PDB-4ge1: Structure of the tryptamine complex of the amine binding protein ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ge1

タイトル

Structure of the tryptamine complex of the amine binding protein of Rhodnius prolixus

要素

Biogenic amine-binding protein

キーワード

Amine-binding protein / Lipocalin Binding protein / Serotonin / norepinephrine / Salivary gland

機能・相同性

機能・相同性情報

histamine binding / nitric oxide binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodnius prolixus (カメムシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Andersen, J.F. / Chang, B.W. / Xu, X. / Mans, B.J. / Ribeiro, J.M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure and ligand-binding properties of the biogenic amine-binding protein from the saliva of a blood-feeding insect vector of Trypanosoma cruzi.
著者: Xu, X. / Chang, B.W. / Mans, B.J. / Ribeiro, J.M. / Andersen, J.F.

履歴

登録	2012年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月23日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4ge1.ent.gz	271.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ge1_validation.pdf.gz	472.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ge1_full_validation.pdf.gz	480 KB	表示
XML形式データ	4ge1_validation.xml.gz	35.5 KB	表示
CIF形式データ	4ge1_validation.cif.gz	45.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/4ge1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/4ge1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4getC 4hfoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4get-4 4hfo-7 4hfo-1 3enp-2 3kj2-d 5zqi-d 4get-3 2a71-3 4get-2 4get-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Biogenic amine-binding protein

B: Biogenic amine-binding protein

C: Biogenic amine-binding protein

D: Biogenic amine-binding protein

ヘテロ分子

89.8 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Biogenic amine-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Biogenic amine-binding protein

ヘテロ分子

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22.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Biogenic amine-binding protein

ヘテロ分子

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4

D: Biogenic amine-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.257, 73.086, 80.935
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.450, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Biogenic amine-binding protein 分子量: 22243.807 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q86PT9
#2: 化合物	ChemComp-TSS / 2-(1H-INDOL-3-YL)ETHANAMINE / TRYPTAMINE / トリプタミン分子量: 160.216 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.55 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.2 詳細: 28-30% PEG 6000, 0.1 M Tris, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.92309 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月12日

放射

モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92309 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 43654 / Num. obs: 43654 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 40.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / Χ²: 1.461 / Net I/σ(I): 11.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.15-2.19	4.6	0.615	2026	0.845	1	91.8
2.19-2.23	4.7	0.611	2090	0.86	1	96.3
2.23-2.27	4.8	0.484	2140	0.915	1	97.9
2.27-2.32	5	0.583	2173	0.832	1	99
2.32-2.37	5.1	0.458	2189	0.88	1	99.5
2.37-2.42	5.2	0.411	2181	0.914	1	99.6
2.42-2.48	5.3	0.381	2170	0.906	1	99.4
2.48-2.55	5.3	0.331	2171	0.952	1	99.7
2.55-2.62	5.3	0.262	2201	0.955	1	99.6
2.62-2.71	5.3	0.218	2208	1.025	1	99.6
2.71-2.81	5.3	0.173	2192	1.09	1	99.7
2.81-2.92	5.3	0.144	2206	1.183	1	99.8
2.92-3.05	5.3	0.114	2201	1.381	1	99.7
3.05-3.21	5.3	0.088	2180	1.667	1	99.9
3.21-3.41	5.3	0.073	2205	1.88	1	99.8
3.41-3.68	5.3	0.063	2206	2.164	1	99.9
3.68-4.05	5.3	0.059	2234	2.651	1	99.8
4.05-4.63	5.2	0.051	2196	2.785	1	99.9
4.63-5.83	5.2	0.045	2241	2.503	1	100
5.83-50	5	0.037	2244	2.483	1	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
FFT		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.15→25.348 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.7643 / SU ML: 0.68 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2493	2200	5.04 %	Random
R_work	0.1921	-	-	-
obs	0.195	43619	98.76 %	-
all	-	43654	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.789 Å² / k_sol: 0.305 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 149.12 Å² / B_iso mean: 56.0103 Å² / B_iso min: 18.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.2967 Å²	-0 Å²	-5.3411 Å²
2-	-	-4.573 Å²	0 Å²
3-	-	-	12.8696 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→25.348 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6183	0	60	176	6419

