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万見
- PDB-4g08: Crystal structure of the periplasmic domain of InvG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g08
タイトルCrystal structure of the periplasmic domain of InvG
要素Protein InvG
キーワードCELL INVASION / Ring-building motif / protein secretion / PrgH
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / type II protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / protein secretion / cell outer membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #120 / Phage tail protein beta-alpha-beta fold - #30 / Phage tail protein beta-alpha-beta fold / : / SPI-1 type 3 secretion system secretin, N0 domain / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / : / NolW-like ...Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #120 / Phage tail protein beta-alpha-beta fold - #30 / Phage tail protein beta-alpha-beta fold / : / SPI-1 type 3 secretion system secretin, N0 domain / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / : / NolW-like / NolW-like superfamily / Bacterial type II/III secretion system short domain / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / 3-Layer(bab) Sandwich / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SPI-1 type 3 secretion system secretin
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Bergeron, J.R.C. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2013
タイトル: A refined model of the prototypical Salmonella SPI-1 T3SS basal body reveals the molecular basis for its assembly.
著者: Julien R C Bergeron / Liam J Worrall / Nikolaos G Sgourakis / Frank DiMaio / Richard A Pfuetzner / Heather B Felise / Marija Vuckovic / Angel C Yu / Samuel I Miller / David Baker / Natalie C J Strynadka /
要旨: The T3SS injectisome is a syringe-shaped macromolecular assembly found in pathogenic Gram-negative bacteria that allows for the direct delivery of virulence effectors into host cells. It is composed ...The T3SS injectisome is a syringe-shaped macromolecular assembly found in pathogenic Gram-negative bacteria that allows for the direct delivery of virulence effectors into host cells. It is composed of a "basal body", a lock-nut structure spanning both bacterial membranes, and a "needle" that protrudes away from the bacterial surface. A hollow channel spans throughout the apparatus, permitting the translocation of effector proteins from the bacterial cytosol to the host plasma membrane. The basal body is composed largely of three membrane-embedded proteins that form oligomerized concentric rings. Here, we report the crystal structures of three domains of the prototypical Salmonella SPI-1 basal body, and use a new approach incorporating symmetric flexible backbone docking and EM data to produce a model for their oligomeric assembly. The obtained models, validated by biochemical and in vivo assays, reveal the molecular details of the interactions driving basal body assembly, and notably demonstrate a conserved oligomerization mechanism.
履歴
登録2012年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein InvG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8381
ポリマ－17,8381
非ポリマー00
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.270, 56.660, 74.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Though the cloned protein construct that was crystallized is a monomer, the full-length version of this protein forms a 15-mer.

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要素

#1: タンパク質 Protein InvG


分子量: 17838.301 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-179 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: invG, STM2898 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P35672
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris, pH 8.0, 30% Jeffamine M-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.978170, 0.979310, 0.979100
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月7日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978171
20.979311
30.97911
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 11629 / Num. obs: 11517 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MxDCデータ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.801→45.086 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.37 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2308 547 4.75 %
Rwork0.1903 --
obs0.192 11516 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.562 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å20 Å20 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→45.086 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1117 0 0 112 1229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011175
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0511590
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.763450
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067170
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.021208
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.801-1.98250.26731470.21242630X-RAY DIFFRACTION98
1.9825-2.26930.23871320.19752709X-RAY DIFFRACTION99
2.2693-2.8590.24491390.20692754X-RAY DIFFRACTION100
2.859-45.09970.21141290.17722876X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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