PDB-4g3u: Mycobacterium smegmatis DprE1 - monoclinic crystal form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4g3u

タイトル

Mycobacterium smegmatis DprE1 - monoclinic crystal form

要素

oxidoreductase DprE1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / vao superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase / D-arabinono-1,4-lactone oxidase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / FAD binding / cell wall organization / periplasmic space / response to antibiotic / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.689 Å

データ登録者

Li, H. / Jogl, G.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of decaprenylphosphoryl-beta- D-ribose 2'-epimerase from Mycobacterium smegmatis.
著者: Li, H. / Jogl, G.

履歴

登録	2012年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月28日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4g3u.cif.gz	276.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4g3u.ent.gz	222.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4g3u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4g3u_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4g3u_full_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示
XML形式データ	4g3u_validation.xml.gz	28.6 KB	表示
CIF形式データ	4g3u_validation.cif.gz	40.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/4g3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/4g3u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4g3tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xsq-d 4e2p-d 4nla-1 4g3t-d 5bv5-1 6dna-6 6i8m-d 1f4u-1 5xw2-d 2wh8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: oxidoreductase DprE1

B: oxidoreductase DprE1

88.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: oxidoreductase DprE1

登録者が定義した集合体
44.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: oxidoreductase DprE1

登録者が定義した集合体
44.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.152, 65.808, 108.504
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.000, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and (resseq 86:274 or resseq 308:322 or resseq 338:468 )
2	1	chain B and (resseq 86:274 or resseq 308:322 or resseq 338:468 )

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	PHE	PHE	chain 'A' and (resseq 86:274 or resseq 308:322 or resseq 338:468 )	A	A	86 - 274	21 - 209
1	2	GLY	GLY	HIS	HIS	chain 'A' and (resseq 86:274 or resseq 308:322 or resseq 338:468 )	A	A	308 - 322	243 - 257
1	3	GLY	GLY	LEU	LEU	chain 'A' and (resseq 86:274 or resseq 308:322 or resseq 338:468 )	A	A	338 - 468	273 - 403
2	1	ARG	ARG	PHE	PHE	chain 'B' and (resseq 86:274 or resseq 308:322 or resseq 338:468 )	B	B	86 - 274	21 - 209
2	2	GLY	GLY	HIS	HIS	chain 'B' and (resseq 86:274 or resseq 308:322 or resseq 338:468 )	B	B	308 - 322	243 - 257
2	3	GLY	GLY	LEU	LEU	chain 'B' and (resseq 86:274 or resseq 308:322 or resseq 338:468 )	B	B	338 - 468	273 - 403

#1: タンパク質	oxidoreductase DprE1 分子量: 44441.180 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 66-468 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC607 / 遺伝子: MSMEG_6382 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star / 参照: UniProt: A0R607, 酸化還元酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

oxidoreductase DprE1

分子量: 44441.180 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 66-468 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC607 / 遺伝子: MSMEG_6382 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star / 参照: UniProt: A0R607, 酸化還元酵素

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.2 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% butanol, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Tris, 0.5% N,N-dimethyldodecylamine-N-oxide, pH 7.5, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月15日

放射

モノクロメーター: KOHZU double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.689→102.589 Å / Num. all: 39473 / Num. obs: 36583 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 45.658 Å² / R_merge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 10.83

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.689-2.85	0.625	2.34	18062	5862	1	92.6
2.85-3.05	0.402	3.42	17758	5627	1	95.2
3.05-3.29	0.245	5.44	16780	5283	1	94.6
3.29-3.6	0.171	7.06	15149	4760	1	94
3.6-4.02	0.108	10.9	13659	4302	1	92.7
4.02-4.64	0.062	19.74	12114	3771	1	92
4.64-5.67	0.055	21.3	10269	3153	1	90.6
5.67-7.96	0.051	22.64	7952	2436	1	89
7.96-102.589	0.022	41.36	4415	1389	1	85.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_1000	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.689→34.196 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2536	1838	5.03 %	RANDOM
R_work	0.2201	-	-	-
obs	0.2218	36552	92.79 %	-
all	-	36552	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 25.978 Å² / k_sol: 0.311 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 181.62 Å² / B_iso mean: 46.7215 Å² / B_iso min: 5.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.6729 Å²	0 Å²	7.2874 Å²
2-	-	-6.1284 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.6137 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.689→34.196 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5370	0	0	287	5657

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5502
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.715	7468
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	824
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	972
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.247	1978

