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万見
- PDB-4g2u: Crystal Structure Analysis of Ostertagia ostertagi ASP-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g2u
タイトルCrystal Structure Analysis of Ostertagia ostertagi ASP-1
要素Ancylostoma-secreted protein-like protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / CAP protein / SCP/TAPS protein / CRISP / activation-associated secreted protein
機能・相同性Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Ancylostoma-secreted protein-like protein
機能・相同性情報
生物種Ostertagia ostertagi (オステルターグ胃虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Weeks, S.D. / Borloo, J. / Geldhof, P. / Vercruysse, J. / Strelkov, S.V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of Ostertagia ostertagi ASP-1: insights into disulfide-mediated cyclization and dimerization
著者: Borloo, J. / Geldhof, P. / Peelaers, I. / Van Meulder, F. / Ameloot, P. / Callewaert, N. / Vercruysse, J. / Claerebout, E. / Strelkov, S.V. / Weeks, S.D.
履歴
登録2012年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ancylostoma-secreted protein-like protein
B: Ancylostoma-secreted protein-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3094
ポリマ－48,9922
非ポリマー3172
水8,251458
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area21390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.178, 76.291, 81.529
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ancylostoma-secreted protein-like protein / ASP-1


分子量: 24495.814 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-236 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GalGlcNAcMan5 glycoform assured through use of pGlycoSwitchGalT-1 vector (Jacobs et al., 2009)
由来: (組換発現) Ostertagia ostertagi (オステルターグ胃虫)
遺伝子: ASP-1, OSP-2 / プラスミド: pPIC9 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GnM5 / 参照: UniProt: Q8T8F4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.45 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Bis-Tris, 100mM ammonium sulfate, 25% PEG-3350, pH 6.5, Vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月26日
放射モノクロメーター: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→35.835 Å / Num. all: 37078 / Num. obs: 37078 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 20.15 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.85-1.952.20.5320.4151.2975844890.3250.5320.4152.577.6
1.95-2.072.70.260.2122.71370150960.1470.260.2123.992.3
2.07-2.213.30.1620.1374.61544246490.0850.1620.137689.2
2.21-2.393.30.1510.1263.61438043070.0810.1510.1267.388.6
2.39-2.623.50.0930.0798.81555944710.0480.0930.0799.499.4
2.62-2.933.40.0810.0688.31350940210.0430.0810.06811.198.5
2.93-3.383.40.0570.04912.81201435320.030.0570.04913.898
3.38-4.143.10.0650.0549.7932629620.0350.0650.05415.596.6
4.14-5.853.20.0440.03714.8753623260.0230.0440.03716.696.6
5.85-35.8353.20.0360.03117.4395812250.0190.0360.03116.989.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XSCALEデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NT8

3nt8


解像度: 1.85→35.835 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.46 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2401 1850 5 %
Rwork0.1893 --
obs0.1919 36974 90.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.228 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 117.79 Å2 / Biso mean: 28.0384 Å2 / Biso min: 7.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.9568 Å2-0 Å20 Å2
2---1.6471 Å20 Å2
3---5.604 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→35.835 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3267 0 19 458 3744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083420
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1344665
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005608
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9441233
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.90.39271050.33842133223873
1.9-1.95590.44231250.34832345247080
1.9559-2.01910.25041340.21552756289094
2.0191-2.09120.35771160.23492193230975
2.0912-2.17490.27111520.198229193071100
2.1749-2.27390.27881290.22682428255782
2.2739-2.39380.25391610.18612898305999
2.3938-2.54370.25491560.17362945310199
2.5437-2.740.2261590.17992903306298
2.74-3.01560.24871530.18392925307898
3.0156-3.45170.24331450.18122907305297
3.4517-4.34760.19881660.15742873303996
4.3476-35.8420.17791490.16732899304891
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.37450.7855-0.23812.2133-0.10071.79520.0253-0.05860.05250.13850.0178-0.0403-0.03750.0199-0.02690.066-0.0156-0.01810.0567-0.01280.092811.613963.96349.4401
22.04250.3290.48582.35510.24912.35160.0572-0.3235-0.15140.2935-0.04550.2018-0.0411-0.18010.00490.1454-0.0287-0.00980.16650.03170.13624.502655.628357.2773
31.95870.2064-0.62551.96650.84032.1986-0.0529-0.0235-0.3159-0.00390.0863-0.10990.0886-0.01040.03670.0547-0.0139-0.01360.1013-0.00140.15819.144953.54746.8589
44.1345-1.2645-0.82044.6146-0.21032.6256-0.15340.22520.0479-0.11790.22680.2213-0.1409-0.0758-0.00380.1354-0.0549-0.01070.10140.0010.104517.93271.758338.4502
51.17030.68631.16026.59011.11856.32660.164-0.0068-0.628-0.1805-0.0317-0.05230.16720.0894-0.12710.1380.00730.01470.1555-0.010.245946.918876.647740.4921
62.4333-0.16540.55451.17160.11511.5315-0.0055-0.1385-0.02810.1098-0.0111-0.0145-0.0503-0.11040.01660.1006-0-0.00980.03980.00170.050435.522686.039848.8565
72.42380.2362-0.090.32860.55721.023-0.0194-0.1511-0.09990.2447-0.0549-0.4166-0.13210.34420.05840.1766-0.0558-0.0830.1370.02940.224552.361790.332652.5947
81.62960.46770.21592.28650.38821.2778-0.126-0.33560.32590.4763-0.036-0.0387-0.2927-0.2163-0.01450.22030.0157-0.02280.1526-0.05830.13736.533694.762956.3472
90.62090.7883-0.47842.16431.12532.00670.21710.2952-0.1038-0.0939-0.09510.02070.0620.0939-0.08440.0683-0.02810.01560.02120.04310.065143.759489.140246.5567
101.69780.47150.76450.72980.32061.4908-0.03020.05220.2055-0.0158-0.0287-0.0351-0.14290.0261-0.03950.07260.0047-0.00780.01440.00160.087832.320287.92943.2455
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1:71)A1 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 72:117)A72 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 118:178)A118 - 178
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 179:212)A179 - 212
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESSEQ -2:11)B-2 - 11
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 12:71)B12 - 71
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 72:98)B72 - 98
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 99:138)B99 - 138
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 139:154)B139 - 154
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 155:213)B155 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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