PDB-4g5i: Crystal Structure of Porcine pancreatic PlA2 in complex with DBP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4g5i

タイトル

Crystal Structure of Porcine pancreatic PlA2 in complex with DBP

要素

Phospholipase A2, major isoenzyme

キーワード

HYDROLASE / PHOSPHOLIPASE A2 / DISULFIDE BOND / 2 LIPID DEGRADATION / LIPOPROTEIN / METAL-BINDING / PALMITATE

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of podocyte apoptotic process / regulation of D-glucose import / phosphatidylglycerol metabolic process / phospholipase A2 activity / phosphatidylcholine metabolic process / leukotriene biosynthetic process / neutrophil mediated immunity / phospholipase A2 / bile acid binding / calcium-dependent phospholipase A2 activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Sus scrofa (ブタ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Prasanth, G.K. / Naveen, C.D. / Mandal, P.K. / Karthe, P. / Haridas, M. / Sadasivan, C.

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of Porcine pancreatic PlA2 in complex with DBP
著者: Prasanth, G.K. / Naveen, C.D. / Mandal, P.K. / Karthe, P. / Haridas, M. / Sadasivan, C.

履歴

登録	2012年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4g5i.cif.gz	66.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4g5i.ent.gz	49 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4g5i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4g5i_validation.pdf.gz	731.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4g5i_full_validation.pdf.gz	733.1 KB	表示
XML形式データ	4g5i_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	4g5i_validation.cif.gz	12.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/4g5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/4g5i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3qlm-d 1p2p-d 3hsw-d 1mkv-d 2bp2-d 4o1y-d 2b04-d 3l30-d 1o3w-d 3vc0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (11) #125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phospholipase A2, major isoenzyme

ヘテロ分子

14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Phospholipase A2, major isoenzyme

ヘテロ分子

A: Phospholipase A2, major isoenzyme

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
28.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.860, 68.860, 70.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Phospholipase A2, major isoenzyme / Group IB phospholipase A2 / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase 1B 分子量: 14009.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00592, phospholipase A2
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-DB7 / dibutyl benzene-1,2-dicarboxylate / Dibutyl phthalate / フタル酸ジブチル分子量: 278.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₂O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.12 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.05M Tris maleate buffer, 5mM Calcium chloride, 16% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K , pH 7.2, temperature 298.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月25日
放射	モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→29.82 Å / Num. obs: 6808 / % possible obs: 92.49 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.038
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / % possible all: 92.49

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→9.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 6.701 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24293	326	4.6 %	RANDOM
R_work	0.18241	-	-	-
obs	0.18511	6808	92.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.539 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→9.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	971	0	24	83	1078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.984	1.961	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.093	5	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.961	25	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.26	15	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.902	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	795
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.136	1.5	619
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.177	2	993
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.203	3	401
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.259	4.5	387
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.459 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	21	-
R_work	0.222	520	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 33.3384 Å / Origin y: -14.3396 Å / Origin z: 14.1777 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0602 Å²	0.0586 Å²	0.018 Å²	-	0.1356 Å²	0.0148 Å²	-	-	0.0667 Å²
L	0.7757 °²	-1.3383 °²	-0.7365 °²	-	9.2526 °²	2.9899 °²	-	-	3.0232 °²
S	0.0196 Å °	0.0416 Å °	-0.2095 Å °	-0.0736 Å °	-0.2957 Å °	0.3233 Å °	0.1818 Å °	-0.1488 Å °	0.2761 Å °

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関連情報:EMDBヘッダ

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