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6392
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.903	8615
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	930
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1098
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.845	2334

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.15-2.1951	0.333	124	0.2588	2313	2437	89
2.1951-2.2461	0.3294	132	0.263	2541	2673	97
2.2461-2.3023	0.3628	137	0.2646	2554	2691	99
2.3023-2.3645	0.3439	128	0.258	2601	2729	100
2.3645-2.434	0.3253	128	0.2496	2598	2726	100
2.434-2.5125	0.324	167	0.2575	2585	2752	100
2.5125-2.6022	0.3695	132	0.2422	2594	2726	99
2.6022-2.7063	0.2935	126	0.2387	2613	2739	100
2.7063-2.8293	0.3043	138	0.2205	2593	2731	100
2.8293-2.9782	0.2984	159	0.2258	2584	2743	100
2.9782-3.1645	0.306	132	0.2131	2640	2772	100
3.1645-3.4083	0.2883	120	0.2072	2630	2750	100
3.4083-3.7503	0.2539	158	0.1928	2600	2758	100
3.7503-4.2907	0.1916	137	0.164	2637	2774	100
4.2907-5.3973	0.1844	130	0.1346	2664	2794	100
5.3973-25.3498	0.1862	152	0.1605	2672	2824	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5137	-0.0112	0.378	4.5069	0.6917	2.2622	-0.0645	-0.1679	-0.7823	0.1184	0.1414	-0.5387	0.3346	-0.0785	0.016	0.156	-0.0123	0.0424	0.2393	0.0001	0.2431	3.661	3.7601	51.1071
2	4.5801	-0.6841	0.2271	4.9151	-0.1438	3.5989	0.0097	0.1003	-0.6982	-0.3114	0.0583	-0.2043	0.3733	-0.0064	-0.0365	0.1645	-0.0329	0.0053	0.2462	-0.0149	0.2695	3.8142	0.7387	45.5857
3	5.9245	-1.195	1.1854	6.2834	2.3694	3.6278	-0.2425	-0.1645	0.4817	0.4936	0.6077	-0.6661	0.1233	-0.0479	-0.3788	0.2557	0.0292	-0.0796	0.2893	0.0493	0.2185	7.3246	4.4857	55.6447
4	2.9729	-0.0663	-0.5431	4.7154	-2.4362	2.259	0.2032	-1.2288	-0.4772	1.2475	0.2083	-0.2991	0.792	0.3195	-0.0937	0.7069	0.1303	-0.2183	0.6438	0.0618	0.2861	9.924	2.9168	64.8534
5	7.9524	1.0357	1.9769	4.3745	3.3448	6.9414	0.2466	0.09	0.1615	-0.0022	-0.325	0.7012	0.281	-0.4451	0.0875	0.2463	0.0368	0.0112	0.2843	0.0483	0.2032	-4.5365	10.7615	44.102
6	4.1573	-3.1114	3.5578	4.0068	-0.928	4.7983	-0.4192	0.3444	1.4367	-0.0098	0.2761	0.0824	-1.1772	-0.0883	0.3042	0.6122	0.1364	-0.0722	0.4255	0.113	1.0084	7.2227	16.5511	17.7249
7	2.7668	0.1077	0.0867	1.8611	0.4823	1.5148	0.3365	0.6232	0.8958	-0.5953	0.0791	0.4625	-0.2554	-0.5251	-0.1621	0.4867	0.2324	-0.1538	0.6816	0.2816	-0.0337	4.3854	2.353	6.9961
8	3.3301	1.687	0.5558	4.7241	2.7675	3.6662	0.2381	0.6201	0.9568	-0.1472	-0.5063	0.7379	-0.6047	-0.56	0.3053	0.1998	0.0754	-0.1283	0.6827	0.1349	0.6033	-2.66	7.4906	12.3811
9	7.0613	3.29	0.4827	5.5045	4.5614	7.9585	0.1055	0.254	-0.4762	-0.6563	-0.7285	1.7812	0.2614	-1.7145	0.3438	0.346	0.0239	-0.1946	0.8081	0.102	0.5844	-5.1403	-0.577	12.651
10	3.2035	0.6687	0.9521	3.5019	1.701	4.5841	0.222	0.5317	0.8062	-0.5679	-0.133	0.1122	-0.2193	-0.1369	-0.0346	0.3029	0.1372	-0.0047	0.4743	0.1794	0.3182	6.8594	6.3694	12.1533
11	5.4564	0.6864	0.2753	0.1009	-0.109	2.0596	-0.5842	0.8372	0.4763	-1.1751	-0.013	-0.7362	-0.7172	1.0566	0.1796	0.8796	-0.0358	0.3716	0.5015	0.3104	0.7932	19.0517	13.8512	6.7675
12	4.9658	-0.6885	2.2999	2.6135	1.2508	2.0572	0.4204	1.4934	0.3593	-0.9684	0.209	-0.0848	-0.1616	0.2288	-0.3424	0.6346	0.0339	0.0356	0.811	0.1779	0.2645	15.2375	-1.4122	3.7589
