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万見
- PDB-4gcl: structure of no-dna factor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gcl
タイトルstructure of no-dna factor
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*T)-3')
  • Nucleoid occlusion factor SlmA
キーワードdna binding protein/DNA / dna binding protein / dna binding protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of division septum assembly / bacterial nucleoid / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoid occlusion factor SlmA / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type ...Nucleoid occlusion factor SlmA / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nucleoid occlusion factor SlmA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: SlmA forms a higher-order structure on DNA that inhibits cytokinetic Z-ring formation over the nucleoid.
著者: Tonthat, N.K. / Milam, S.L. / Chinnam, N. / Whitfill, T. / Margolin, W. / Schumacher, M.A.
履歴
登録2012年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoid occlusion factor SlmA
B: Nucleoid occlusion factor SlmA
C: Nucleoid occlusion factor SlmA
D: Nucleoid occlusion factor SlmA
E: Nucleoid occlusion factor SlmA
F: Nucleoid occlusion factor SlmA
G: Nucleoid occlusion factor SlmA
H: Nucleoid occlusion factor SlmA
W: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*T)-3')
Z: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*T)-3')
R: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*T)-3')
T: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,46916
ポリマ－211,68812
非ポリマー7814
水7,062392
1
A: Nucleoid occlusion factor SlmA
B: Nucleoid occlusion factor SlmA
C: Nucleoid occlusion factor SlmA
D: Nucleoid occlusion factor SlmA
W: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*T)-3')
Z: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,2358
ポリマ－105,8446
非ポリマー3902
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12920 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area34260 Å2
手法PISA
2
E: Nucleoid occlusion factor SlmA
F: Nucleoid occlusion factor SlmA
G: Nucleoid occlusion factor SlmA
H: Nucleoid occlusion factor SlmA
R: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*T)-3')
T: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,2358
ポリマ－105,8446
非ポリマー3902
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12950 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area33530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.290, 160.520, 201.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Nucleoid occlusion factor SlmA


分子量: 24321.148 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: UTI89 / UPEC / 遺伝子: ttk, slmA, UTI89_C4185 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1R4V1
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*T)-3')


分子量: 4279.803 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: sodium/potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月23日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→125 Å / Num. all: 3494 / Num. obs: 61320 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 57.5 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→64.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3029863.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 6993 11.4 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.23 61320 91.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.9868 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.43 Å20 Å20 Å2
2--36.12 Å20 Å2
3----23.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→64.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12346 1136 48 392 13922
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.071.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.112.5
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 1120 11.1 %
Rwork0.352 8966 -
obs--91.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION5mes.param.txtmes.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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