PDB-4fyw: E. coli Aspartate Transcarbamoylase complexed with CTP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fyw

タイトル

E. coli Aspartate Transcarbamoylase complexed with CTP

要素

Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain
Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

キーワード

TRANSFERASE / pyrimidine nucleotide biosynthesis / feedback inhibition / allostery

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate carbamoyltransferase complex / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid binding / glutamine metabolic process / protein homotrimerization / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / zinc ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Cockrell, G.M. / Kantrowitz, E.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Metal Ion Involvement in the Allosteric Mechanism of Escherichia coli Aspartate Transcarbamoylase.
著者: Cockrell, G.M. / Kantrowitz, E.R.

履歴

登録	2012年7月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fyw.cif.gz	205.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fyw.ent.gz	162.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fyw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fyw_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fyw_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4fyw_validation.xml.gz	39.3 KB	表示
CIF形式データ	4fyw_validation.cif.gz	57.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/4fyw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/4fyw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fyvC 4fyxC 4fyyC 1za1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3at1-1 2qg9-1 5at1-1 2atc-1 1rae-1 2fzk-1 1tu0-1 2qgf-1 1i5o-1 9atc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (20)

登録構造単位

A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain

B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

C: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain

D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

ヘテロ分子

104 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain

B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

C: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain

D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

ヘテロ分子

A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain

B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

C: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain

D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

ヘテロ分子

A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain

B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

C: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain

D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
312 kDa, 12 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	121.297, 121.297, 142.251
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-569- HOH
2	1	A-574- HOH
3	1	A-578- HOH
4	1	A-581- HOH
5	1	C-508- HOH
6	1	C-579- HOH

#1: タンパク質	Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain / Aspartate transcarbamylase / ATCase 分子量: 34337.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A786, aspartate carbamoyltransferase
#2: タンパク質	Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain 分子量: 17143.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7F3
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP 分子量: 483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₄P₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.08 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: microdialysis / pH: 5.7 詳細: 40 mM sodium citrate, 1 mM 2-mercaptoethanol, 0.2 mM EDTA, 1.0 mM CTP, pH 5.7, MICRODIALYSIS, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.542 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年1月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.542 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.35 % / 数: 381122 / R_merge(I) obs: 0.057 / Χ²: 0.94 / D res high: 2.1 Å / D res low: 43.22 Å / Num. obs: 70735 / % possible obs: 99.7

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy	Rejects
4.52	43.22	99.4	0.037	0.69	5.33	280
3.59	4.52	99.4	0.046	0.67	5.44	428
3.14	3.59	99.2	0.059	0.73	5.43	619
2.85	3.14	99.3	0.084	0.82	5.4	596
2.65	2.85	99.5	0.12	0.89	5.37	446
2.49	2.65	99.8	0.168	0.99	5.33	279
2.37	2.49	100	0.234	1.06	5.32	120
2.26	2.37	100	0.296	1.12	5.31	54
2.18	2.26	100	0.369	1.19	5.28	23
2.1	2.18	100	0.45	1.3	5.28	15

反射

解像度: 2.1→43.22 Å / Num. all: 70735 / Num. obs: 70735 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.35 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I): 10.7 / Scaling rejects: 2860

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.1-2.18	5.28	0.45	2.6	36859	6982	1.3	100
2.18-2.26	5.28	0.369	3.2	37165	7030	1.19	100
2.26-2.37	5.31	0.296	3.8	37262	7010	1.12	100
2.37-2.49	5.32	0.234	4.6	37636	7058	1.06	100
2.49-2.65	5.33	0.168	6.4	37712	7027	0.99	99.8
2.65-2.85	5.37	0.12	8.6	38192	7033	0.89	99.5
2.85-3.14	5.4	0.084	11.7	38475	7014	0.82	99.3
3.14-3.59	5.43	0.059	16.2	38958	7061	0.73	99.2
3.59-4.52	5.44	0.046	21.1	39380	7158	0.67	99.4
4.52-43.22	5.33	0.037	26.9	39483	7362	0.69	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.9.8.8D	データスケーリング
d*TREK	9.9.8.8D	データ削減
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CrystalClear		データ収集
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZA1

