[日本語] English
万見
- PDB-4gct: structure of No factor protein-DNA complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gct
タイトルstructure of No factor protein-DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')
  • Nucleoid occlusion factor SlmA
キーワードdna binding protein/DNA / dna binding protein / dna binding protein-DNA complex / Nucleoid occlusion / ftsz and slma
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of division septum assembly / bacterial nucleoid / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoid occlusion factor SlmA / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nucleoid occlusion factor SlmA
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: SlmA forms a higher-order structure on DNA that inhibits cytokinetic Z-ring formation over the nucleoid.
著者: Tonthat, N.K. / Milam, S.L. / Chinnam, N. / Whitfill, T. / Margolin, W. / Schumacher, M.A.
履歴
登録2012年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nucleoid occlusion factor SlmA
B: Nucleoid occlusion factor SlmA
C: Nucleoid occlusion factor SlmA
D: Nucleoid occlusion factor SlmA
W: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')
Z: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,4916
ポリマ－103,4916
非ポリマー00
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12340 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area36530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.100, 61.360, 121.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Nucleoid occlusion factor SlmA


分子量: 22806.291 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: slmA, VC_0214 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KVD2
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')


分子量: 6132.991 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: peg 8000, calcium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.03 Å
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→119.32 Å / Num. obs: 33622 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 44.7 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→63.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1192049.58 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 2678 7.9 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.225 33622 90.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.7726 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.07 Å20 Å2-3.34 Å2
2--10.37 Å20 Å2
3----6.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→63.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6154 814 0 228 7196
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.99
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.581.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.732.5
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 335 8 %
Rwork0.384 3857 -
obs--68.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4dna-rna_rep.paramdna-rna.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る