[日本語] English
万見
- PDB-4g5p: Crystal structure of EGFR kinase T790M in complex with BIBW2992 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g5p
タイトルCrystal structure of EGFR kinase T790M in complex with BIBW2992
要素Epidermal growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / EGF RECEPTOR KINASE MUTANT T790M / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / aerobic respiration / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0WN / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Solca, F. / Dahl, G. / Zoephel, A. / Bader, G. / Sanderson, M. / Klein, C. / Kraemer, O. / Himmelsbach, F. / Haaksma, E. / Adolf, G.R.
引用ジャーナル: J.Pharmacol.Exp.Ther. / 年: 2012
タイトル: Target Binding Properties and Cellular Activity of Afatinib (BIBW 2992), an Irreversible ErbB Family Blocker.
著者: Solca, F. / Dahl, G. / Zoephel, A. / Bader, G. / Sanderson, M. / Klein, C. / Kraemer, O. / Himmelsbach, F. / Haaksma, E. / Adolf, G.R.
履歴
登録2012年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
B: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7073
ポリマ－75,2192
非ポリマー4881
水68538
1
A: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0982
ポリマ－37,6101
非ポリマー4881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Epidermal growth factor receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6101
ポリマ－37,6101
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area28540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.230, 89.430, 164.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 37609.547 Da / 分子数: 2 / 断片: Kinase domain, UNP residues 696-1022 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-0WN / N-{4-[(3-chloro-4-fluorophenyl)amino]-7-[(3S)-tetrahydrofuran-3-yloxy]quinazolin-6-yl}-4-(dimethylamino)butanamide / Afatinib, bound form


分子量: 487.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27ClFN5O3 / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.93 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→82.48 Å / Num. obs: 11931 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 3.17→3.43 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 88.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化解像度: 3.17→82.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.858 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.733 / SU B: 35.154 / SU ML: 0.568 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.707 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32265 472 4 %RANDOM
Rwork0.24353 ---
obs0.24658 11432 88.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.003 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.04 Å20 Å20 Å2
2---1.2 Å20 Å2
3----2.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.17→82.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4830 0 34 38 4902
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224969
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024643
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0651.9846719
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.718310814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.555594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.61824.028211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.65915915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6011530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2750
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02955
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.21314
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.170.25161
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.22390
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.22905
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.040.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1210.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1780.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.010.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.43423903
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.18721211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79234863
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.36342361
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.52861856
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.173→3.255 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 28 -
Rwork0.324 748 -
obs--81.26 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る