1za1

解像度: 2.1→43.218 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2291	3569	5.05 %	Random
R_work	0.1838	-	-	-
obs	0.186	70722	99.64 %	-
all	-	70735	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 180.62 Å² / B_iso mean: 30.0296 Å² / B_iso min: 3.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.218 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7083	0	60	571	7714

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7269
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.128	9870
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1146
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1277
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.243	2707

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.1288	0.3248	131	0.2637	2666	2797	100
2.1288-2.1592	0.262	143	0.2499	2634	2777	100
2.1592-2.1914	0.3272	143	0.2516	2658	2801	100
2.1914-2.2257	0.3057	155	0.2416	2663	2818	100
2.2257-2.2621	0.3465	149	0.2559	2668	2817	100
2.2621-2.3011	0.3464	120	0.2589	2686	2806	100
2.3011-2.343	0.3151	160	0.2513	2653	2813	100
2.343-2.3881	0.3303	146	0.2369	2657	2803	100
2.3881-2.4368	0.2591	129	0.2367	2686	2815	100
2.4368-2.4898	0.2695	143	0.2392	2687	2830	100
2.4898-2.5477	0.331	142	0.2231	2660	2802	100
2.5477-2.6114	0.264	149	0.2076	2640	2789	100
2.6114-2.682	0.3239	156	0.2157	2681	2837	100
2.682-2.7609	0.266	145	0.2154	2675	2820	100
2.7609-2.85	0.2473	139	0.207	2673	2812	100
2.85-2.9518	0.2652	151	0.2054	2669	2820	99
2.9518-3.07	0.257	132	0.2011	2668	2800	99
3.07-3.2097	0.261	156	0.192	2662	2818	99
3.2097-3.3788	0.2953	139	0.1902	2688	2827	99
3.3788-3.5904	0.226	116	0.1721	2693	2809	99
3.5904-3.8675	0.2124	138	0.1569	2717	2855	99
3.8675-4.2564	0.147	116	0.1429	2727	2843	99
4.2564-4.8715	0.1654	167	0.1357	2734	2901	100
4.8715-6.1348	0.1723	169	0.1643	2724	2893	100
6.1348-43.2272	0.1856	135	0.1683	2884	3019	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0525	0.0758	0.0241	0.1226	0.0636	0.1331	0.0118	0.0526	-0.0258	-0.0622	0.1067	0.0242	-0.062	-0.0984	0.1972	0.0276	0.011	-0.0158	0.0812	0.0175	0.0331	43.3099	36.5873	2.851
2	0.0075	0.0003	0.0017	0.0091	-0.0097	0.0101	0.0179	-0.0449	0.0117	0.0433	-0.0106	-0.0574	-0.0421	0.0151	-0.0022	0.1098	-0.0433	0.0067	0.165	0.0448	0.1393	55.1435	43.8092	17.8651
3	0.1238	0.1193	-0.0024	0.2245	-0.0806	0.1696	-0.0104	0.0479	0.0832	0.0304	0.0869	0.1805	-0.0712	-0.1642	0.1483	-0.0536	0.0328	0.087	0.1344	0.0086	-0.0189	33.718	36.0734	14.073
4	0.0052	0.0567	0.0353	0.6146	0.3773	0.2354	-0.0455	-0.0789	-0.1126	0.314	0.1703	-0.0058	0.136	-0.055	0.0811	0.1652	0.0075	-0.0047	0.2839	0.0758	0.1524	28.1629	21.5513	24.726
5	0.1579	-0.0055	-0.009	0.1119	0.0152	0.06	-0.0445	0.0585	-0.0727	-0.0667	0.0162	0.0462	0.0918	-0.0484	-0.0717	0.0609	-0.0611	0.0075	0.0764	0.0103	0.088	37.2864	21.163	9.7078
