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- PDB-4gd3: Structure of E. coli hydrogenase-1 in complex with cytochrome b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gd3
タイトルStructure of E. coli hydrogenase-1 in complex with cytochrome b
要素
  • (Hydrogenase-1 ...) x 2
  • Ni/Fe-hydrogenase 1 B-type cytochrome subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / O2-tolerant H2:quinone oxidoreductase / membrane-bound / Ni-Fe-hydrogenase-cytochrome B complex / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogen metabolic process / fermentation / anaerobic electron transport chain / hydrogenase (acceptor) / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / periplasmic side of plasma membrane / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration ...hydrogen metabolic process / fermentation / anaerobic electron transport chain / hydrogenase (acceptor) / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / periplasmic side of plasma membrane / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / cellular response to starvation / outer membrane-bounded periplasmic space / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit / : / Nickel-dependent hydrogenases b-type cytochrome subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenases b-type cytochrome subunit signature 2. / Cytochrome b561, bacterial/Ni-hydrogenase / Prokaryotic cytochrome b561 / Fumarate Reductase Cytochrome B subunit / Transmembrane di-heme cytochromes, Chain C / Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain ...Nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit / : / Nickel-dependent hydrogenases b-type cytochrome subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenases b-type cytochrome subunit signature 2. / Cytochrome b561, bacterial/Ni-hydrogenase / Prokaryotic cytochrome b561 / Fumarate Reductase Cytochrome B subunit / Transmembrane di-heme cytochromes, Chain C / Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / : / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Di-haem cytochrome, transmembrane / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Few Secondary Structures / Irregular / Up-down Bundle / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE4-S3 CLUSTER / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NICKEL (II) ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Probable Ni/Fe-hydrogenase 1 B-type cytochrome subunit / Hydrogenase-1 large chain / Hydrogenase-1 small chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Volbeda, A. / Fontecilla-Camps, J.C. / Darnault, C.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of the O(2)-Tolerant Membrane-Bound Hydrogenase 1 from Escherichia coli in Complex with Its Cognate Cytochrome b.
著者: Volbeda, A. / Darnault, C. / Parkin, A. / Sargent, F. / Armstrong, F.A. / Fontecilla-Camps, J.C.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: X-ray crystallographic and computational studies of the O2-tolerant [NiFe]-hydrogenase 1 from Escherichia coli.
著者: Volbeda, A. / Amara, P. / Darnault, C. / Mouesca, J.M. / Parkin, A. / Roessler, M.M. / Armstrong, F.A. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2012年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22013年1月30日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
S: Hydrogenase-1 small chain
L: Hydrogenase-1 large chain
T: Hydrogenase-1 small chain
M: Hydrogenase-1 large chain
Q: Hydrogenase-1 small chain
J: Hydrogenase-1 large chain
R: Hydrogenase-1 small chain
K: Hydrogenase-1 large chain
A: Ni/Fe-hydrogenase 1 B-type cytochrome subunit
B: Ni/Fe-hydrogenase 1 B-type cytochrome subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)470,13850
ポリマ－461,54110
非ポリマー8,59740
水72140
1
S: Hydrogenase-1 small chain
L: Hydrogenase-1 large chain
T: Hydrogenase-1 small chain
M: Hydrogenase-1 large chain
A: Ni/Fe-hydrogenase 1 B-type cytochrome subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,06925
ポリマ－230,7705
非ポリマー4,29820
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32640 Å2
ΔGint-358 kcal/mol
Surface area59610 Å2
手法PISA
2
S: Hydrogenase-1 small chain
L: Hydrogenase-1 large chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,92011
ポリマ－101,5722
非ポリマー1,3489
