PDB-4fze: Crystal structure of N26_i1 Fab, an ADCC mediating anti-HIV-1 ant...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fze

タイトル

Crystal structure of N26_i1 Fab, an ADCC mediating anti-HIV-1 antibody.

要素

N26_i1 Fab heavy chain
N26_i1 Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / ADCC / ANTI-HIV-1 ENV ANTIBODY N26_i1 / VIRAL GLYCOPROTEIN GP120 / HIV-1 ENV / CD4I ANTIBODY / FAB

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.999 Å

データ登録者

Tolbert, W.D. / Wu, X. / Pazgier, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of N26_i1 Fab, an ADCC mediating anti-HIV-1 antibody.
著者: Tolbert, W.D. / Wu, X. / Pazgier, M.

履歴

登録	2012年7月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.3	2021年5月19日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fze.cif.gz	179 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fze.ent.gz	141.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fze.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fze_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fze_full_validation.pdf.gz	435.5 KB	表示
XML形式データ	4fze_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	4fze_validation.cif.gz	27.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/4fze ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/4fze	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d9lS 3tnm 3tnn 4fz8 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qhk-3 5w6c-d 6mns-2 3tnn-1 4jo2-2 5uko-d 6xrj-1 4dn3-d 2uyl-1 6p4c-d 5f6h-1 2orb-1 2jb5-d 5ds8-1 6xrj-4 5b6f-1 6cjk-1 3ra7-2 7kqy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: N26_i1 Fab light chain

H: N26_i1 Fab heavy chain

47.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.636, 124.452, 41.433
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.40, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	L-362- HOH
2	1	L-400- HOH
3	1	H-397- HOH

#1: 抗体	N26_i1 Fab light chain 分子量: 22514.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	N26_i1 Fab heavy chain 分子量: 24553.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.65 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, and 30% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月29日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.999→50 Å / Num. all: 32431 / Num. obs: 32042 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.838 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 2748 / % possible all: 86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
PHASER		位相決定
CNS	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
REFMAC	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4D9L

4d9l

解像度: 1.999→41.088 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2453	3202	10 %	RANDOM
R_work	0.1856	-	-	-
all	0.1913	32446	-	-
obs	0.1913	32031	98.72 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.999→41.088 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3209	0	0	252	3461

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3290
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.145	4489
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.219	1158
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	519
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	571

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9992-2.029	0.3524	124	0.3348	1064	X-RAY DIFFRACTION	84
2.029-2.0608	0.3567	135	0.3026	1138	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0608-2.0945	0.3414	126	0.2924	1235	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0945-2.1307	0.327	131	0.2813	1261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1307-2.1694	0.2811	145	0.2723	1279	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1694-2.2111	0.3522	128	0.2591	1272	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2111-2.2562	0.3295	152	0.2459	1252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2562-2.3053	0.3038	151	0.2518	1277	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3053-2.3589	0.2865	128	0.2295	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3589-2.4179	0.2681	157	0.2168	1261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4179-2.4833	0.2681	182	0.217	1226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4833-2.5563	0.3107	138	0.2177	1255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5563-2.6388	0.2961	153	0.2015	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6388-2.7331	0.2637	140	0.1971	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7331-2.8425	0.2619	153	0.1875	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8425-2.9719	0.2695	147	0.1908	1267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9719-3.1285	0.2665	152	0.1834	1260	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1285-3.3244	0.2477	118	0.1754	1280	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3244-3.581	0.1972	147	0.1663	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
3.581-3.9411	0.2069	102	0.1584	1314	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9411-4.5108	0.1815	133	0.1372	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5108-5.6807	0.1914	133	0.1351	1292	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6807-41.0968	0.2016	127	0.1663	1308	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5762	-0.1316	0.0447	1.785	-1.2069	1.3979	0.0487	0.0773	-0.0325	-0.0059	-0.062	0.0039	0.0254	0.0668	0.0355	0.1382	0.0025	0.0138	0.1469	-0.0649	0.1676	-14.9221	13.1217	10.0222
2	2.3026	-0.8554	0.4973	1.3185	-0.9974	1.6003	-0.0077	-0.0778	0.0912	0.069	0.0874	0.1146	-0.0566	-0.122	-0.0589	0.1542	0.0056	0.0167	0.1509	-0.0745	0.1456	-32.2451	17.9741	12.6859

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 2 through 210 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 1 through 215 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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