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- PDB-4gao: DCNL complex with N-terminally acetylated NEDD8 E2 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gao
タイトルDCNL complex with N-terminally acetylated NEDD8 E2 peptide
要素
  • DCN1-like protein 2
  • NEDD8-conjugating enzyme Ubc12
キーワードLIGASE/PEPTIDE / E3 ligase / LIGASE-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


E2 NEDD8-conjugating enzyme / NEDD8 conjugating enzyme activity / positive regulation of protein neddylation / ubiquitin-like protein binding / regulation of protein neddylation / NEDD8 transferase activity / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / cullin family protein binding ...E2 NEDD8-conjugating enzyme / NEDD8 conjugating enzyme activity / positive regulation of protein neddylation / ubiquitin-like protein binding / regulation of protein neddylation / NEDD8 transferase activity / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / cullin family protein binding / ubiquitin ligase complex / post-translational protein modification / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / protein modification process / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cullin, PONY binding domain / Potentiating neddylation domain / Defective-in-cullin neddylation protein / DCN1-like, PONY binding domain / Cullin binding / DCUN1 domain profile. / UBA-like domain / : / UBA-like superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site ...Cullin, PONY binding domain / Potentiating neddylation domain / Defective-in-cullin neddylation protein / DCN1-like, PONY binding domain / Cullin binding / DCUN1 domain profile. / UBA-like domain / : / UBA-like superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 / DCN1-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Monda, J.K. / Scott, D.C. / Miller, D.J. / Harper, J.W. / Bennett, E.J. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Conservation of Distinctive N-terminal Acetylation-Dependent Interactions across a Family of Mammalian NEDD8 Ligation Enzymes.
著者: Monda, J.K. / Scott, D.C. / Miller, D.J. / Lydeard, J. / King, D. / Harper, J.W. / Bennett, E.J. / Schulman, B.A.
履歴
登録2012年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 1.22013年1月30日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DCN1-like protein 2
B: DCN1-like protein 2
C: NEDD8-conjugating enzyme Ubc12
D: DCN1-like protein 2
E: NEDD8-conjugating enzyme Ubc12
F: NEDD8-conjugating enzyme Ubc12
G: DCN1-like protein 2
H: NEDD8-conjugating enzyme Ubc12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,13810
ポリマ－98,9788
非ポリマー1602
水00
1
A: DCN1-like protein 2
F: NEDD8-conjugating enzyme Ubc12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8243
ポリマ－24,7452
非ポリマー801
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area10300 Å2
手法PISA
2
B: DCN1-like protein 2
C: NEDD8-conjugating enzyme Ubc12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8243
ポリマ－24,7452
非ポリマー801
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10210 Å2
手法PISA
3
D: DCN1-like protein 2
E: NEDD8-conjugating enzyme Ubc12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7452
ポリマ－24,7452
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10340 Å2
手法PISA
4
G: DCN1-like protein 2
H: NEDD8-conjugating enzyme Ubc12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7452
ポリマ－24,7452
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.567, 190.151, 49.072
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22G

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A60 - 249
2114D62 - 249
1124B60 - 251
2124G60 - 251

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
DCN1-like protein 2 / DCUN1 domain-containing protein 2 / Defective in cullin neddylation protein 1-like protein 2


分子量: 23206.559 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCUN1D2, C13orf17, DCUN1L2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PH85
#2: タンパク質・ペプチド
NEDD8-conjugating enzyme Ubc12


分子量: 1537.950 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61081
#3: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 20% PEG2000 MME, 0.1M NaBr, 3% sorbitol, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月6日
放射モノクロメーター: single crystal, side bounce horizontal offset Silicon 220 monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.28→40 Å / Num. all: 13036 / Num. obs: 12366 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
3.28-3.42180
3.42-3.55189.3
3.55-3.72194.5
3.72-3.91196.6
3.91-4.16197.8
4.16-4.48197.5
4.48-4.93197.8
4.93-5.64197.7
5.64-7.1197.5
7.1-40197.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.28→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.863 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.783 / SU B: 77.659 / SU ML: 0.595 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.711 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29631 643 4.9 %RANDOM
Rwork0.25162 ---
obs0.25376 12366 98.1 %-
all-13036 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å20 Å2-1.13 Å2
2--2.34 Å20 Å2
3----1.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.28→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6297 0 2 0 6299
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226445
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9511.968731
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2965795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.49925.017297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.12151024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8881520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2951
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214936
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5521.54016
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0326354
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.72532429
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3344.52377
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
111445medium positional0.280.5
221425medium positional0.30.5
111445medium thermal2.822
221425medium thermal1.82
LS精密化 シェル解像度: 3.28→3.369 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 43 -
Rwork0.303 743 -
obs--83 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.7702 Å / Origin y: 42.8478 Å / Origin z: -1.6495 Å
111213212223313233
T0.0317 Å2-0.0373 Å2-0.0114 Å2-0.1246 Å20.0132 Å2--0.0022 Å2
L0.0989 °20.035 °20.0987 °2-0.8711 °20.3252 °2--0.2126 °2
S0 Å °0.0365 Å °-0.01 Å °0.0848 Å °-0.0051 Å °-0.0015 Å °0.0138 Å °-0.0368 Å °0.0051 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A60 - 252
2X-RAY DIFFRACTION1B60 - 251
3X-RAY DIFFRACTION1C1 - 10
4X-RAY DIFFRACTION1D62 - 249
5X-RAY DIFFRACTION1E1 - 10
6X-RAY DIFFRACTION1F1 - 11
7X-RAY DIFFRACTION1G60 - 252
8X-RAY DIFFRACTION1H1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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