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- PDB-4fzr: Crystal Structure of SsfS6, Streptomyces sp. SF2575 glycosyltrans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fzr
タイトルCrystal Structure of SsfS6, Streptomyces sp. SF2575 glycosyltransferase
要素SsfS6
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NATPRO / Glycosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glycosyltransferase activity / hexosyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, N-terminal domain / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, central / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces sp. SF2575 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.397 Å
データ登録者Wang, F. / Zhou, M. / Singh, S. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of SsfS6, the putative C-glycosyltransferase involved in SF2575 biosynthesis.
著者: Wang, F. / Zhou, M. / Singh, S. / Yennamalli, R.M. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips, G.N.
履歴
登録2012年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月24日Group: Derived calculations
改定 1.22013年5月1日Group: Database references
改定 1.32013年7月3日Group: Database references
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SsfS6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2251
ポリマ－43,2251
非ポリマー00
水1,982110
1
A: SsfS6

A: SsfS6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4502
ポリマ－86,4502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/61
Buried area3100 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area28200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.605, 82.605, 230.516
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 SsfS6


分子量: 43225.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. SF2575 (バクテリア)
遺伝子: ssfS6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6MSX4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: Protein Solution (11.4 mg/ml SsfS6 protein, 50mM Tris pH 8.0) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.13~1.40 M Sodium phosphate monobasic monohydrate / Potassium phosphate dibasic, pH ...詳細: Protein Solution (11.4 mg/ml SsfS6 protein, 50mM Tris pH 8.0) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.13~1.40 M Sodium phosphate monobasic monohydrate / Potassium phosphate dibasic, pH 8.2) Cryoprotected with 100% Paratone-N, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-D11.12715
シンクロトロンAPS 21-ID-G20.97856
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2012年6月2日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2012年3月31日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1KohzuSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Diamond [111]SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.127151
20.978561
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 19209 / Num. obs: 19017 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 70.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 0.923 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.4410.18580.8011,292.2
2.44-2.4911.99320.8211,2100
2.49-2.53129170.8471,2100
2.53-2.5911.89530.8541,2100
2.59-2.64129150.8971,2100
2.64-2.711.99370.9191,2100
2.7-2.7711.89500.9851,2100
2.77-2.85129401.0361,2100
2.85-2.9311.99311.1031,2100
2.93-3.0211.99421.1121,2100
3.02-3.1311.89441.1191,2100
3.13-3.2611.89511.1041,2100
3.26-3.4111.89501.0121,2100
3.41-3.5811.69700.9431,2100
3.58-3.8111.59540.9071,2100
3.81-4.111.49670.9291,2100
4.1-4.5211.29830.8361,299.9
4.52-5.1711.110010.7471,2100
5.17-6.5111.110140.7781,2100
6.51-508.910080.6021,288.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8_1063精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXPHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.397→30.763 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.48 / FOM work R set: 0.7525 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2617 979 5.18 %RANDOM, ASSIGN TEST SET IN THIN RESOLUTION SHELLS
Rwork0.2241 ---
obs0.226 18899 98.81 %-
all-19126 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 133.15 Å2 / Biso mean: 39.7201 Å2 / Biso min: 6.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.397→30.763 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2620 0 0 110 2730
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042700
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8613686
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044433
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004478
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0081003
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3975-2.52380.34141310.30372411254296
2.5238-2.68180.35031730.279424862659100
2.6818-2.88880.2722970.263325772674100
2.8888-3.17920.34031470.241725552702100
3.1792-3.63860.2831470.212925612708100
3.6386-4.58180.19941470.194926242771100
4.5818-30.76550.26271370.22742706284396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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