[日本語] English
万見
- PDB-4g97: Crystal structure of the response regulator PhyR from Brucella abortus -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g97
タイトルCrystal structure of the response regulator PhyR from Brucella abortus
要素Response regulator receiver
キーワードSIGNALING PROTEIN / response regulator / alfa + beta protein / response regulator of a two-component signal transduction system
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / host cell perinuclear region of cytoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Signal transduction response regulator PhyR-like, alphaproteobacteria / PhyR, sigma-like (SL) domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Up-down Bundle ...Signal transduction response regulator PhyR-like, alphaproteobacteria / PhyR, sigma-like (SL) domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Response regulator receiver
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis biovar Abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Klinke, S. / Sycz, G. / Rinaldi, J.J. / Paris, G. / Goldbaum, F.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the response regulator PhyR from Brucella abortus
著者: Klinke, S. / Sycz, G. / Rinaldi, J.J. / Paris, G. / Goldbaum, F.A.
履歴
登録2012年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Response regulator receiver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9362
ポリマ－29,8961
非ポリマー401
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.370, 53.370, 177.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Response regulator receiver


分子量: 29895.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis biovar Abortus (ウシ流産菌)
株: 2308 / 遺伝子: BAB1_1671, BAB1_1671, PhyR / プラスミド: PET24A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q2YRH9
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.75 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.9
詳細: 22% PEG 4000, 11% ISOPROPANOL, 0.1 M SODIUM ACETATE, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月13日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCROMATOR CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 16947 / Num. obs: 16947 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.31 % / Biso Wilson estimate: 40.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 19.92
反射 シェル解像度: 2.05→2.17 Å / 冗長度: 8.44 % / Rmerge(I) obs: 1.055 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. unique all: 2641 / Rsym value: 1.055 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
AMoRE位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 3N0R

3n0r


解像度: 2.05→39.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9234 / SU R Cruickshank DPI: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2469 848 5.01 %RANDOM
Rwork0.2125 ---
all0.2143 16939 --
obs0.2143 16939 99.95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 45.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.963 Å20 Å20 Å2
2--3.963 Å20 Å2
3----7.9259 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1824 0 1 45 1870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011857HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.092525HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d626SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes41HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes276HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1857HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.31
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion260SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2229SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.17 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2675 133 5.03 %
Rwork0.2348 2509 -
all0.2366 2642 -
obs-2641 99.7 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る