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9470 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area29120 Å2
手法PISA
3
T: Hydrogenase-1 small chain
M: Hydrogenase-1 large chain
A: Ni/Fe-hydrogenase 1 B-type cytochrome subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,14914
ポリマ－129,1983
非ポリマー2,95011
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15340 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area38310 Å2
手法PISA
4
Q: Hydrogenase-1 small chain
J: Hydrogenase-1 large chain
R: Hydrogenase-1 small chain
K: Hydrogenase-1 large chain
B: Ni/Fe-hydrogenase 1 B-type cytochrome subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,06925
ポリマ－230,7705
非ポリマー4,29820
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32600 Å2
ΔGint-356 kcal/mol
Surface area59690 Å2
手法PISA
5
Q: Hydrogenase-1 small chain
J: Hydrogenase-1 large chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,92011
ポリマ－101,5722
非ポリマー1,3489
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9450 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area29180 Å2
手法PISA
6
R: Hydrogenase-1 small chain
K: Hydrogenase-1 large chain
B: Ni/Fe-hydrogenase 1 B-type cytochrome subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,14914
ポリマ－129,1983
非ポリマー2,95011
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15280 Å2
ΔGint-181 kcal/mol
Surface area38380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.000, 165.300, 212.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11S
21T
12S
22Q
13S
23Q
14L
24M
15L
25J
16Q
26R
17T
27R
18T
28R
19M
29K
110J
210K
111A
211B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111S4 - 21
2111T4 - 21
1211S23 - 60
2211T23 - 60
1311S62 - 97
2311T62 - 97
1411S99 - 100
2411T99 - 100
1511S102 - 109
2511T102 - 109
1611S111 - 121
2611T111 - 121
1711S128 - 135
2711T128 - 135
1811S137 - 152
2811T137 - 152
1911S155 - 167
2911T155 - 167
11011S169 - 170
21011T169 - 170
11111S176 - 184
21111T176 - 184
11211S186 - 187
21211T186 - 187
11311S189 - 195
21311T189 - 195
11411S200 - 202
21411T200 - 202
11511S204 - 210
21511T204 - 210
11611S212 - 216
21611T212 - 216
11711S219 - 221
21711T219 - 221
11811S223 - 226
21811T223 - 226
11911S228 - 233
21911T228 - 233
12011S235 - 259
22011T235 - 259
12111S261 - 263
22111T261 - 263
12211S341 - 403
22211T341 - 403
1121S4 - 264
2121Q4 - 264
1221S341 - 505
2221Q341 - 405
1131S265 - 307
2131Q265 - 307
1141L2 - 60
2141M2 - 60
1241L65 - 96
2241M65 - 96
1341L99 - 233
2341M99 - 233
1441L235 - 243
2441M235 - 243
1541L246 - 247
2541M246 - 247
1641L249 - 255
2641M249 - 255
1741L257 - 486
2741M257 - 486
1841L490 - 522
2841M490 - 522
1941L524 - 582
2941M524 - 582
11041L583 - 603
21041M583 - 604
1151L2 - 582
2151J2 - 582
1251L583 - 603
2251J583 - 603
1351L591 - 604
2351J591 - 604
1161Q4 - 21
2161R4 - 21
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2261R23 - 60
1361Q62 - 97
2361R62 - 97
1461Q99 - 100
2461R99 - 100
1561Q102 - 109
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1661Q111 - 121
2661R111 - 121
1761Q128 - 135
2761R128 - 135
1861Q137 - 152
2861R137 - 152
1961Q155 - 167
2961R155 - 167
11061Q169 - 170
21061R169 - 170
11161Q176 - 184
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11361Q189 - 195
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11461Q200 - 202
21461R200 - 202
11561Q204 - 210
21561R204 - 210
11661Q212 - 216
21661R212 - 216
11761Q219 - 221
21761R219 - 221
11861Q223 - 226
21861R223 - 226
11961Q228 - 233
21961R228 - 233
12061Q235 - 259
22061R235 - 259
12161Q261 - 263
22161R261 - 263
12261Q341 - 403
22261R341 - 403
1171T4 - 264
2171R4 - 264
1271T341 - 403
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1371M351 - 601
2371K351 - 601
1181T265 - 303
2181R265 - 303
1191M2 - 582
2191K2 - 582
1291M583 - 604
2291K583 - 604
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2391K591 - 605
11101J2 - 60
21101K2 - 60
12101J65 - 96
22101K65 - 96
13101J99 - 233
23101K99 - 233
14101J235 - 243
24101K235 - 243
15101J246 - 247
25101K246 - 247
16101J249 - 255
26101K249 - 255
17101J257 - 486
27101K257 - 486
18101J490 - 522
28101K490 - 522
19101J524 - 582
29101K524 - 582
110101J583 - 603
210101K583 - 604
11111A8 - 89
21111B8 - 89
12111A103 - 115
22111B103 - 115
13111A127 - 210
23111B127 - 210
14111A301
24111B301
15111A302 - 314
25111B302 - 314

