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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gdm | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of E.coli MenH | ||||||
要素 | 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase | ||||||
キーワード | LYASE / menaquinone biosynthesis / alpha beta hydrolase / 2-succinyl-6-hydroxy-2 / 4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase / MenH | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase / 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase activity / menaquinone biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å | ||||||
データ登録者 | Johnston, J.M. / Baker, E.N. / Guo, Z. / Jiang, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Crystal Structures of E. coli Native MenH and Two Active Site Mutants. 著者: Johnston, J.M. / Jiang, M. / Guo, Z. / Baker, E.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4gdm.cif.gz | 157.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4gdm.ent.gz | 125.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4gdm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4gdm_validation.pdf.gz | 471.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4gdm_full_validation.pdf.gz | 476.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4gdm_validation.xml.gz | 27.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4gdm_validation.cif.gz | 37.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/4gdm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/4gdm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29515.348 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2263, JW2258, menH, yfbB / プラスミド: pETM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P37355, 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.16 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Sodium Citrate, Ammonium sulfate, Lithium sulfate, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→45.774 Å / Num. all: 43461 / Num. obs: 43437 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 17.5 % / Biso Wilson estimate: 69.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 22.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.934 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 4266 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→45.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9414 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9149 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.291 / SU Rfree Blow DPI: 0.225 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.228 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso max: 135.83 Å2 / Biso mean: 53.7247 Å2 / Biso min: 3 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.367 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→45.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.75→2.82 Å / Total num. of bins used: 20
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