[日本語] English
万見
- PDB-4g7n: The Structure of the Plk4 Cryptic Polo Box Reveals Two Tandem Pol... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g7n
タイトルThe Structure of the Plk4 Cryptic Polo Box Reveals Two Tandem Polo Boxes Required for Centriole Duplication
要素Serine/threonine-protein kinase PLK4
キーワードTRANSFERASE / Polo Box / Kinase targeting and regulation / Asterless / Centriole
機能・相同性
機能・相同性情報


syncytial blastoderm mitotic cell cycle / regulation of centriole replication / sperm axoneme assembly / polo kinase / male meiotic nuclear division / centrosome cycle / centriole replication / centriole / regulation of protein stability / positive regulation of protein catabolic process ...syncytial blastoderm mitotic cell cycle / regulation of centriole replication / sperm axoneme assembly / polo kinase / male meiotic nuclear division / centrosome cycle / centriole replication / centriole / regulation of protein stability / positive regulation of protein catabolic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arylsulfatase, C-terminal domain - #120 / Arylsulfatase, C-terminal domain - #130 / Plk4, C-terminal polo-box domain / Plk4, second cryptic polo-box domain / Plk4, first cryptic polo-box domain / Polo-like Kinase 4 Polo Box 1 / Polo-like Kinase 4 Polo Box 2 / Cryptic Polo-Box 1 (CPB1) domain profile. / Cryptic Polo-Box 2 (CPB2) domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, first cryptic polo-box domain superfamily ...Arylsulfatase, C-terminal domain - #120 / Arylsulfatase, C-terminal domain - #130 / Plk4, C-terminal polo-box domain / Plk4, second cryptic polo-box domain / Plk4, first cryptic polo-box domain / Polo-like Kinase 4 Polo Box 1 / Polo-like Kinase 4 Polo Box 2 / Cryptic Polo-Box 1 (CPB1) domain profile. / Cryptic Polo-Box 2 (CPB2) domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, first cryptic polo-box domain superfamily / : / Arylsulfatase, C-terminal domain / POLO box domain / POLO box domain profile. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase PLK4
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Slep, K.C. / Slevin, L.K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: The structure of the plk4 cryptic polo box reveals two tandem polo boxes required for centriole duplication.
著者: Slevin, L.K. / Nye, J. / Pinkerton, D.C. / Buster, D.W. / Rogers, G.C. / Slep, K.C.
履歴
登録2012年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PLK4
B: Serine/threonine-protein kinase PLK4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9978
ポリマ－51,4212
非ポリマー5766
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area23610 Å2
手法PISA
2
A: Serine/threonine-protein kinase PLK4
ヘテロ分子

A: Serine/threonine-protein kinase PLK4
ヘテロ分子

B: Serine/threonine-protein kinase PLK4
ヘテロ分子

B: Serine/threonine-protein kinase PLK4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,99516
ポリマ－102,8424
非ポリマー1,15312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_547-x+1/2,y-1/2,-z+21
crystal symmetry operation4_557x+1/2,-y+1/2,-z+21
Buried area8360 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area46060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.773, 135.580, 46.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PLK4 / Polo-like kinase 4 / PLK-4 / Serine/threonine-protein kinase SAK


分子量: 25710.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG7186, Plk4, SAK / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 pLysS / 参照: UniProt: O97143, polo kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: an equal volume of 7.2 mg/ml Plk4 PB1-PB2 and well solution containing 1.2 M Li2SO4, 100 mM Hepes, pH 7.5 were mixed together and equilibrated over 1 ml of well solution., VAPOR DIFFUSION, ...詳細: an equal volume of 7.2 mg/ml Plk4 PB1-PB2 and well solution containing 1.2 M Li2SO4, 100 mM Hepes, pH 7.5 were mixed together and equilibrated over 1 ml of well solution., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.0089 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年10月1日
放射モノクロメーター: APS ID22 Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0089 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→31.8 Å / Num. all: 25256 / Num. obs: 22051 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1780 / Rsym value: 0.334 / % possible all: 84.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→31.776 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 25.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2554 1889 8.57 %10
Rwork0.1847 ---
all0.1908 25256 --
obs0.1908 22051 87.31 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.769 Å2 / ksol: 0.308 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3668 Å2-0 Å20 Å2
2---2.1324 Å2-0 Å2
3---2.4991 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→31.776 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3478 0 30 184 3692
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083580
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.094839
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6231379
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072526
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005622
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2995-2.38170.30711500.19811630X-RAY DIFFRACTION72
2.3817-2.4770.29381730.2041819X-RAY DIFFRACTION80
2.477-2.58970.30271740.20951848X-RAY DIFFRACTION82
2.5897-2.72610.30051800.21111897X-RAY DIFFRACTION83
2.7261-2.89680.31870.21282017X-RAY DIFFRACTION88
2.8968-3.12030.29541970.2112106X-RAY DIFFRACTION92
3.1203-3.4340.27492010.19442184X-RAY DIFFRACTION95
3.434-3.93010.22022060.16612144X-RAY DIFFRACTION93
3.9301-4.94850.19252070.13532224X-RAY DIFFRACTION95
4.9485-31.77940.23852140.17662293X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.5707 Å / Origin y: 48.7909 Å / Origin z: 37.6371 Å
111213212223313233
T0.0791 Å20.0009 Å2-0.0144 Å2-0.0616 Å20.0414 Å2--0.1359 Å2
L0.6689 °20.3102 °20.0037 °2-0.4455 °2-0.1111 °2--0.8118 °2
S0.0835 Å °-0.0282 Å °0.0487 Å °0.1162 Å °-0.0775 Å °0.0539 Å °-0.1099 Å °0.0624 Å °-0.0059 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る