0.18330.8022-0.29210.17020.0987-0.5027-0.42560.4551-0.2273-0.04260.23340.09060.065333.3112-48.852118.8336
45.70652.19950.70514.67753.10412.89780.324-0.22110.0830.1365-0.0696-0.2316-0.06570.0972-0.25440.3107-0.1218-0.08620.1338-0.01750.255951.3363-36.42017.1805
52.677-2.40410.71515.1961-0.67810.19980.23450.23160.12230.1765-0.2078-0.2930.07540.1016-0.02670.18990.0262-0.11770.4195-0.17690.366775.7633-69.8223-2.9358
65.0475-2.3883-0.398311.9514-1.571112.3448-0.50470.0697-0.9060.73280.26630.39350.8598-0.63040.23840.465-0.1876-0.24310.21680.01720.85287.7556-107.747213.5425
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 217
2X-RAY DIFFRACTION2A218 - 286
3X-RAY DIFFRACTION3A287 - 358
4X-RAY DIFFRACTION4A359 - 411
5X-RAY DIFFRACTION5A412 - 577
6X-RAY DIFFRACTION6A578 - 612

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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