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11

-
要素

-
Hydrogenase-1 ... , 2種, 8分子 STQRLMJK

#1: タンパク質
Hydrogenase-1 small chain / HYD1 / Membrane-bound hydrogenase 1 small subunit / NiFe hydrogenase


分子量: 36820.703 Da / 分子数: 4 / 変異: P287C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0972, hyaA, JW0954 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): FTH004 / 参照: UniProt: P69739, hydrogenase (acceptor)
#2: タンパク質
Hydrogenase-1 large chain / HYD1 / Membrane-bound hydrogenase 1 large subunit / NiFe hydrogenase


分子量: 64751.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0973, hyaB, JW0955 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): FTH004 / 参照: UniProt: P0ACD8, hydrogenase (acceptor)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 AB

#10: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: タンパク質 Ni/Fe-hydrogenase 1 B-type cytochrome subunit


分子量: 27626.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0974, hyaC, JW0956 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): FTH004 / 参照: UniProt: P0AAM1

-
非ポリマー , 8種, 76分子

#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物
ChemComp-F4S / FE4-S3 CLUSTER / T-CLUSTER


分子量: 319.575 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S3
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON


分子量: 135.890 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2O
#8: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#9: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.9
詳細: 12% PEG4000, 0.1M NaCl, 0.1M NaAc, 0.2M NH4Ac, 0.001M DTT, 0.02% DDM, Tris/HCl, 0.0003M NQNO (a menaquinone analog), pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97908 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月29日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→49.12 Å / Num. all: 73321 / Num. obs: 138472 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 89.561 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.35
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / Rmerge(I) obs: 1.054 / Mean I/σ(I) obs: 1.16 / Num. measured obs: 31713 / Num. unique obs: 12080 / % possible all: 97.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3UQY