13	7.1987	1.121	-0.3894	5.9881	-0.1946	0.9657	0.3647	0.4177	0.58	-1.1824	-0.2372	1.4573	0.0689	-1.0288	0.229	0.4275	0.0709	-0.3179	1.1676	0.0663	0.5483	-10.1514	0.0758	4.5718
14	2.1496	-0.9559	-0.5488	1.6645	-0.1074	3.9719	0.0324	0.081	-1.334	-0.3531	0.0324	-0.0947	0.9916	-0.5142	0.0778	0.3465	-0.0685	-0.0183	0.1711	-0.0979	0.6094	27.2639	-37.3228	20.1407
15	2.7305	-1.1237	1.1733	4.2561	0.549	2.2455	-0.1144	0.5034	-1.1065	-1.0774	0.0039	-0.5716	0.1656	-0.0591	-0.1757	0.4324	-0.0293	0.1663	0.1681	-0.1732	0.29	29.3495	-28.5895	13.7177
16	4.9708	-0.3444	0.2064	2.2086	-0.0653	2.3992	-0.0167	0.3077	-0.7411	-0.6046	0.01	-0.2361	0.2562	-0.289	-0.0591	0.311	0.0275	0.0706	0.2693	-0.0748	0.1974	23.8884	-27.7349	15.1739
17	3.789	-0.189	0.7285	4.2818	-0.5549	2.8075	0.1768	0.5695	-0.7477	-0.8241	0.0182	0.2132	0.3898	-0.266	-0.0608	0.3797	0.0102	0.0171	0.4178	-0.1373	0.2796	21.046	-29.3141	11.2773
18	3.9612	0.2863	1.2876	3.4029	1.6245	7.4838	-0.1539	0.4967	-0.7718	-1.2447	-0.3125	-0.5269	0.0008	-0.0626	0.0336	0.6283	-0.0212	0.1506	0.2105	-0.1478	0.6569	28.4136	-37.507	13.5341
19	5.5091	0.2948	0.5144	4.5615	1.9546	5.7427	0.0359	-0.0764	-0.5003	-0.7111	-0.1546	-1.2792	-0.0553	0.5274	0.2833	0.3195	-0.0061	0.1252	0.2351	0.0402	0.7054	35.7212	-33.1071	20.7585
20	1.1051	1.0723	2.0343	1.89	1.8814	4.0699	-0.0751	0.0235	-0.2478	0.0946	-0.2127	-0.3682	0.3856	0.2334	-0.0221	0.34	0.0841	0.1538	0.1965	0.0438	1.3501	39.0408	-43.2096	22.1403
21	0.3024	-1.2151	0.0246	5.9678	0.2526	0.0779	-0.0788	0.7193	-1.1137	-0.8804	-0.4614	-0.9764	0.5205	0.2407	-0.1791	0.5603	0.1041	0.4116	0.3263	-0.0568	0.8767	41.2766	-29.1703	14.5746
22	2.9543	3.709	1.1868	5.5387	0.4693	2.175	-0.1525	-0.2788	0.1328	-0.0651	0.0345	0.4777	-0.3223	-0.4501	0.1347	0.3227	0.0509	0.0571	0.4098	-0.0202	0.1964	17.6782	-18.7372	18.0692
23	2.0874	2.5588	-0.5502	6.4721	-1.9044	1.6183	0.0629	-0.1906	1.2447	0.2782	-0.0406	0.147	-0.9569	-0.0201	-0.3076	0.6032	0.0593	-0.2695	0.3528	-0.1986	1.2555	35.5971	12.1264	37.6278
24	2.4839	-0.3431	0.4078	2.9515	0.1889	1.8687	-0.2026	-0.0957	0.9225	-0.0379	-0.0846	-0.4959	-0.3626	0.0835	0.1271	0.2056	0.0025	-0.0745	0.2018	0.068	0.5182	37.8206	-0.9023	28.2539
25	6.1844	-3.9531	-3.3277	4.614	5.8642	8.9613	-0.0896	-0.1537	0.5789	-0.4659	0.0985	-0.828	-0.5927	0.3978	-0.1495	0.2729	-0.0189	-0.0628	0.2492	0.157	0.5723	47.1089	-4.1855	29.418
26	1.4851	0.3164	-0.8981	4.465	1.562	3.4282	0.0812	-0.4467	1.2723	-0.1003	-0.1169	-1.2025	-0.4239	0.2436	-0.0427	0.3859	-0.0232	-0.1029	0.2877	-0.0084	0.7736	43.2791	3.9757	30.8129
27	1.5026	0.5627	0.5641	1.816	0.4482	2.3269	-0.2335	0.0853	0.5939	-0.3058	-0.4115	-0.6755	-0.6515	0.0964	0.2411	0.4644	0.0212	-0.1347	0.1817	0.1036	0.9658	37.0496	7.637	29.1195
28	1.1252	-0.0764	-0.3557	2.2629	0.509	2.2517	-0.1401	0.4671	1.0277	-0.3581	-0.346	-0.5069	-0.5695	-0.3034	0.2828	0.3841	0.1528	-0.086	0.2671	0.0515	0.6014	27.7143	5.2564	22.227
29	3.6767	2.9526	4.7031	5.6083	1.842	8.5629	0.361	0.0146	-0.6197	0.4421	-0.0491	-1.0608	0.3599	0.1412	-0.2601	0.2534	0.0237	-0.014	0.2388	0.0503	0.47	44.0203	-12.6725	32.7247

