PDB-4fz1: Crystal structure of acid-sensing ion channel in complex with psa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fz1

タイトル

Crystal structure of acid-sensing ion channel in complex with psalmotoxin 1 at high pH

要素

Acid-sensing ion channel 1
Pi-theraphotoxin-Pc1a

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / inhibitor cystine knot

機能・相同性

機能・相同性情報

pH-gated monoatomic ion channel activity / Stimuli-sensing channels / ligand-gated sodium channel activity / cellular response to pH / ion channel regulator activity / protein homotrimerization / sodium ion transmembrane transport / toxin activity / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

Psalmopoeus cambridgei (クモ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.359 Å

データ登録者

Baconguis, I. / Gouaux, E.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structural plasticity and dynamic selectivity of acid-sensing ion channel-spider toxin complexes.
著者: Baconguis, I. / Gouaux, E.

履歴

登録	2012年7月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月3日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fz1.cif.gz	179.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fz1.ent.gz	145.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fz1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fz1_validation.pdf.gz	467.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fz1_full_validation.pdf.gz	481.5 KB	表示
XML形式データ	4fz1_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	4fz1_validation.cif.gz	25 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/4fz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/4fz1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fz0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nyk-1 6cmc-1 6x9h-d 30346 5wky-d 3s3w-d 7009 6l6n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acid-sensing ion channel 1

D: Pi-theraphotoxin-Pc1a

ヘテロ分子

56.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acid-sensing ion channel 1

D: Pi-theraphotoxin-Pc1a

ヘテロ分子

A: Acid-sensing ion channel 1

D: Pi-theraphotoxin-Pc1a

ヘテロ分子

A: Acid-sensing ion channel 1

D: Pi-theraphotoxin-Pc1a

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
169 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.520, 131.520, 129.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質

Acid-sensing ion channel 1 / ASIC1 / Amiloride-sensitive cation channel 2 / neuronal

分子量: 51327.352 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 14-463 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: ASIC1, ACCN2 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主:

SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q1XA76

#2: タンパク質・ペプチド

Pi-theraphotoxin-Pc1a / Pi-TRTX-Pc1a / PcTx1 / Psalmotoxin-1

分子量: 4705.513 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-40 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic / 由来: (合成)

Psalmopoeus cambridgei (クモ) / 参照: UniProt: P60514

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.13 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.25 詳細: 20 mM Tris, 14-18% PEG 550 MME, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月24日
放射	モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.35→50 Å / Num. all: 11371 / Num. obs: 11369 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 22.9
反射シェル	解像度: 3.35→3.47 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.904 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.359→42.823 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2808	1132	9.96 %
R_work	0.2159	-	-
obs	0.2226	11369	95.25 %
all	-	11371	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 120.003 Å² / k_sol: 0.253 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.359→42.823 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3175	0	28	0	3203

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3288
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.283	4501
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.561	1096
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	509
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	595

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3594-3.5122	0.3095	142	0.2678	1263	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5122-3.6973	0.284	142	0.2717	1304	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6973-3.9288	0.2858	144	0.2265	1296	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9288-4.2319	0.2931	144	0.1943	1281	X-RAY DIFFRACTION	96
4.2319-4.6573	0.2105	143	0.1684	1302	X-RAY DIFFRACTION	96
4.6573-5.3302	0.2194	137	0.1644	1272	X-RAY DIFFRACTION	96
5.3302-6.7113	0.3328	139	0.23	1281	X-RAY DIFFRACTION	95
6.7113-42.8267	0.2968	141	0.2349	1238	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1116	0.2556	0.172	0.6058	0.4203	0.2692	0.6447	-0.3548	-0.2711	0.7419	-0.1108	-0.1644	0.5354	-0.5272	-0.2173	1.4636	-0.0938	-0.0865	1.7815	0.227	2.0759	9.5005	-8.504	-6.5774
2	3.0143	0.1358	-0.5839	0.763	-0.827	3.0999	0.1165	-0.2533	-0.7458	0.1801	0.2404	1.1523	1.1753	-0.9244	0.3929	1.3045	-0.225	0.0209	0.8183	-0.1041	1.1041	-10.8724	-18.2346	59.9509
3	1.2489	0.9258	-0.1936	0.6366	-0.4108	2.5271	-0.3173	0.5763	-0.5749	-1.3187	1.0086	0.2617	1.1481	-0.2602	-0.4343	1.5845	0.121	-0.3462	1.2154	-0.2297	0.8557	-4.99	-17.6987	41.8631
4	1.6045	0.2023	0.0595	1.0252	0.3151	1.2999	-0.1384	-0.8677	-1.1925	0.9021	-0.1766	-0.1687	1.3456	0.054	0.6265	1.3349	0.1823	0.4378	0.1409	-0.1355	0.1616	-6.8161	-16.3524	56.8035
5	1.0996	-0.6591	-2.9219	0.5858	1.4167	6.1368	0.5834	-0.6773	-0.512	-0.2592	0.4298	-0.3598	-0.141	1.1698	-0.7657	1.1376	-0.0348	0.026	1.0651	-0.0108	1.66	-4.8065	-8.8144	8.4897
6	0.0784	0.0122	0.0056	0.0632	0.0172	0.366	-0.1614	0.0207	0.001	0.0117	-0.1863	-0.1021	-0.012	0.017	-0.0762	1.544	1.4412	0.0324	1.8926	0.4651	2.064	14.4284	-39.4748	58.8387
7	1.4116	0.7073	-0.5294	0.527	-0.0689	2.4809	0.4478	0.4863	-0.4741	-1.3671	-0.6851	0.1153	-0.0889	0.2554	0.4543	2.1564	0.7348	-0.4179	1.2361	-0.0168	1.5069	12.1206	-29.8229	57.0752

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 41:70 )	A	41 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 71:258 )	A	71 - 258
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 259:322 )	A	259 - 322
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 323:411 )	A	323 - 411
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 412:450 )	A	412 - 450
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN D AND RESID 2:20 )	D	2 - 20
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN D AND RESID 21:37 )	D	21 - 37

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)