PDB-4gc4: Crystal structure of the mutant R160A.R203A of orotidine 5'-monop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gc4

タイトル

Crystal structure of the mutant R160A.R203A of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor BMP

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / tim barrel / orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / inhibitor BMP / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4204 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Desai, B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
著者: Desai, B.J. / Wood, B.M. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Goryanova, B. / Amyes, T.L. / Richard, J.P. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2012年7月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gc4.cif.gz	100.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gc4.ent.gz	77.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gc4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gc4_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gc4_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	4gc4_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	4gc4_validation.cif.gz	27.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/4gc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/4gc4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3li0C 3p5yC 3p5zC 3p60C 3p61C 3qezC 3qf0C 3qmrC 3qmsC 3qmtC 3rluC 3rlvC 3sj3C 3v1pC 4fx6C 4fx8C 4fxrC 3ltpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nx5-d 1so4-d 3nqa-1 3li0-d 3sj3-d 3wk3-1 3nqc-d 4o8r-1 3g1f-3 3m47-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

50.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.624, 56.611, 127.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24712.467 Da / 分子数: 2 / 変異: R160A, R203A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌) 株: ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-BMP / 6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE / 6-ヒドロキシウリジン5′-りん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 340.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₁₀P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 3.5M sodium formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月13日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→42.293 Å / Num. all: 77257 / Num. obs: 77257 / % possible obs: 99.21 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LTP

3ltp

解像度: 1.4204→42.293 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2111	3879	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1841	-	-	-
all	0.1855	77257	-	-
obs	0.1855	77257	99.21 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4204→42.293 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3289	0	44	225	3558

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3460
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.056	4691
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.654	1345
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	532
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	622

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4204-1.4378	0.248	131	0.2275	2462	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4378-1.456	0.276	154	0.2163	2600	X-RAY DIFFRACTION	98
1.456-1.4751	0.2384	126	0.2039	2528	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4751-1.4953	0.2497	129	0.2003	2602	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4953-1.5167	0.253	127	0.226	2554	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5167-1.5393	0.2586	135	0.22	2586	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5393-1.5634	0.2285	126	0.2102	2607	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5634-1.589	0.211	129	0.1883	2542	X-RAY DIFFRACTION	99
1.589-1.6164	0.2206	122	0.1797	2661	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6164-1.6458	0.2337	118	0.1795	2582	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6458-1.6775	0.2161	144	0.177	2595	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6775-1.7117	0.2259	138	0.1812	2598	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7117-1.7489	0.2211	127	0.1862	2584	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7489-1.7896	0.2238	146	0.1785	2608	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7896-1.8344	0.1813	137	0.1734	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8344-1.884	0.1914	163	0.1695	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.884-1.9394	0.199	142	0.1701	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9394-2.002	0.1972	152	0.1653	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.002-2.0736	0.2215	141	0.1741	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0736-2.1566	0.2217	128	0.176	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1566-2.2547	0.2039	159	0.1776	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2547-2.3736	0.2071	154	0.1789	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3736-2.5223	0.2251	134	0.1883	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5223-2.717	0.2238	145	0.1919	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.717-2.9904	0.2165	152	0.1979	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9904-3.4229	0.2009	133	0.1981	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4229-4.3119	0.2139	151	0.1608	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3119-42.3116	0.1811	136	0.191	2849	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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