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- PDB-4fyy: E. coli Aspartate Transcarbamoylase Complexed with CTP, UTP, and Mg2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fyy
タイトルE. coli Aspartate Transcarbamoylase Complexed with CTP, UTP, and Mg2+
要素(Aspartate carbamoyltransferase ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / pyrimidine nucleotide biosynthesis / feedback inhibition / allostery
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate carbamoyltransferase complex / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / glutamine metabolic process / amino acid binding / protein homotrimerization / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / zinc ion binding ...aspartate carbamoyltransferase complex / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / glutamine metabolic process / amino acid binding / protein homotrimerization / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aspartate transcarbamylase regulatory subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, allosteric domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, metal binding domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase ...Aspartate transcarbamylase regulatory subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, allosteric domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, metal binding domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9395 Å
データ登録者Cockrell, G.M. / Kantrowitz, E.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2012
タイトル: Metal Ion Involvement in the Allosteric Mechanism of Escherichia coli Aspartate Transcarbamoylase.
著者: Cockrell, G.M. / Kantrowitz, E.R.
履歴
登録2012年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain
B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
C: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain
D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,07512
ポリマ-102,9614
非ポリマー2,1148
10,341574
1
A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain
B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
C: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain
D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
ヘテロ分子

A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain
B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
C: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain
D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
ヘテロ分子

A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain
B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
C: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain
D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,22636
ポリマ-308,88412
非ポリマー6,34224
21612
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area29840 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area103250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.133, 121.133, 141.438
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-432-

HOH

21A-543-

HOH

31C-582-

HOH

-
要素

-
Aspartate carbamoyltransferase ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain / Aspartate transcarbamylase / ATCase


分子量: 34337.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A786, aspartate carbamoyltransferase
#2: タンパク質 Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain


分子量: 17143.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7F3

-
非ポリマー , 5種, 582分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#4: 化合物 ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP