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:67)	A	2 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 68:128)	A	68 - 128
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 129:145)	A	129 - 145
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 146:171)	A	146 - 171
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 172:196)	A	172 - 196
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 2:14)	B	2 - 14
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 15:67)	B	15 - 67
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 68:86)	B	68 - 86
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 87:100)	B	87 - 100
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 101:145)	B	101 - 145
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 146:159)	B	146 - 159
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 160:179)	B	160 - 179
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 180:195)	B	180 - 195
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN C AND (RESSEQ 4:30)	C	4 - 30
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND (RESSEQ 31:53)	C	31 - 53
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN C AND (RESSEQ 54:86)	C	54 - 86
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN C AND (RESSEQ 87:114)	C	87 - 114
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN C AND (RESSEQ 115:133)	C	115 - 133
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN C AND (RESSEQ 134:145)	C	134 - 145
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN C AND (RESSEQ 146:159)	C	146 - 159
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN C AND (RESSEQ 160:179)	C	160 - 179
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN C AND (RESSEQ 180:196)	C	180 - 196
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN D AND (RESSEQ 3:14)	D	3 - 14
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN D AND (RESSEQ 15:86)	D	15 - 86
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN D AND (RESSEQ 87:100)	D	87 - 100
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN D AND (RESSEQ 101:114)	D	101 - 114
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN D AND (RESSEQ 115:132)	D	115 - 132
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN D AND (RESSEQ 133:179)	D	133 - 179
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN D AND (RESSEQ 180:196)	D	180 - 196

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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