PDB-4gci: Crystal structure of glutahtione s-transferase homolog from yersi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gci

タイトル

Crystal structure of glutahtione s-transferase homolog from yersinia pestis, target EFI-501894, with bound glutathione, monoclinic form

要素

Glutathione S-transferase

キーワード

TRANSFERASE / GST / glutathione S-transferase / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of glutahtione s-transferase homolog from yersinia pestis, target EFI-501894, with bound glutathione, monoclinic form
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / ...

履歴

登録	2012年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gci.cif.gz	185.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gci.ent.gz	147.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gci.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/4gci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/4gci	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4g9hS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4g9h-d 3ee2-d 4q5r-1 6f05-2 4hi7-d 3uar-1 2nto-1 5uas-2 4iel-1 4pnf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-501894

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (10) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase

B: Glutathione S-transferase

ヘテロ分子

48.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.741, 89.338, 57.546
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.260, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase / Glutathionine S-transferase 分子量: 23791.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: gst, gst2, y1968, YP_2153 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8D0L3
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.53 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffuction / pH: 5.5 詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 100 mM NaCl); Reservoir (0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Bis-Tris:HCl pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350); Cryoprotection (Reservoir, + 20% ethylene glycol), sitting drop ...詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 100 mM NaCl); Reservoir (0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Bis-Tris:HCl pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350); Cryoprotection (Reservoir, + 20% ethylene glycol), sitting drop vapor diffuction, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.53 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffuction / pH: 5.5
詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 100 mM NaCl); Reservoir (0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Bis-Tris:HCl pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350); Cryoprotection (Reservoir, + 20% ethylene glycol), sitting drop ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月20日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→53.257 Å / Num. all: 72798 / Num. obs: 72798 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 8.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.5-1.58	3.7	0.577	1.3	39464	10613	0.577	100
1.58-1.68	3.7	0.4	1.9	37526	10055	0.4	100
1.68-1.79	3.8	0.273	2.8	35389	9432	0.273	100
1.79-1.94	3.8	0.171	4.3	33161	8793	0.171	100
1.94-2.12	3.8	0.116	6	30661	8092	0.116	100
2.12-2.37	3.8	0.1	6.4	27865	7316	0.1	100
2.37-2.74	3.8	0.091	6.8	24809	6500	0.091	100
2.74-3.35	3.8	0.064	8.7	20915	5462	0.064	100
3.35-4.74	3.8	0.046	12.3	16139	4249	0.046	100
4.74-22.873	3.7	0.041	13	8458	2286	0.041	96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 4G9H

4g9h

解像度: 1.5→22.873 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / FOM work R set: 0.8688 / SU ML: 0.12 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 20.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2077	3669	5.04 %	RANDOM
R_work	0.1756	-	-	-
all	0.1772	72757	-	-
obs	0.1772	72757	99.87 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.25 Å² / B_iso mean: 32.2543 Å² / B_iso min: 17.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→22.873 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3196	0	41	511	3748

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3359
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.038	4566
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	513
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	588
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.813	1268

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5-1.5197	0.3087	139	0.2721	2703	2842	100
1.5197-1.5406	0.2623	127	0.2563	2618	2745	100
1.5406-1.5626	0.2512	135	0.239	2644	2779	100
1.5626-1.5859	0.289	137	0.222	2656	2793	100
1.5859-1.6106	0.2148	131	0.2068	2675	2806	100
1.6106-1.637	0.2455	144	0.2032	2645	2789	100
1.637-1.6653	0.2155	136	0.1962	2622	2758	100
1.6653-1.6955	0.2364	143	0.1965	2695	2838	100
1.6955-1.7281	0.2282	136	0.2012	2634	2770	100
1.7281-1.7634	0.249	141	0.1933	2650	2791	100
1.7634-1.8017	0.2304	153	0.187	2683	2836	100
1.8017-1.8436	0.2098	141	0.177	2602	2743	100
1.8436-1.8897	0.1955	132	0.1736	2676	2808	100
1.8897-1.9408	0.2308	133	0.1716	2667	2800	100
1.9408-1.9979	0.1919	140	0.1759	2651	2791	100
1.9979-2.0623	0.2051	134	0.18	2669	2803	100
2.0623-2.136	0.1852	147	0.171	2660	2807	100
2.136-2.2214	0.2164	154	0.1698	2652	2806	100
2.2214-2.3224	0.2237	149	0.1763	2658	2807	100
2.3224-2.4447	0.1979	141	0.1707	2637	2778	100
2.4447-2.5977	0.2095	145	0.1754	2679	2824	100
2.5977-2.7979	0.2039	150	0.1787	2639	2789	100
2.7979-3.0789	0.2111	150	0.1733	2674	2824	100
3.0789-3.523	0.2185	140	0.1599	2667	2807	100
3.523-4.4334	0.1742	139	0.1489	2704	2843	100
4.4334-22.8755	0.1825	152	0.1678	2628	2780	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1849	-0.2167	-0.7764	1.4593	-0.0565	1.7261	-0.0103	-0.192	0.0528	0.3008	0.0554	-0.0815	-0.1242	0.0409	-0.0479	0.2456	0.0022	-0.0379	0.2268	-0.0146	0.1723	-4.3789	96.4799	74.272
2	1.7999	-0.7025	0.0393	1.1439	0.3185	0.9015	0.1072	0.0949	-0.203	-0.1493	-0.1236	0.3642	-0.006	-0.2931	0.0201	0.2132	-0.0035	-0.0204	0.2883	-0.0098	0.3019	-18.0576	84.4018	59.3598
3	0.9664	-0.279	-0.0249	1.5054	0.4077	1.1167	-0.0006	-0.082	-0.1007	0.1231	0.0396	-0.0848	0.0814	0.0609	-0.0482	0.2186	0.0126	-0.0205	0.2095	0.0136	0.2097	-2.4989	82.0903	67.6262
4	2.3724	-0.5786	-0.4211	2.4802	0.5014	2.1436	-0.074	0.162	-0.2371	0.1316	0.0737	0.3309	0.2416	-0.0151	-0.0284	0.2534	-0.011	0.021	0.229	0.0199	0.334	-9.4844	74.661	65.7684
5	3.6634	-1.5153	-0.5903	3.5874	0.6366	3.1747	0.088	-0.3551	-0.2506	0.5144	0.0822	0.1	0.3501	-0.1679	-0.1653	0.3987	-0.0039	-0.042	0.3171	0.058	0.2097	-6.2453	83.3663	82.003
6	0.9492	-0.0869	-0.1012	1.6047	-0.6242	2.0476	0.0227	0.0737	-0.0258	-0.1583	-0.0235	-0.1281	0.0957	0.0752	-0.0165	0.2029	-0.0015	0.0147	0.21	-0.0097	0.2333	0.9391	97.5939	49.4698
7	2.0978	0.8436	-0.4391	0.9951	-0.4391	0.3562	0.0194	0.0561	0.0556	0.0091	0.0244	0.3115	0.0183	-0.0993	-0.047	0.2333	0.0256	0.0153	0.2805	0.0175	0.3416	-20.9979	101.0212	56.3308
8	1.9722	0.388	-0.6256	2.0358	-0.745	1.5156	0.0605	0.025	0.3604	0.0324	0.0674	0.2356	-0.1662	-0.1402	-0.103	0.204	0.0145	0.0153	0.2004	0.011	0.2835	-9.2429	111.8051	51.3192

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 105 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 106 through 141 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 142 through 168 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 169 through 188 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 189 through 201 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 105 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 106 through 141 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 142 through 201 )	B

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)