分子量: 484.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C9H15N2O15P3 / コメント: UTP*YM
#5: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C9H16N3O14P3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 574 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microdialysis / pH: 5.7
詳細: 40 mM sodium citrate, 1 mM 2-mercaptoethanol, 0.2 mM EDTA, 1.0 mM CTP, pH 5.7 (crystals soaked in 5 mM UTP and 5 mM Mg2+), MICRODIALYSIS, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月19日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 22 % / Av σ(I) over netI: 23.19 / : 1956459 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Χ2: 1.16 / D res high: 1.94 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 89121 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.185010010.1190.73231.2
3.324.1810010.1270.99923
2.93.3210010.1381.20421.4
2.632.910010.1661.36721.2
2.442.6310010.1961.46421.1
2.32.4410010.2361.41220.8
2.182.310010.281.38520.5
2.092.1810010.3441.24620.3
2.012.0910010.4611.10720.1
1.942.0110010.6080.9919.5
反射解像度: 1.9395→50 Å / Num. all: 89121 / Num. obs: 89121 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 22 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Χ2: 1.165 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9395-2.0119.50.60887940.991100
2.01-2.0920.10.46188321.1071100
2.09-2.1820.30.34488301.2461100
2.18-2.320.50.2888411.3851100
2.3-2.4420.80.23688701.4121100
2.44-2.6321.10.19688531.4641100
2.63-2.921.20.16688911.3671100
2.9-3.3221.40.13889231.2041100
3.32-4.18230.12790120.9991100
4.18-5031.20.11992750.7321100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZA1
解像度: 1.9395→49.179 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2365 4462 5.01 %Random
Rwork0.1926 ---
obs0.1948 89119 99.98 %-
all-89196 --
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 218.39 Å2 / Biso mean: 41.2092 Å2 / Biso min: 12.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9395→49.179 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7140 0 120 574 7834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13910083
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771165
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051288
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0022762
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.9395-1.96150.23551530.200327842937
1.9615-1.98460.27021380.199627772915
1.9846-2.00880.26721550.206527792934
2.0088-2.03420.26241500.211127722922
2.0342-2.0610.28291610.201728292990
2.061-2.08920.27231540.192427702924
2.0892-2.11910.21511440.183728122956
2.1191-2.15070.24471400.183927992939
2.1507-2.18430.24391500.183927802930
2.1843-2.22010.23411610.17527682929
2.2201-2.25840.25331610.179128052966
2.2584-2.29950.23891240.17828262950
2.2995-2.34370.21681510.183527872938
2.3437-2.39150.25171530.183728002953
2.3915-2.44350.2381450.181228282973
2.4435-2.50040.20891320.175628152947
2.5004-2.56290.23791570.18328042961
2.5629-2.63220.27161360.18828192955
2.6322-2.70960.23391480.183728092957
2.7096-2.79710.22191540.189828072961
2.7971-2.8970.23041460.190928272973
2.897-3.0130.24551460.19628402986
3.013-3.15010.26831160.200628532969
3.1501-3.31620.24691510.204328192970
3.3162-3.52390.23661440.201428422986
3.5239-3.79590.23991570.190228653022
3.7959-4.17770.24011450.184228573002
4.1777-4.78180.23921710.181128583029
4.7818-6.02280.21161690.198428883057
6.0228-49.1950.21291500.213430383188
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.44090.02610.17330.40890.22960.63110.03570.0977-0.026-0.0840.07540.06780.0211-0.17600.1880.01490.00020.24210.02480.177243.250236.57272.6817
20.0978-0.0949-0.30110.35410.36640.89960.2566-0.17270.0085-0.10860.1729-0.7141-0.25530.06840.23580.1626-0.0196-0.11750.3720.06330.189155.076743.367119.5562
30.4153-0.1225-0.32130.4944-0.29340.63170.00480.07980.076-0.0120.10320.0555-0.0096-0.142300.18420.0186-0.00010.28150.03120.158835.75636.500612.3359
40.580.1227-0.27330.9564-0.45220.3597-0.2169-0.2612-0.26780.34290.2510.14290.0986-0.3637-0.00360.2860.04140.00050.35730.05810.268127.156122.025922.078
50.8583-0.20170.02520.78080.71610.51640.02850.1865-0.0892-0.124-0.0701-0.01960.1336-0.0441-0.00010.1786-0.0073-0.01960.2319-0.00170.165840.217524.61737.2453
60.32120.16910.30660.1230.1380.2390.41020.17740.002-0.4667-0.43740.0839-0.2379-0.6111-0.0579-0.24670.7553-0.19270.26610.00140.394918.612879.968929.1623
70.0090.07490.03140.0750.07270.1023-0.17880.3007-0.0159-0.11470.0381-0.2356-0.3114-0.2493-0.00160.37850.0727-0.03450.3509-0.05570.374130.406174.98428.0898
80.25960.0250.2946-0.04910.01920.3648-0.2343-0.20770.0013-0.6259-0.2432-0.0480.3531-0.4546-0.01840.46080.14760.0010.3874-0.03490.32719.334177.657430.4765
90.605-0.12450.49190.0218-0.0970.40640.0771-0.2645-0.1261-0.0190.3301-0.2179-0.09090.09420.24580.60060.1569-0.02060.5376-0.29920.666422.141367.246118.8459
100.0257-0.0309-0.1070.24760.13710.1648-0.04920.2079-0.37190.2638-0.24040.2267-0.2484-0.4375-0.08610.33780.1761-0.04840.3934-0.13340.474917.374472.133123.7328
110.93490.2437-0.6410.0675-0.16290.3775-0.27150.2059-0.2481-0.14550.04720.1284-0.1518-0.7218-0.29720.4650.3389-0.19580.6406-0.15320.35815.428574.840919.2131
120.0009-0.02780.00540.07810.07360.03130.21310.1330.4376-0.0775-0.1261-0.2216-0.04050.0158-00.3310.05840.02040.4056-0.01550.28333.065254.630224.5615
130.01480.0064-0.01450.00860.01650.02590.2075-0.27080.5419-0.0175-0.2156-0.1552-0.2184-0.1233-0.00020.3118-0.04790.02460.3063-0.02860.287241.028355.002922.617
140.05530.03420.06290.01910.04230.06290.05760.1227-0.1257-0.01370.09440.40440.36090.02720.01730.2226-0.04350.03890.4111-0.02490.394522.006452.07720.3401
150.0554-0.03730.02770.0339-0.04530.01880.05580.095-0.06320.4152-0.37990.3488-0.0638-0.544-0.00980.29680.00660.06240.3519-0.11970.343526.621749.531221.8571
160.0196-0.0352-0.01630.0230.0225-0.00060.0413-0.23630.0075-0.0512-0.128-0.12740.07770.0234-0.00020.33810.03840.07960.4114-0.13180.399125.890452.223930.0197
170.76310.63190.7660.9067-0.39840.25870.0748-0.11320.03490.1794-0.0092-0.0466-0.1658-0.01690.00010.1949-0.01070.01920.1786-0.00750.151563.472552.105866.8262
180.6828-0.14980.70250.0752-0.24120.95830.1576-0.3158-0.1459-0.09920.11860.18190.1459-0.40280.08580.2475-0.0751-0.02050.069-0.00950.291153.55841.694351.7813
190.25920.48880.09160.5267-0.16270.2444-0.05940.01250.05490.04360.0560.0673-0.0659-0.011-00.1823-0.0109-0.02480.1856-0.01630.191162.940456.812757.614
200.66890.04240.05470.4376-0.68590.90760.03350.220.2267-0.1562-0.0995-0.0443-0.20080.0096-00.2684-0.0001-0.03350.20120.02710.217177.42767.269650.1497
210.168-0.1749-0.13150.330.11310.62290.0343-0.0175-0.0235-0.4012-0.2791-0.5487-0.22240.2313-0.18630.31340.00270.08690.26640.04790.27887.960458.561647.5695
220.0321-0.0149-0.06580.7026-0.25590.3339-0.04250.0024-0.00140.0228-0.1601-0.10110.0127-0.0785-0.0040.1841-0.0207-0.00340.1851-0.00320.193375.858751.807162.3439
230.2684-0.01950.15410.13950.37530.43930.00820.0440.32130.034-0.0093-0.0747-0.4141-0.2939-0.01610.40410.1086-0.07030.210800.425729.574983.765640.0962
240.6599-0.36280.39740.0618-0.17390.6932-0.07360.08130.0804-0.1648-0.13230.0525-0.27070.0061-0.23170.28530.0366-0.10880.18910.04770.364945.593376.280746.701
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:66)A1 - 66
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 67:87)A67 - 87
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 88:187)A88 - 187
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 188:265)A188 - 265
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 266:310)A266 - 310
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 7:25)B7 - 25
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 26:41)B26 - 41
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 42:67)B42 - 67
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 68:74)B68 - 74
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 75:87)B75 - 87
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 88:101)B88 - 101
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 102:114)B102 - 114
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 115:123)B115 - 123
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 124:130)B124 - 130
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 131:143)B131 - 143
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 144:153)B144 - 153
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resseq 1:66)C1 - 66
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resseq 67:87)C67 - 87
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resseq 88:166)C88 - 166
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resseq 167:236)C167 - 236
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resseq 237:265)C237 - 265
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resseq 266:310)C266 - 310
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resseq 6:67)D6 - 67
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resseq 68:153)D68 - 153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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