3uqy


解像度: 3.3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / WRfactor Rfree: 0.2157 / WRfactor Rwork: 0.1764 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.8281 / SU B: 69.799 / SU ML: 0.487 / SU Rfree: 0.562
Isotropic thermal model: TLS + isotropic (possible thanks to tight ncs restraints)
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.562 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY ANISOTROPIC B FACTORS ARE GENERATED FROM THE REFINED TLS PARAMETERS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 3298 4.9 %RANDOM
Rwork0.1999 66534 --
all0.2018 67491 --
obs0.2018 66832 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.32 Å2 / Biso mean: 105.957 Å2 / Biso min: 9.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.45 Å2-0 Å2-0 Å2
2---6.89 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30002 0 316 40 30358
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02232380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1611.95844196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2854168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.94923.7931450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.099155048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.38515202
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.24832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02124938
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8371.519834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6612.532034
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.306312546
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.834511924
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1S1728TIGHT POSITIONAL0.040.05
1S1728TIGHT THERMAL0.241
2S2080TIGHT POSITIONAL0.030.05
2S2080TIGHT THERMAL0.241
3S279TIGHT POSITIONAL0.030.05
3S279TIGHT THERMAL0.161
4L4599TIGHT POSITIONAL0.030.05
4L4599TIGHT THERMAL0.181
5L4747TIGHT POSITIONAL0.030.05
5L4747TIGHT THERMAL0.181
6Q1728TIGHT POSITIONAL0.040.05
6Q1728TIGHT THERMAL0.261
7T2054TIGHT POSITIONAL0.030.05
7T2054TIGHT THERMAL0.241
8T255TIGHT POSITIONAL0.030.05
8T255TIGHT THERMAL0.171
9M4762TIGHT POSITIONAL0.030.05
9M4762TIGHT THERMAL0.181
10J4599TIGHT POSITIONAL0.030.05
10J4599TIGHT THERMAL0.191
11A1485TIGHT POSITIONAL0.030.05
11A1485TIGHT THERMAL0.161
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.384 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 229 -
Rwork0.344 4592 -
all-4821 -
obs-4592 99.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76110.13630.31722.177-0.16212.3323-0.01280.0715-0.01830.28790.0833-0.0061-0.64530.0003-0.07060.61390.1040.28870.3470.01180.3882-3.674423.8229-24.9881
20.7615-0.2043-0.06721.66440.38521.6363-0.0448-0.10780.09570.9017-0.01650.2329-0.8145-0.27620.06131.26810.20160.32690.4794-0.01590.456-15.046635.5136-5.3414
31.3321-0.421-0.0882.4174-0.51162.07550.01130.1471-0.2836-0.16060.08221.06750.1428-0.7704-0.09360.1995-0.00610.2130.7312-0.02510.9546-30.0247-4.0693-33.4953
40.7673-0.0154-0.09392.6442-0.25051.7552-0.0584-0.048-0.49150.59340.01050.74140.4642-0.44850.04780.4339-0.06550.43480.55370.06630.9304-21.681-19.0479-14.9375
52.00190.3430.90961.72090.05282.39880.03950.7163-0.0044-1.0525-0.01570.7747-0.109-0.5005-0.02391.09470.1003-0.13350.9872-0.07090.7828-23.51854.2815-64.1598
61.0506-0.17940.59232.7236-0.57792.32060.02230.0973-0.2643-0.02370.1064-0.13250.14190.0787-0.12870.10480.05410.20610.429-0.04280.580522.3385-13.6936-35.8668
70.9864-0.22680.29782.1208-0.42941.30130.13340.1769-0.41690.29340.03-0.60880.25060.4926-0.16330.30.12940.07420.6436-0.11780.905144.5328-25.0916-30.1329
81.09520.39720.09131.42420.20911.5417-0.08190.49390.0239-0.27530.2181-0.1689-0.5710.3862-0.13630.697-0.11420.35780.74710.01290.460734.840814.501-60.1621
91.05270.05920.25221.5544-0.07810.8393-0.10110.2180.16840.20440.1226-0.3095-0.64520.439-0.02160.8534-0.26350.18230.6793-0.00240.579341.809729.4662-41.006
102.33960.3222-0.49422.4424-0.27482.21480.01920.9927-0.0455-1.3280.09380.3224-0.3533-0.1571-0.1131.36370.09780.13391.0106-0.02230.51778.38525.7913-77.3947
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1S4 - 264
2X-RAY DIFFRACTION1S265 - 307
3X-RAY DIFFRACTION1S401 - 405
4X-RAY DIFFRACTION1S501 - 505
5X-RAY DIFFRACTION1T501 - 502
6X-RAY DIFFRACTION1Q501 - 505
7X-RAY DIFFRACTION1R501 - 502
8X-RAY DIFFRACTION2L2 - 582
9X-RAY DIFFRACTION2L601 - 604
10X-RAY DIFFRACTION2L701 - 703
11X-RAY DIFFRACTION3T4 - 264
12X-RAY DIFFRACTION3T265 - 303
13X-RAY DIFFRACTION3T401 - 403
14X-RAY DIFFRACTION3M601
15X-RAY DIFFRACTION4M2 - 582
16X-RAY DIFFRACTION4M602 - 605
17X-RAY DIFFRACTION4M701 - 703
18X-RAY DIFFRACTION5A8 - 89
19X-RAY DIFFRACTION5A103 - 115
20X-RAY DIFFRACTION5A127 - 210
21X-RAY DIFFRACTION5A301
22X-RAY DIFFRACTION5A302
23X-RAY DIFFRACTION5T404
24X-RAY DIFFRACTION6Q4 - 264
25X-RAY DIFFRACTION6Q265 - 307
26X-RAY DIFFRACTION6Q401 - 405
27X-RAY DIFFRACTION7J2 - 582
28X-RAY DIFFRACTION7J601 - 604
29X-RAY DIFFRACTION7J701 - 703
30X-RAY DIFFRACTION8R4 - 264
31X-RAY DIFFRACTION8R265 - 303
32X-RAY DIFFRACTION8R401 - 403
33X-RAY DIFFRACTION8K601
34X-RAY DIFFRACTION9K2 - 582
35X-RAY DIFFRACTION9K602 - 605
36X-RAY DIFFRACTION9K701 - 703
37X-RAY DIFFRACTION10B8 - 89
38X-RAY DIFFRACTION10B103 - 115
39X-RAY DIFFRACTION10B127 - 210
40X-RAY DIFFRACTION10B301
41X-RAY DIFFRACTION10B302
42X-RAY DIFFRACTION10R404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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