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2610	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
1	2	B	2610	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.689-2.7618	0.366	136	0.3208	2587	2723	89
2.7618-2.843	0.3729	131	0.2819	2719	2850	96
2.843-2.9347	0.3084	133	0.2686	2703	2836	95
2.9347-3.0395	0.2874	163	0.2586	2715	2878	95
3.0395-3.1612	0.2908	142	0.244	2728	2870	95
3.1612-3.3049	0.3012	139	0.2297	2705	2844	95
3.3049-3.479	0.2978	156	0.2355	2681	2837	94
3.479-3.6967	0.3077	131	0.2669	2685	2816	93
3.6967-3.9818	0.2498	142	0.2139	2656	2798	93
3.9818-4.3817	0.193	127	0.1702	2686	2813	92
4.3817-5.0141	0.158	149	0.1592	2636	2785	92
5.0141-6.3107	0.2231	129	0.1962	2615	2744	90
6.3107-34.1992	0.2297	160	0.2041	2598	2758	88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0049	0.0021	0.0028	0.0067	0.0071	0.0048	-0.0142	0.0421	0.0089	-0.0033	-0.0085	0.0111	-0.033	-0.0103	-0.0051	0.1245	-0.0457	-0.0396	0.1308	-0.0895	0.0764	-13.9657	-7.4717	-5.4227
2	0.0032	0.0011	0.002	0.0024	-0.0009	-0.001	-0.002	0.0157	-0.0079	-0.0185	-0.0107	0.0206	-0.009	-0.0184	-0	-0.0424	-0.01	-0.0948	0.1408	-0.0313	0.2056	-26.6859	-3.3772	-2.6647
3	0.0174	-0.0119	-0.015	0.0162	-0.0062	0.0356	0.0289	0.0071	0.0201	-0.0158	-0.0022	0.1227	-0.0814	0.1051	0.0259	-0.3906	0.1083	-0.0605	0.0913	0.0118	0.3581	-35.1237	-1.9111	-0.7804
4	0.0033	0.0004	0.0012	0.0003	-0.0024	0.0013	0.041	0.0075	0.0126	-0.0447	0.0283	0.001	-0.0169	0.0035	-0	0.158	-0.0015	-0.056	0.1865	0.0075	0.3899	-42.9915	14.6432	-9.3889
5	0.0013	-0.0032	-0.002	0.01	0.0049	0.0032	-0.0324	-0.0069	0.0201	-0.0014	-0.0471	0.0485	-0.0404	0.0464	-0.0143	0.0838	-0.0083	-0.0482	0.1764	0.0613	0.2293	-23.7087	18.4019	-3.6258
6	0.0034	0.003	0.0035	0.0165	-0.0019	0.0027	0.0171	-0.0215	-0.0162	0.0127	0.0125	-0.0256	-0.0199	0.0277	0.0067	0.1609	0.0194	-0.01	0.1578	-0.0178	0.0524	0.0028	-11.8893	16.6156
7	0.0022	0.0053	-0.0049	0.0126	-0.0088	0.0074	0.0229	-0.0287	0.0075	0.0283	0.032	-0.0156	0.0028	-0.0153	0.0043	0.4334	-0.0061	0.0455	0.2387	-0.0203	0.0566	-6.6713	-16.2307	27.7042
8	0.088	-0.0127	-0.0067	0.0145	0.0349	0.0312	0.0103	-0.0387	0.0334	0.4004	-0.0017	-0.0127	-0.1203	-0.0305	-0.0258	0.2944	-0.0073	0.2667	0.1066	0.0364	-0.5011	-11.1493	-17.8858	35.0608
9	0.0003	-0.0015	-0.0012	0.0004	0.0005	0.0056	-0.0309	-0.0088	-0.0417	0.0203	-0.0228	-0.039	0	0.0004	0	0.5967	0.0226	0.1371	0.3338	0.0356	0.3111	-5.9086	-35.0165	44.5014
10	0.0054	-0.0013	-0.0052	0.0024	0.0007	0.0088	0.0068	-0.0016	-0.0124	0.0569	-0.0214	0.0166	0.0285	-0.0159	-0.0046	0.283	0.053	0.0295	0.1428	0.0282	0.0273	-5.4459	-37.9206	24.2371

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and ( resid 75 through 115 )	A	75 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and ( resid 116 through 148 )	A	116 - 148
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and ( resid 149 through 389 )	A	149 - 389
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and ( resid 390 through 417 )	A	390 - 417
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and ( resid 418 through 468 )	A	418 - 468
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and ( resid 75 through 115 )	B	75 - 115
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and ( resid 116 through 148 )	B	116 - 148
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and ( resid 149 through 389 )	B	149 - 389
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and ( resid 390 through 417 )	B	390 - 417
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and ( resid 418 through 468 )	B	418 - 468

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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