PDB-4gao: DCNL complex with N-terminally acetylated NEDD8 E2 peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gao

タイトル

DCNL complex with N-terminally acetylated NEDD8 E2 peptide

要素

DCN1-like protein 2
NEDD8-conjugating enzyme Ubc12

キーワード

LIGASE/PEPTIDE / E3 ligase / LIGASE-PEPTIDE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

E2 NEDD8-conjugating enzyme / NEDD8 conjugating enzyme activity / positive regulation of protein neddylation / ubiquitin-like protein binding / regulation of protein neddylation / NEDD8 transferase activity / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / cullin family protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.28 Å

データ登録者

Monda, J.K. / Scott, D.C. / Miller, D.J. / Harper, J.W. / Bennett, E.J. / Schulman, B.A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Conservation of Distinctive N-terminal Acetylation-Dependent Interactions across a Family of Mammalian NEDD8 Ligation Enzymes.
著者: Monda, J.K. / Scott, D.C. / Miller, D.J. / Lydeard, J. / King, D. / Harper, J.W. / Bennett, E.J. / Schulman, B.A.

履歴

登録	2012年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月19日	Group: Database references
改定 1.2	2013年1月30日	Group: Database references
改定 2.0	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gao.cif.gz	312.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gao.ent.gz	257.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gao.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gao_validation.pdf.gz	477.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gao_full_validation.pdf.gz	483 KB	表示
XML形式データ	4gao_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	4gao_validation.cif.gz	41.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/4gao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/4gao	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gbaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ufi-1 5up8-d 2zg9-d 4lyu-d 3lze-d 4cso-1 5axs-d 4mjy-d 6py5-d 4igk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (9) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (7) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (9)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (7)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DCN1-like protein 2

B: DCN1-like protein 2

C: NEDD8-conjugating enzyme Ubc12

D: DCN1-like protein 2

E: NEDD8-conjugating enzyme Ubc12

F: NEDD8-conjugating enzyme Ubc12

G: DCN1-like protein 2

H: NEDD8-conjugating enzyme Ubc12

ヘテロ分子

99.1 kDa, 8 ポリマー
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1

A: DCN1-like protein 2

F: NEDD8-conjugating enzyme Ubc12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DCN1-like protein 2

C: NEDD8-conjugating enzyme Ubc12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: DCN1-like protein 2

E: NEDD8-conjugating enzyme Ubc12

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: DCN1-like protein 2

H: NEDD8-conjugating enzyme Ubc12

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.567, 190.151, 49.072
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.75, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D
1	2	B
2	2	G

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	PRO	PRO	A	A	60 - 249	1 - 190
2	1	LYS	LYS	PRO	PRO	D	D	62 - 249	3 - 190
1	2	GLY	GLY	VAL	VAL	B	B	60 - 251	1 - 192
2	2	GLY	GLY	VAL	VAL	G	G	60 - 251	1 - 192

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	DCN1-like protein 2 / DCUN1 domain-containing protein 2 / Defective in cullin neddylation protein 1-like protein 2 分子量: 23206.559 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCUN1D2, C13orf17, DCUN1L2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PH85
#2: タンパク質・ペプチド	NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 分子量: 1537.950 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61081
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION 分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 20% PEG2000 MME, 0.1M NaBr, 3% sorbitol, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 77 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月6日

放射

モノクロメーター: single crystal, side bounce horizontal offset Silicon 220 monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.28→40 Å / Num. all: 13036 / Num. obs: 12366 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
3.28-3.42	1	80
3.42-3.55	1	89.3
3.55-3.72	1	94.5
3.72-3.91	1	96.6
3.91-4.16	1	97.8
4.16-4.48	1	97.5
4.48-4.93	1	97.8
4.93-5.64	1	97.7
5.64-7.1	1	97.5
7.1-40	1	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.28→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.863 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.783 / SU B: 77.659 / SU ML: 0.595 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.711 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29631	643	4.9 %	RANDOM
R_work	0.25162	-	-	-
obs	0.25376	12366	98.1 %	-
all	-	13036	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.88 Å²	0 Å²	-1.13 Å²
2-	-	2.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.28→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6297	0	2	0	6299

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	6445
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.951	1.96	8731
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.296	5	795
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.499	25.017	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.12	15	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.888	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	951
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	4936
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.552	1.5	4016
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.03	2	6354
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.725	3	2429
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.334	4.5	2377
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	1445	medium positional	0.28	0.5
2	2	1425	medium positional	0.3	0.5
1	1	1445	medium thermal	2.82	2
2	2	1425	medium thermal	1.8	2

LS精密化シェル

解像度: 3.28→3.369 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.349	43	-
R_work	0.303	743	-
obs	-	-	83 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 11.7702 Å / Origin y: 42.8478 Å / Origin z: -1.6495 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0317 Å²	-0.0373 Å²	-0.0114 Å²	-	0.1246 Å²	0.0132 Å²	-	-	0.0022 Å²
L	0.0989 °²	0.035 °²	0.0987 °²	-	0.8711 °²	0.3252 °²	-	-	0.2126 °²
S	0 Å °	0.0365 Å °	-0.01 Å °	0.0848 Å °	-0.0051 Å °	-0.0015 Å °	0.0138 Å °	-0.0368 Å °	0.0051 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	60 - 252
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	60 - 251
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	1 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	62 - 249
5	X-RAY DIFFRACTION	1	E	1 - 10
6	X-RAY DIFFRACTION	1	F	1 - 11
7	X-RAY DIFFRACTION	1	G	60 - 252
8	X-RAY DIFFRACTION	1	H	1 - 10

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関連情報:EMDBヘッダ

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