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- PDB-4gen: Crystal structure of Zucchini (monomer) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gen
タイトルCrystal structure of Zucchini (monomer)
要素Mitochondrial cardiolipin hydrolase
キーワードHYDROLASE / piRNA / Phospholipase D / Nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of PA / cardiolipin hydrolase activity / oocyte karyosome formation / primary piRNA processing / dorsal appendage formation / RNA endonuclease activity producing 5'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / piRNA processing / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / P granule ...Synthesis of PA / cardiolipin hydrolase activity / oocyte karyosome formation / primary piRNA processing / dorsal appendage formation / RNA endonuclease activity producing 5'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / piRNA processing / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / P granule / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / oogenesis / lipid catabolic process / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Phospholipase D-like domain / PLD-like domain / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial cardiolipin hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Nishimasu, H. / Fukuhara, S. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structure and function of Zucchini endoribonuclease in piRNA biogenesis
著者: Nishimasu, H. / Ishizu, H. / Saito, K. / Fukuhara, S. / Kamatani, M.K. / Bonnefond, L. / Matsumoto, N. / Nishizawa, T. / Nakanaga, K. / Aoki, J. / Ishitani, R. / Siomi, H. / Siomi, M.C. / Nureki, O.
履歴
登録2012年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial cardiolipin hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3842
ポリマ－19,3491
非ポリマー351
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.277, 52.396, 38.791
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mitochondrial cardiolipin hydrolase / Mitochondrial phospholipase homolog / MitoPLD / Protein zucchini


分子量: 19348.615 Da / 分子数: 1 / 断片: DmZuc UNP residues 89-250 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: zuc, CG12314 / プラスミド: pCold-GST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)
参照: UniProt: Q9VKD7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.29 % / Mosaicity: 0.871 °
結晶化手法: 蒸気拡散法 / 詳細: vapor diffusion

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.9793, 0.9800
検出器日付: 2011年12月7日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.981
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 6839 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.884 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.243.60.3543351.037194.6
2.24-2.2840.3333330.95194.1
2.28-2.324.30.3073281.013193.7
2.32-2.374.30.2753300.884194.3
2.37-2.424.20.2633191.027195.2
2.42-2.484.60.2253311.102195.1
2.48-2.544.60.2143470.946195.6
2.54-2.614.70.2023421.114198
2.61-2.6950.2293351.159197.4
2.69-2.7750.1753411.242196.6
2.77-2.875.30.1653351.316197.7
2.87-2.995.50.1473491.397196.4
2.99-3.125.80.1243401.596198.3
3.12-3.296.10.1093471.687199.4
3.29-3.496.40.1023582.053199.2
3.49-3.766.70.0843332.234199.1
3.76-4.146.90.0773552.603199.4
4.14-4.747.10.0673533.146199.7
4.74-5.977.10.0713623.139199.2
5.97-506.90.0613663.715198.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→37.48 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8077 / SU ML: 0.63 / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 26.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2699 326 4.77 %
Rwork0.2226 --
obs0.225 6836 97.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.372 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 207.24 Å2 / Biso mean: 38.8704 Å2 / Biso min: 6.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5088 Å2-0 Å2-2.5467 Å2
2---3.02 Å20 Å2
3---5.5287 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1173 0 1 16 1190
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021192
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5661615
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041194
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.255426
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.77180.2761550.24453183333895
2.7718-37.48550.26751710.21383327349899
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.2294 Å / Origin y: -57.4839 Å / Origin z: -12.266 Å
111213212223313233
T0.0094 Å20.0102 Å2-0.015 Å2-0.0599 Å2-0.021 Å2--0.0536 Å2
L3.4622 °2-1.23 °20.5981 °2-3.3202 °2-1.7453 °2--2.6531 °2
S-0.0256 Å °-0.2038 Å °0.2457 Å °0.1699 Å °0.0505 Å °0.007 Å °-0.1626 Å °-0.0704 Å °-0.0141 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA86 - 241
2X-RAY DIFFRACTION1allA301
3X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 416

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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