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- PDB-4g31: Crystal Structure of GSK6414 Bound to PERK (R587-R1092, delete A6... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g31
タイトルCrystal Structure of GSK6414 Bound to PERK (R587-R1092, delete A660-T867) at 2.28 A Resolution
要素Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / deletion mutant / catalytic domain / synthetic inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of endoplasmic reticulum stress-induced eIF2 alpha phosphorylation / negative regulation of translation in response to stress / regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of translational initiation by eIF2 alpha phosphorylation / eiF2alpha phosphorylation in response to endoplasmic reticulum stress / chondrocyte development / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / negative regulation of translational initiation in response to stress / PERK-mediated unfolded protein response ...regulation of endoplasmic reticulum stress-induced eIF2 alpha phosphorylation / negative regulation of translation in response to stress / regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of translational initiation by eIF2 alpha phosphorylation / eiF2alpha phosphorylation in response to endoplasmic reticulum stress / chondrocyte development / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / negative regulation of translational initiation in response to stress / PERK-mediated unfolded protein response / PERK regulates gene expression / negative regulation of myelination / endocrine pancreas development / ALK mutants bind TKIs / endoplasmic reticulum organization / cellular response to cold / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / ER overload response / bone mineralization / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / cellular response to glucose starvation / endoplasmic reticulum unfolded protein response / negative regulation of translational initiation / cellular response to amino acid starvation / response to endoplasmic reticulum stress / ossification / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / skeletal system development / calcium-mediated signaling / Hsp90 protein binding / positive regulation of protein localization to nucleus / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / angiogenesis / protein autophosphorylation / negative regulation of translation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / endoplasmic reticulum / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0WH / Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Gampe, R.T. / Axten, J.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Discovery of 7-Methyl-5-(1-{[3-(trifluoromethyl)phenyl]acetyl}-2,3-dihydro-1H-indol-5-yl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine (GSK2606414), a Potent and Selective First-in-Class ...タイトル: Discovery of 7-Methyl-5-(1-{[3-(trifluoromethyl)phenyl]acetyl}-2,3-dihydro-1H-indol-5-yl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine (GSK2606414), a Potent and Selective First-in-Class Inhibitor of Protein Kinase R (PKR)-like Endoplasmic Reticulum Kinase (PERK).
著者: Axten, J.M. / Medina, J.R. / Feng, Y. / Shu, A. / Romeril, S.P. / Grant, S.W. / Li, W.H. / Heerding, D.A. / Minthorn, E. / Mencken, T. / Atkins, C. / Liu, Q. / Rabindran, S. / Kumar, R. / ...著者: Axten, J.M. / Medina, J.R. / Feng, Y. / Shu, A. / Romeril, S.P. / Grant, S.W. / Li, W.H. / Heerding, D.A. / Minthorn, E. / Mencken, T. / Atkins, C. / Liu, Q. / Rabindran, S. / Kumar, R. / Hong, X. / Goetz, A. / Stanley, T. / Taylor, J.D. / Sigethy, S.D. / Tomberlin, G.H. / Hassell, A.M. / Kahler, K.M. / Shewchuk, L.M. / Gampe, R.T.
履歴
登録2012年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3413
ポリマ－34,7971
非ポリマー5442
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.119, 101.119, 158.831
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1359-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3 / PKR-like endoplasmic reticulum kinase / PERK / Pancreatic eIF2-alpha kinase / HsPEK


分子量: 34797.215 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 588-660,869-1093 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2AK3, PEK, PERK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NZJ5, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-0WH / 1-[5-(4-amino-7-methyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl]-2-[3-(trifluoromethyl)phenyl]ethanone / GSK-2606414


分子量: 451.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H20F3N5O / コメント: 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM BTP, pH 7.0, 3.5-4.9 M linear gradient of ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月18日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. all: 24974 / Num. obs: 22515 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル解像度: 2.28→2.37 Å / 冗長度: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 8.71 / Num. unique all: 2455 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2Mar LSCatデータ収集
PHASERPhenix位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.28→42.65 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2423 730 3.24 %
Rwork0.2036 --
obs0.2048 22515 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.254 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.6693 Å2-0 Å2-0 Å2
2--7.6693 Å2-0 Å2
3----15.3385 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→42.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1976 0 39 161 2176
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072083
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9892819
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.362787
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005357
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.45610.32341700.27254238X-RAY DIFFRACTION100
2.4561-2.70320.32931570.24034269X-RAY DIFFRACTION100
2.7032-3.09420.25091370.22444301X-RAY DIFFRACTION100
3.0942-3.8980.22871340.18744405X-RAY DIFFRACTION100
3.898-42.65710.21431320.19154572X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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