PDB-4g6q: The crystal structure of a functionally unknown protein Kfla_6221...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4g6q

タイトル

The crystal structure of a functionally unknown protein Kfla_6221 from Kribbella flavida DSM 17836

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

Helix Hairpins - #2180 / Helix-turn-helix domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Helix Hairpins / Helix non-globular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Kribbella flavida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Tan, K. / Chhor, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a functionally unknown protein Kfla_6221 from Kribbella flavida DSM 17836, CASP Target
著者: Tan, K. / Chhor, G. / Endres, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4g6q.cif.gz	150.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4g6q.ent.gz	126.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4g6q_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4g6q_full_validation.pdf.gz	449.8 KB	表示
XML形式データ	4g6q_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	4g6q_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/4g6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/4g6q	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3gan-2 4ucv-d 5sum-1 2z1k-4 2z1k-2 5nge-1 1gyn-d 5ven-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC103578

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

40.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

B: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

4

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
81.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.759, 77.759, 140.688
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

Experimentally unknown. It is predicted that the chain A and the chain B form dimers with their symmetry-related molecules by the operation ( -y,-x,-z-1/2 ), respectively.

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein 分子量: 20246.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kribbella flavida (バクテリア) / 株: DSM 17836 / 遺伝子: Kfla_6221 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: D2PVI4
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris:HCl, 1.5M Ammonium Phosphate Dibasic, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月20日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→40.5 Å / Num. all: 26743 / Num. obs: 26743 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 36.98 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 49.3
反射シェル	解像度: 2.08→2.12 Å / 冗長度: 13 % / R_merge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 1305 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.08→40.158 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2369	1343	5.04 %	random
R_work	0.1894	-	-	-
obs	0.1918	26657	99.82 %	-
all	-	26657	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.724 Å² / k_sol: 0.332 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7334 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.7334 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.4669 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→40.158 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2687	0	15	152	2854

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2760
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.035	3768
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.342	1006
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	453
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	487

