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万見
- PDB-4g89: Crystal structure of k. pneumoniae mta/adohcy nucleosidase in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g89
タイトルCrystal structure of k. pneumoniae mta/adohcy nucleosidase in complex with fragmented s-adenosyl-l-homocysteine
要素5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
キーワードHYDROLASE / MIXED ALPHA/BETA / DIMER / S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE / CLEAVAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


purine deoxyribonucleoside catabolic process / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine
類似検索 - 分子機能
MTA/SAH nucleosidase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENINE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Norris, G.E. / Brown, R.L. / Anderson, B.F. / Tyler, P.C. / Evans, G.B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of k. pneumoniae mta/adohcy nucleosidase in complex with fragmented s-adenosyl-l-homocysteine
著者: Norris, G.E. / Brown, R.L. / Anderson, B.F. / Tyler, P.C. / Evans, G.B.
履歴
登録2012年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
B: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6495
ポリマ－50,0332
非ポリマー6163
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area18040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.346, 59.242, 82.926
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase / MTA/SAH nucleosidase / MTAN / 5'-methylthioadenosine nucleosidase / MTA nucleosidase / S- ...MTA/SAH nucleosidase / MTAN / 5'-methylthioadenosine nucleosidase / MTA nucleosidase / S-adenosylhomocysteine nucleosidase / AdoHcy nucleosidase / SAH nucleosidase / SRH nucleosidase


分子量: 25016.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
株: MGH 78578 ATCC 70072 / 遺伝子: KPN 00174, KPN78578_01730, KPN_00174, mtnN / プラスミド: pPROEX HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A6T4W3, adenosylhomocysteine nucleosidase
#2: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.66 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.67M AMMONIUM SULPHATE, 80MM HEPES PH 7.5, 1.7% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年9月3日 / 詳細: CAPILLIARY
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2x-ray1
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30.64 Å / Num. all: 25670 / Num. obs: 25670 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 24.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1671 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: S.AUREUS MTAN

解像度: 2.1→30.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.606 / SU ML: 0.145 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC WITH TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21982 1294 5 %RANDOM
Rwork0.16005 ---
all0.16307 25670 --
obs0.16307 24376 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.615 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.7 Å20 Å22.89 Å2
2---1.86 Å20 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3450 0 31 278 3759
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193598
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7891.9644883
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08835745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.5545481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.56924.861144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.56715605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9741519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02689
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 82 -
Rwork0.263 1671 -
obs-1671 96.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
113.6975-2.4478-3.2333.8269-2.71193.96790.28041.2745-0.4334-0.2211-0.06350.43850.063-0.517-0.21690.12680.1787-0.10950.383-0.13410.24215.779-3.4323.689
273.0543-32.13725.484415.8495-9.096926.51333.13144.7909-8.2726-1.1365-2.13143.7529-0.67480.6521-10.453-0.1224-0.53720.7761-0.29951.090618.468-3.724-8.366
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B153 - 169
2X-RAY DIFFRACTION2B197 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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