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- PDB-4gfc: N-terminal coiled-coil dimer of C.elegans SAS-6, crystal form B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gfc
タイトルN-terminal coiled-coil dimer of C.elegans SAS-6, crystal form B
要素Spindle assembly abnormal protein 6
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / beta-sandwich / alpha-beta protein / cytoplasmic / centriolar / central tube
機能・相同性
機能・相同性情報


centriole assembly / centriole replication / centrosome duplication / centriole / protein localization / regulation of cell cycle / protein domain specific binding / centrosome / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Centriolar protein SAS, helical domain / Spindle assembly abnormal protein 6, N-terminal domain / Dna Repair Protein Xrcc4; Chain: A, domain 1 / Spindle assembly abnormal protein 6, N-terminal / SAS-6, N-terminal domain superfamily / Centriolar protein SAS N-terminal domain / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Spindle assembly abnormal protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Erat, M.C. / Vakonakis, I.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Caenorhabditis elegans centriolar protein SAS-6 forms a spiral that is consistent with imparting a ninefold symmetry.
著者: Hilbert, M. / Erat, M.C. / Hachet, V. / Guichard, P. / Blank, I.D. / Fluckiger, I. / Slater, L. / Lowe, E.D. / Hatzopoulos, G.N. / Steinmetz, M.O. / Gonczy, P. / Vakonakis, I.
履歴
登録2012年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22013年7月24日Group: Database references
改定 1.32017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spindle assembly abnormal protein 6
B: Spindle assembly abnormal protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,07314
ポリマ－43,0502
非ポリマー1,02312
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area20700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.520, 50.720, 101.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.91, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Spindle assembly abnormal protein 6


分子量: 21524.752 Da / 分子数: 2
断片: SAS-6 N-terminal head domain and beginning of coiled coil
変異: I154G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: sas-6, Y45F10D.9 / プラスミド: modified pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O62479
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG 20,000, 20% PEG MME 550, 0.1M MES/Imidazole buffer pH 6.5 and 0.02M of each of these monosaccharides (D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine), ...詳細: 10% PEG 20,000, 20% PEG MME 550, 0.1M MES/Imidazole buffer pH 6.5 and 0.02M of each of these monosaccharides (D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月24日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→51.27 Å / Num. all: 12487 / Num. obs: 12487 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 94.56 Å2
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→51.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9076 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9004 / SU R Cruickshank DPI: 0.72 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2362 601 4.81 %RANDOM
Rwork0.2145 ---
all0.2155 12487 --
obs0.2155 12487 99.95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 124.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.2207 Å20 Å21.849 Å2
2---9.5407 Å20 Å2
3----10.68 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.522 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→51.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2555 0 53 38 2646
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012635HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.153506HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1279SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes72HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes366HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2635HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.16
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion352SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2781SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.85→3.12 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3038 133 4.54 %
Rwork0.2108 2799 -
all0.2147 2932 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0805-0.0498-1.23562.9236-0.18111.86970.03440.3542-0.12190.0744-0.05110.057-0.1225-0.01510.0167-0.6637-0.0334-0.0492-1.001-0.0757-0.381-24.3904-7.520844.9744
211.63872.5713-4.42421.9829-2.291512.0453-0.18334.6460.3359-0.6572-0.1202-0.507-0.10450.65040.3035-0.90420.18250.13510.93560.2438-0.73993.1101-7.113720.0228
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|44 A|48 - A|162 A|164 - A|170 }A2 - 44
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|44 A|48 - A|162 A|164 - A|170 }A48 - 162
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|44 A|48 - A|162 A|164 - A|170 }A164 - 170
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|3 - B|19 B|28 - B|44 B|51 - B|118 B|134 - B|163 }B3 - 19
5X-RAY DIFFRACTION2{ B|3 - B|19 B|28 - B|44 B|51 - B|118 B|134 - B|163 }B28 - 44
6X-RAY DIFFRACTION2{ B|3 - B|19 B|28 - B|44 B|51 - B|118 B|134 - B|163 }B51 - 118
7X-RAY DIFFRACTION2{ B|3 - B|19 B|28 - B|44 B|51 - B|118 B|134 - B|163 }B134 - 163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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