PDB-4g54: Crystal structure of a periplasmic domain of the EpsAB fusion pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4g54

タイトル

Crystal structure of a periplasmic domain of the EpsAB fusion protein of the Vibrio vulnificus type II secretion system

要素

General Secretion Pathway Protein

キーワード

Peptidoglycan-binding protein / Type 2 Secretion System protein

機能・相同性

機能・相同性情報

type II protein secretion system complex
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Martynnowski, D. / Grochulski, P. / Howard, S.P.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of a periplasmic domain of the EpsAB fusion protein of the Vibrio vulnificus type II secretion system.
著者: Martynowski, D. / Grochulski, P. / Howard, P.S.

履歴

登録	2012年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月27日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4g54.cif.gz	105.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4g54.ent.gz	85.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4g54.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/4g54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/4g54	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6qw0-2 6qw0-1 6qw5-2 6cp9-1 5nbx-d 6cp9-2 5ys4-1 4uu7-1 2hen-3 1njf-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (4)

登録構造単位

A: General Secretion Pathway Protein

29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.821, 44.523, 51.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.59, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	General Secretion Pathway Protein 分子量: 29867.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A3Q0L2C6*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 220 mM Calcium Chloride, 20% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 87 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月28日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 35030 / Num. obs: 36885 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 1.4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.056
反射シェル	解像度: 1.55→1.59 Å / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MsDC		データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.55→47.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 3.034 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20223	1851	5 %	RANDOM
R_work	0.1747	-	-	-
obs	0.17615	35030	93.19 %	-
all	-	36885	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.642 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	0 Å²	-0.02 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→47.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1818	0	0	253	2071

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.027	0.022	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.307	1.962	2542
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.512	5	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.732	23.404	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.519	15	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.375	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.182	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.41	1.5	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.472	2	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.02	3	759
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.61	4.5	742
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.406	83	-
R_work	0.342	1540	-
obs	-	-	55.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.343	-0.947	0.8911	1.3955	-0.4607	1.8827	-0.0007	0.2829	-0.1584	-0.164	-0.0016	-0.0584	0.2036	-0.0078	0.0023	0.1036	-0.0114	0.021	0.0964	-0.0135	0.0294	21.9531	-8.2065	-4.5674
2	1.9939	-0.5241	0.8679	0.9418	-0.2439	1.1959	-0.058	-0.1563	-0.0277	0.0137	0.057	0.0192	0.1234	-0.2031	0.0009	0.0645	-0.015	0.008	0.1011	-0.0011	0.0524	16.8816	-3.7789	7.5315
3	5.1408	-1.3682	0.0207	2.2701	0.3629	1.8645	0.08	0.2318	-0.3478	-0.2087	-0.1072	0.2252	0.1516	-0.2634	0.0272	0.0628	-0.0355	-0.0172	0.1262	-0.0182	0.0565	10.4694	-4.6171	-3.9313
4	2.6869	-0.2197	0.8207	1.5192	-0.2637	1.1023	0.0045	0.2202	0.049	-0.0879	-0.0042	0.1019	0.064	-0.199	-0.0003	0.0333	-0.018	-0.0004	0.1315	0.0002	0.0518	10.3298	-0.8959	-5.3375
5	0.4402	-0.0303	0.1813	1.522	0.5347	0.8831	-0.0004	0.0102	0.0165	-0.0198	0.0357	-0.0954	-0.0194	0.0388	-0.0353	0.0734	-0.002	0.0072	0.0473	0.0021	0.0722	27.1718	6.1746	21.3149
6	6.2547	4.4125	-5.15	3.2931	-4.8785	12.9832	-0.119	0.4007	1.0055	-0.0979	0.3897	0.6422	-0.0319	-0.7099	-0.2707	0.1005	-0.069	-0.0008	0.1311	0.0733	0.2772	24.0525	10.4242	-5.6004
7	1.475	0.0989	2.4385	0.3442	1.0565	6.5165	-0.1331	0.1959	0.2188	0.0276	0.1054	-0.1441	-0.0457	0.5255	0.0277	0.0709	-0.0276	0.0211	0.1132	0.0032	0.1942	33.2678	-1.204	3.0357

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	343 - 377
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	378 - 404
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	405 - 425
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	426 - 453
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	454 - 531
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	532 - 550
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	551 - 570

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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