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- PDB-4fyz: Crystal Structure of Nitrosyl Cytochrome P450cin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fyz
タイトルCrystal Structure of Nitrosyl Cytochrome P450cin
要素P450cin
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 / HEME / MONOOXYGENASE / CINDOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


1,8-cineole 2-endo-monooxygenase / carbazole catabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3,3-TRIMETHYL-2-OXABICYCLO[2.2.2]OCTANE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NITRIC OXIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 1,8-cineole 2-endo-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Citrobacter braakii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Madrona, Y. / Tripathi, S.M. / Li, H. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of substrate-free and nitrosyl cytochrome p450cin: implications for o(2) activation.
著者: Madrona, Y. / Tripathi, S. / Li, H. / Poulos, T.L.
履歴
登録2012年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月1日Group: Data collection
改定 1.22012年9月5日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P450cin
B: P450cin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,77812
ポリマ－89,5762
非ポリマー2,20210
水5,873326
1
A: P450cin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8896
ポリマ－44,7881
非ポリマー1,1015
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: P450cin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8896
ポリマ－44,7881
非ポリマー1,1015
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.176, 68.437, 104.047
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 P450cin


分子量: 44787.879 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 8-404 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter braakii (バクテリア)
遺伝子: CIN A, cinA / プラスミド: pcWori-P450cin / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5-alpha / 参照: UniProt: Q8VQF6

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非ポリマー , 6種, 336分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CNL / 1,3,3-TRIMETHYL-2-OXABICYCLO[2.2.2]OCTANE / 1,8-CINEOLE


分子量: 154.249 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18O
#4: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル


分子量: 30.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 6-9% PEG 3350, 100mM Bis-Tris pH 6.2, 100mM Lithium Sulfate, 5mM Cineole, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月1日
放射モノクロメーター: Cu Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→50 Å / Num. all: 37894 / Num. obs: 37894 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0.02 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 30.1 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.32-2.4193.9
2.4-2.5195.2
2.5-2.61196.4
2.61-2.75197.7
2.75-2.92198.9
2.92-3.15199.7
3.15-3.47199
3.47-3.97197.7
3.97-5195.1
5-50197.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: P450cin wild-type (PDB ID:1T2B)

1t2b


解像度: 2.32→36.013 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2508 1905 5.03 %RANDOM
Rwork0.1932 ---
obs0.1961 37848 96.56 %-
all-37848 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.618 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.529 Å20 Å23.488 Å2
2---5.9758 Å2-0 Å2
3----1.5532 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→36.013 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6298 0 152 326 6776
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126629
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1559023
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7992431
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074974
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051164
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.32-2.37610.28261220.21742334X-RAY DIFFRACTION87
2.3761-2.44030.31311070.20362508X-RAY DIFFRACTION95
2.4403-2.51210.27551290.19832493X-RAY DIFFRACTION95
2.5121-2.59310.25811470.20412573X-RAY DIFFRACTION96
2.5931-2.68580.29411550.19622553X-RAY DIFFRACTION97
2.6858-2.79330.24761370.20492569X-RAY DIFFRACTION98
2.7933-2.92040.25971500.19982622X-RAY DIFFRACTION99
2.9204-3.07430.26821420.19992636X-RAY DIFFRACTION100
3.0743-3.26670.27351430.21432626X-RAY DIFFRACTION100
3.2667-3.51880.26941380.20192613X-RAY DIFFRACTION99
3.5188-3.87250.24761420.19122596X-RAY DIFFRACTION97
3.8725-4.4320.20621300.1622558X-RAY DIFFRACTION96
4.432-5.58050.20731270.1642582X-RAY DIFFRACTION96
5.5805-36.0130.22841360.20382680X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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