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.0797-2.154	0.2653	118	0.2137	2489	2607	99
2.154-2.2403	0.2995	136	0.2028	2465		100
2.2403-2.3422	0.2839	124	0.2051	2499		100
2.3422-2.4657	0.2645	145	0.2169	2472		100
2.4657-2.6201	0.236	120	0.1907	2512		100
2.6201-2.8224	0.239	149	0.2084	2500		100
2.8224-3.1063	0.2338	137	0.2024	2529		100
3.1063-3.5556	0.2462	172	0.1976	2509		100
3.5556-4.4787	0.2367	131	0.1663	2585		100
4.4787-40.1655	0.1993	111	0.1812	2754		99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8948	3.1599	0.6106	4.8481	1.5835	7.0025	0.0617	0.4347	-1.1447	-0.7103	0.2896	0.1306	-0.3403	0.3244	-0.2296	0.2818	-0.0713	-0.055	0.6182	0.0109	0.3497	-3.2389	-17.7655	-33.8006
2	5.4213	-1.3625	-2.4775	2.6043	0.4319	3.0223	0.0345	-0.4654	-0.1246	0.2637	0.0194	0.0945	-0.0239	0.0179	-0.0852	0.19	-0.0452	0.0277	0.3449	0.0582	0.1885	-3.2987	-18.1927	-18.8077
3	5.4838	-0.8397	-3.6635	7.046	-1.7813	4.6827	0.2385	-1.0712	-1.3904	0.8723	-0.1081	0.5218	1.5715	-0.2472	0.0074	0.5579	-0.1666	0.0272	0.5562	0.1977	0.549	-4.4258	-30.1726	-16.2992
4	0.5204	-2.1653	1.9703	9.5513	-9.9768	1.997	0.3078	-0.4426	-0.385	-0.8505	0.1131	0.4542	2.2293	1.6995	-0.2951	0.5196	0.1609	-0.0277	1.0919	-0.1722	0.4456	-1.6228	-24.482	-39.9202
5	7.3357	1.2435	2.7557	3.7752	2.1034	6.655	-0.1293	-0.4271	0.4858	0.2627	-0.2226	0.1315	-0.2315	-0.512	0.3214	0.2339	0.0112	0.0469	0.1685	0.0553	0.1603	6.3668	-7.4168	-28.2389
6	1.6723	-0.339	-0.3847	1.2483	0.0604	2.7478	-0.0234	-0.1522	-0.1554	-0.0387	-0.0295	0.0062	0.0476	0.0071	0.058	0.1792	0.0022	0.0214	0.1898	0.0169	0.1653	16.6067	-19.2274	-34.4779
7	7.2381	-1.9753	-0.7937	3.631	-0.7537	6.5524	0.2752	-0.2469	1.2484	0.6506	0.1824	-0.1895	-0.8797	-0.5286	-0.3937	0.6644	-0.0131	0.222	0.3042	-0.0616	0.5026	-5.1792	8.0264	-19.8142
8	9.3388	-6.6694	0.9822	4.7598	-0.7122	0.4011	0.2851	-0.7565	0.1927	1.2026	-0.2095	0.5616	0.0098	-0.6627	-0.3385	0.8137	-0.0609	0.2946	0.664	-0.0102	0.6351	-13.9059	-1.9486	-11.4196
9	5.8941	1.2465	2.0304	2.0801	1.0382	3.8992	0.4546	-1.3055	0.6106	1.163	-0.333	-0.2358	-0.4447	0.4155	-0.6992	0.8644	-0.163	0.1789	0.561	-0.1118	0.573	-2.8725	2.6779	-9.1822
10	4.2222	-1.909	3.1021	8.505	2.087	3.8752	0.4478	-1.1443	1.3968	0.2933	-0.0918	-0.5435	-1.3446	-0.7425	-0.4238	1.3725	0.0215	0.5679	0.6544	-0.3843	0.8686	-8.2221	14.1766	-9.8225
11	5.0047	-2.6644	0.1276	6.7494	2.4353	4.2803	0.6105	-1.7284	0.3364	1.9706	0.1827	-0.2124	-0.8347	-0.2767	-0.3211	2.0052	-0.4542	0.4523	2.096	0.2108	0.7516	-15.0607	7.7189	1.6221
12	3.2954	-1.3656	-2.7697	0.5705	1.1573	2.3433	1.3165	-0.7683	2.5333	1.0921	0.2894	1.6868	-0.7811	0.3875	-1.6444	0.9466	-0.151	0.4609	0.64	-0.1054	1.4601	-5.3165	15.5883	-16.4596
13	8.9391	4.8637	0.5122	8.1349	-1.1555	2.8456	0.474	-0.8965	0.1177	0.3193	-0.3164	-0.0061	-0.4166	-0.4645	-0.2897	0.5385	0.1033	0.1941	0.4475	0.0835	0.5753	-4.0162	4.4678	-29.7646
14	5.3974	-2.8476	2.2523	4.5733	-2.7287	6.912	0.301	-0.1574	-0.6583	-0.0381	0.5684	1.2228	-0.2189	-1.3068	-0.4196	0.3511	0.2487	0.1891	1.1522	0.596	1.1157	-22.9813	-5.4675	-32.7847
15	0.6275	1.1904	0.3841	2.486	0.1047	2.3526	0.0211	-0.3319	0.3194	0.2509	0.273	0.7145	-0.9451	-0.8035	-0.5044	0.5404	0.2548	0.1547	0.713	0.3971	1.0688	-13.4608	13.7939	-41.5451
16	1.5336	0.2105	-0.3376	0.5808	-0.0407	2.752	-0.0647	-0.0672	0.6499	-0.0792	-0.4583	0.197	-0.9433	-0.2791	-0.7913	1.1423	0.584	0.6692	0.731	0.2097	1.2926	-15.6445	24.1672	-33.0964
17	1.6519	0.2591	0.9244	0.8646	0.8527	1.1245	0.5909	0.023	0.1918	0.5044	-0.0227	1.0595	-0.731	-1.1161	-0.1006	0.6127	0.2118	0.5089	0.6426	0.2431	0.8433	-18.284	10.9034	-28.5469

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 3:19)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 20:61)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 62:82)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 83:95)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 96:128)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 129:179)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 5:35)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 36:47)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 48:61)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 62:68)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 69:78)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 79:95)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 96:119)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 120:128)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 129:140)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 141:159)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 160:179)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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