PDB-4g29: Structure of the Catalytic Domain of the Salmonella Virulence Fac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4g29

タイトル

Structure of the Catalytic Domain of the Salmonella Virulence Factor SseI

要素

Secreted effector protein sseI

キーワード

PROTEIN BINDING / cysteine protease superfamily

機能・相同性

Tox-PLDMTX domain / Dermonecrotoxin of the Papain-like fold / Secreted effector protein ssei fold / Secreted effector protein ssei. / host cell cytoplasm / Roll / extracellular region / Alpha Beta / Secreted effector protein SseI

機能・相同性情報

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Stebbins, C.E. / Bhaskaran, S.S.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structure of the catalytic domain of the Salmonella virulence factor SseI.
著者: Bhaskaran, S.S. / Stebbins, C.E.

履歴

登録	2012年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4g29.cif.gz	84.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4g29.ent.gz	64 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4g29.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4g29_validation.pdf.gz	415.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4g29_full_validation.pdf.gz	416.4 KB	表示
XML形式データ	4g29_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	4g29_validation.cif.gz	14.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/4g29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/4g29	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4g2bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gul-1 3guo-2 6cay-1 4m3o-2 6u4u-d 2aye-3 2lha-d 3gup-1 6cay-2 2rci-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Secreted effector protein sseI

21.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.256, 52.256, 132.146
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Secreted effector protein sseI 分子量: 21655.412 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 137-322 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: sseI, srfH, STM1051 / 参照: UniProt: Q8ZQ79
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.95 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Crystallization screens were conducted using 1:1 sitting drops at RT and 4 C. The C-terminal domain (137-322) (~20mg/mL) gave large rectangular crystals in 1.15M LiSO4, 0.1M NaOAc, pH 4.6 (4 ...詳細: Crystallization screens were conducted using 1:1 sitting drops at RT and 4 C. The C-terminal domain (137-322) (~20mg/mL) gave large rectangular crystals in 1.15M LiSO4, 0.1M NaOAc, pH 4.6 (4 C) when optimized (1:1 hanging drops). However these were very fragile and consisted of multiple lattices overlaid on each other as observed in their diffraction patterns. SseI 137-322 was then reductively methylated and rescreened. It gave multiple crystals of differing morphologies in a number of conditions containing MES, Tris, and HEPES buffers pH 6.0 - 9.0, and 1.6 to 2.0M (NH4)SO4. To obtain single crystals, crystals from 0.1M MES pH 7.1, 1.8M (NH4)SO4 were crushed and microseeded into pre-equilibrated (2 hrs) drops containing protein/reservoir solution (0.1M MES pH 5.5, 1.6M (NH4)SO4). This procedure produced single, small, rectangular crystals. To obtain larger crystals, single crystals obtained in the previous step were macroseeded into pre-equilibrated drops, giving large, thin rectangular plates that were well-diffracting. SeMet-substituted crystals of 137-322 were obtained in the same conditions but gave large crystals directly without any seeding. Crystals were then cryoprotected by transfer in small increments into mother liquor supplemented with 25% glycerol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

結晶

マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.95 %

結晶化

温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Crystallization screens were conducted using 1:1 sitting drops at RT and 4 C. The C-terminal domain (137-322) (~20mg/mL) gave large rectangular crystals in 1.15M LiSO4, 0.1M NaOAc, pH 4.6 (4 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 19151

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
REFMAC	5.5.0044	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→19.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 4.345 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21364	1045	5.2 %	RANDOM
R_work	0.18318	-	-	-
obs	0.18469	19151	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.984 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1335	0	0	137	1472

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	925
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.647	1.94	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.998	3	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.183	5	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.044	24.928	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.557	15	231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.858	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	196
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1522
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	281
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.011	1.5	828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.339	1.5	331
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.705	2	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.982	3	539
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.222	4.5	512
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.702→1.745 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	70	-
R_work	0.297	1185	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1234	-2.724	-1.4506	9.3188	-2.5665	7.2073	0.2529	0.2147	0.4038	-0.0998	-0.1312	-0.7355	-0.3875	0.8526	-0.1216	0.0701	-0.0997	0.0344	0.2296	-0.0228	0.1153	34.298	16.632	14.992
2	3.9438	0.0328	-2.1365	1.0664	-0.6126	3.5795	0.1287	-0.2855	0.3293	0.2606	0.0606	-0.0548	-0.4632	0.39	-0.1893	0.1353	-0.022	0.0338	0.0956	-0.0274	0.0909	23.184	16.8	24.888
3	3.741	-5.2924	1.9319	7.4915	-2.7615	2.7668	0.1416	-0.0691	-0.2726	-0.2233	0.0587	0.3909	0.2023	0.0757	-0.2004	0.1291	0.0042	-0.0115	0.1256	0.0168	0.1001	21.474	4.954	25.764
4	2.3528	0.2407	-0.5877	0.213	0.1146	2.7995	0.1127	-0.0118	0.2525	-0.0396	-0.0149	0.1112	-0.292	0.0343	-0.0979	0.1421	0.0085	0.023	0.0851	0.0076	0.1333	17.411	15.806	13.571
5	2.0479	0.2595	-0.1436	2.7114	0.3639	1.4324	-0.0389	-0.004	-0.2116	0.027	-0.0121	-0.1114	0.1575	0.0246	0.0509	0.1322	-0.0012	0.0312	0.1116	0.0169	0.0958	21.722	-3.243	8.888
6	2.9599	-0.4917	0.4539	2.5826	0.4968	3.3909	-0.0285	0.0724	0.2179	0.0141	0.0851	-0.0944	-0.2212	0.2743	-0.0566	0.1139	-0.0237	0.0277	0.1472	-0.0037	0.1231	26.459	11.943	12.518
7	1.9944	-0.861	1.3679	3.648	0.7907	3.6016	0.0614	-0.09	-0.175	0.1342	0.17	-0.1739	0.2696	0.4179	-0.2314	0.0874	0.0015	0.008	0.1728	-0.014	0.1103	31.844	5.427	13.494
8	7.9389	-0.5707	4.5599	4.677	-0.4652	12.9543	-0.0487	-0.2752	0.1886	0.299	-0.0486	-0.4912	-0.3362	0.5509	0.0974	0.1269	0.0401	0.0411	0.1981	0.0004	0.1695	33.559	-1.395	7.529
9	1.5707	0.9655	-0.3991	1.2224	0.0821	1.209	-0.1326	0.2296	-0.1241	-0.1349	0.0729	0.0756	0.0895	-0.1205	0.0598	0.1117	-0.0089	0.0165	0.1113	0.0027	0.0871	18.522	-1.507	3.172
10	7.9121	0.9511	0.9734	11.5533	2.3941	10.0223	-0.0174	0.374	-0.3119	-0.4541	0.2101	-0.3086	0.2185	0.2438	-0.1928	0.0951	0.0251	0.0264	0.0727	-0.0174	0.1292	31.206	-11.233	-2.454

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	145 - 154
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	155 - 167
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	168 - 177
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	178 - 198
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	199 - 220
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	221 - 238
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	239 - 260
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	261 - 268
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	269 - 304
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	305 - 313

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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