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Yorodumi- PDB-4gci: Crystal structure of glutahtione s-transferase homolog from yersi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4gci | ||||||
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Title | Crystal structure of glutahtione s-transferase homolog from yersinia pestis, target EFI-501894, with bound glutathione, monoclinic form | ||||||
Components | Glutathione S-transferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / GST / glutathione S-transferase / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Function and homology information Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Yersinia pestis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Armstrong, R.N. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of glutahtione s-transferase homolog from yersinia pestis, target EFI-501894, with bound glutathione, monoclinic form Authors: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / ...Authors: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Armstrong, R.N. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4gci.cif.gz | 185.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4gci.ent.gz | 147.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4gci.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/4gci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/4gci | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4g9hS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23791.279 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Yersinia pestis (bacteria) / Gene: gst, gst2, y1968, YP_2153 / Plasmid: pET / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q8D0L3 #2: Chemical | ChemComp-CL / | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: sitting drop vapor diffuction / pH: 5.5 Details: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 100 mM NaCl); Reservoir (0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Bis-Tris:HCl pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350); Cryoprotection (Reservoir, + 20% ethylene glycol), sitting drop ...Details: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 100 mM NaCl); Reservoir (0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Bis-Tris:HCl pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350); Cryoprotection (Reservoir, + 20% ethylene glycol), sitting drop vapor diffuction, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Jul 20, 2012 / Details: MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→53.257 Å / Num. all: 72798 / Num. obs: 72798 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.8 % / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 8.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 4G9H Resolution: 1.5→22.873 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / FOM work R set: 0.8688 / SU ML: 0.12 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Phase error: 20.8 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 79.25 Å2 / Biso mean: 32.2543 Å2 / Biso min: 17.05 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→22.873 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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