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- PDB-4gdm: Crystal Structure of E.coli MenH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gdm
タイトルCrystal Structure of E.coli MenH
要素2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase
キーワードLYASE / menaquinone biosynthesis / alpha beta hydrolase / 2-succinyl-6-hydroxy-2 / 4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase / MenH
機能・相同性
機能・相同性情報


2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase / 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase activity / menaquinone biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase / Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Johnston, J.M. / Baker, E.N. / Guo, Z. / Jiang, M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures of E. coli Native MenH and Two Active Site Mutants.
著者: Johnston, J.M. / Jiang, M. / Guo, Z. / Baker, E.N.
履歴
登録2012年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase
B: 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase
C: 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,12911
ポリマ－88,5463
非ポリマー5838
水1,17165
1
A: 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6473
ポリマ－29,5151
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8355
ポリマ－29,5151
非ポリマー3204
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6473
ポリマ－29,5151
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.664, 116.664, 476.949
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase / SHCHC synthase


分子量: 29515.348 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2263, JW2258, menH, yfbB / プラスミド: pETM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P37355, 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Sodium Citrate, Ammonium sulfate, Lithium sulfate, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.75→45.774 Å / Num. all: 43461 / Num. obs: 43437 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 17.5 % / Biso Wilson estimate: 69.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.934 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 4266

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→45.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9414 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9149 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.291 / SU Rfree Blow DPI: 0.225 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.228 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 2182 5.02 %RANDOM
Rwork0.1919 ---
obs0.1935 43432 99.94 %-
原子変位パラメータBiso max: 135.83 Å2 / Biso mean: 53.7247 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.0462 Å20 Å20 Å2
2---2.0462 Å20 Å2
3---4.0924 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.367 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→45.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5949 0 29 65 6043
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2753SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes150HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes921HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6110HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion743SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6877SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6110HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8297HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.19
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3022 153 4.92 %
Rwork0.2726 2954 -
all0.2742 3107 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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