PDB-4gbf: Crystal structure of the C-terminal domain of gp131 from bacterio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gbf

タイトル

Crystal structure of the C-terminal domain of gp131 from bacteriophage phiKZ

要素

PHIKZ131

キーワード

VIRAL PROTEIN / 7-bladed beta-propeller / Possibly participates in binding of the phage to the host cell / At the periphery of the baseplate or in the fiber of bacteriophage phiKZ

機能・相同性

virus tail, baseplate / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / metal ion binding / PHIKZ131

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.949 Å

データ登録者

Sycheva, L.V. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.

引用

ジャーナル: Virology / 年: 2012
タイトル: Crystal structure and location of gp131 in the bacteriophage phiKZ virion.
著者: Sycheva, L.V. / Shneider, M.M. / Sykilinda, N.N. / Ivanova, M.A. / Miroshnikov, K.A. / Leiman, P.G.

履歴

登録	2012年7月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月2日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gbf.cif.gz	310.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gbf.ent.gz	252.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gbf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gbf_validation.pdf.gz	436.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gbf_full_validation.pdf.gz	437.6 KB	表示
XML形式データ	4gbf_validation.xml.gz	32.6 KB	表示
CIF形式データ	4gbf_validation.cif.gz	48.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/4gbf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/4gbf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5rar-1 3f98-2 3erf-1 4l8e-1 7bj5-6 7bj5-10 7bj5-1 7bj5-3 3erg-d 3gx0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PHIKZ131

B: PHIKZ131

ヘテロ分子

88.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PHIKZ131

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PHIKZ131

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.449, 86.353, 97.362
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PHIKZ131 分子量: 43964.672 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 375-771) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Modified pET28a 由来: (組換発現) Pseudomonas phage phiKZ (ファージ) 遺伝子: ORF131 / プラスミド: pESL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q8SD31
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.23 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25% PEG3350, 0.25M magnesium chloride, 0.1M BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月27日詳細: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator and dynamically bendable mirror
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→48.68 Å / Num. obs: 49414 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.2 % / B_iso Wilson estimate: 31.824 Å² / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 15.37
反射シェル	解像度: 1.95→2.07 Å / 冗長度: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 6863 / R_sym value: 0.546 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
RemDAq		データ収集
SHELX	C/D/E	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELX	C/D/E	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.949→43.18 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1986	2470	5 %	RANDOM
R_work	0.1606	-	-	-
obs	0.1625	49414	99.66 %	-
all	-	49595	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 55.207 Å² / k_sol: 0.384 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9538 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.303 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.2567 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.949→43.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5748	0	9	609	6366

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6043
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.887	8308
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.704	2121
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	894
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1084

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9489-1.9864	0.2837	129	0.2305	2435	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9864-2.0269	0.2677	136	0.2049	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0269-2.071	0.2596	134	0.1877	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.071-2.1192	0.254	136	0.1787	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1192-2.1722	0.2202	136	0.166	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1722-2.2309	0.1985	136	0.1595	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2309-2.2965	0.2314	136	0.1709	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2965-2.3706	0.2716	137	0.1761	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3706-2.4554	0.2133	136	0.1725	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4554-2.5537	0.2508	137	0.1746	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5537-2.6699	0.2473	136	0.178	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6699-2.8106	0.2235	136	0.1814	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8106-2.9867	0.1943	138	0.1649	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9867-3.2172	0.1811	139	0.1495	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2172-3.5408	0.1755	139	0.1396	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5408-4.0529	0.1541	140	0.1281	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0529-5.1049	0.1531	141	0.1255	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1049-43.1871	0.1855	148	0.1887	2806	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3446	-0.1902	-0.0597	2.7224	0.4176	2.8925	-0.007	-0.041	-0.0719	-0.0116	-0.0073	-0.0739	-0.0051	0.1381	0.0094	0.0836	-0.0132	0.0066	0.1357	0.0294	0.1124	30.2658	37.4595	19.381
2	0.9491	0.5296	0.047	0.669	0.0713	1.2778	-0.0892	-0.1331	-0.4882	-0.0084	-0.015	-0.134	0.2753	-0.0015	-0.0978	0.0903	0.0003	0.0412	-0.0033	0.0593	-0.0079	16.2255	29.6262	23.4303
3	1.0517	0.1963	-0.6884	2.4781	1.1604	2.7167	-0.1237	0.2148	-0.2301	-0.1239	-0.0817	0.1765	0.4063	-0.4226	0.2092	0.2244	-0.0554	0.0145	0.2334	-0.0258	0.193	7.8697	31.9703	5.4368
4	1.4655	0.1805	0.0486	0.9277	0.0495	1.8909	0.0174	0.0481	0.0021	0.0289	-0.0348	-0.0751	-0.0761	-0.0264	0.0277	0.1151	-0.0092	0.0123	0.1375	0.0012	0.1266	23.8552	40.0417	1.859
5	1.7979	0.9342	-0.8624	2.6192	-0.92	2.6935	-0.0308	0.0524	-0.0596	0.0051	0.0572	0.076	-0.0008	-0.1737	-0.0464	0.098	0.0068	-0.001	0.1473	-0.0054	0.1335	8.7219	-4.4606	3.7438
6	0.8905	-0.2898	-0.0491	1.1486	0.0232	1.0728	-0.053	0.0035	-0.1906	-0.0199	0.0162	-0.068	0.2164	0.0027	-0.1134	0.0757	-0.0134	0.0063	0.0389	-0.0088	0.0955	24.665	-14.1341	4.196
7	1.54	-0.2383	0.1797	0.7867	0.3667	1.994	0.002	-0.0472	0.0969	0.0588	0.0125	-0.0153	-0.0159	-0.0321	0.0011	0.1574	-0.0023	-0.0001	0.1455	0.0021	0.1331	16.3375	-3.9926	21.5261

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 399:486 )	A	399 - 486
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 487:583 )	A	487 - 583
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 584:641 )	A	584 - 641
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 642:767 )	A	642 - 767
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 398:486 )	B	398 - 486
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 487:618 )	B	487 - 618
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 619:767 )	B	619 - 767

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)