6	0.0036	-0.003	0.0009	0.0037	-0.0036	0.0061	0.004	0.0109	-0.008	-0.0005	0.0076	-0.0048	-0.0016	0.0037	0.0004	0.682	0.1741	0.0635	0.6116	0.0658	0.6078	20.7707	87.7828	23.2782
7	0.0299	-0.0184	0.0141	0.0403	0.0094	0.0168	0.0234	0.0223	0.0508	-0.0548	0.005	0.0009	-0.1005	-0.0715	0.011	0.2305	0.1329	-0.0304	0.19	-0.061	0.25	23.8696	75.6684	30.8237
8	0.0304	0.0028	-0.0037	0.0444	0.0166	0.007	0.0459	0.0969	-0.0416	-0.0933	-0.0297	0.0242	-0.1796	-0.0835	-0.0001	0.3609	0.1528	-0.0833	0.3452	-0.0833	0.3164	18.7059	74.2332	22.7518
9	0.0222	0.0026	-0.0055	0.1362	-0.1074	0.0889	-0.0157	-0.046	0.0191	0.1265	-0.1249	0.106	0.0283	-0.1277	-0.0641	0.1394	0.0153	0.0405	0.1598	-0.0775	0.1507	29.5179	52.6769	24.288
10	0.135	0.0282	0.0352	0.0546	-0.0517	0.07	0.1013	-0.1182	0.0187	0.074	-0.0282	0.0213	-0.0753	-0.0554	0.1022	0.0907	-0.0275	0.0087	0.0417	-0.0151	0.0705	63.58	52.1811	67.1678
11	0.0031	-0.0023	-0.0007	0.0049	0.0012	-0.0002	0.0063	0.0186	-0.0443	-0.0116	0.0161	-0.0238	0.0104	-0.0099	0.0144	0.0837	-0.0588	-0.0359	0.0586	-0.0022	0.0907	53.5881	41.7647	51.9555
12	0.1433	0.0103	0.0077	0.0498	0.0126	0.1352	-0.0141	0.0959	0.1551	-0.0029	-0.0047	0.0767	-0.1649	-0.0184	-0.0654	0.0932	-0.0149	-0.031	0.0265	0.0145	0.0602	68.385	62.3711	55.3693
13	0.0066	-0.0034	-0.0326	0.1665	0.0439	0.1389	-0.0221	0.066	-0.0398	-0.1248	-0.134	-0.1338	-0.0424	0.0947	-0.2252	-0.0206	-0.1228	0.0437	0.0243	0.0441	0.0798	85.1854	59.1064	47.7678
14	0.0445	0.0214	-0.0484	0.2	-0.1269	0.3556	-0.0527	-0.0406	-0.0549	0.0771	-0.1186	-0.0486	0.0655	0.0015	-0.2603	0.07	-0.0299	-0.0072	0.0629	-0.0161	0.0643	75.973	51.896	62.6515
15	0.0027	0.0032	-0.0049	0.0129	-0.0144	0.0164	-0.0065	-0.0036	-0.0057	-0.0229	0.0051	0.0082	-0.0034	-0.0065	0.0005	0.6271	0.1983	-0.0321	0.5767	-0.0245	0.6338	20.3767	88.6153	45.8929
16	0.0028	-0.0015	0.0013	0.0029	-0.0006	0.0022	-0.0728	0.001	0.0426	0.0019	0.003	0.0159	-0.0356	-0.0179	-0	0.3125	0.07	-0.035	0.2055	0.0272	0.3946	34.7306	86.0166	39.4009
17	0.0023	0.0034	0.0011	0.0068	-0.0011	0.0065	0.0128	-0.045	-0.0338	0.0127	0.0228	0.0565	-0.0203	-0.1075	-0	0.3469	0.0585	-0.0925	0.2088	-0.0112	0.3798	29.9916	75.135	41.7932
18	0.0269	-0.0043	0.0301	0.0035	-0.0118	0.0534	-0.0507	0.0151	0.0355	-0.0133	-0.0436	-0.0045	-0.0133	0.0152	0.0074	0.4511	0.0671	-0.0446	0.1528	-0.0126	0.4279	33.1458	88.7473	33.3469
19	0.0067	-0.0015	-0.0033	0.0093	0.0053	0.0035	-0.0372	-0.0693	0.0301	0.0607	-0.0976	-0.0826	-0.0612	-0.0364	0	0.2762	0.0996	-0.0633	0.2248	-0.0468	0.3187	35.2983	82.7168	47.051
20	0.0037	0.0047	0.0033	0.0086	0.0063	0.0052	-0.0039	-0.0034	0.0017	0.0093	-0.0247	0.0341	-0.0045	-0.031	0.0067	0.4329	0.1589	-0.1552	0.2657	-0.154	0.4144	26.0257	91.6117	50.4832
21	0.0264	-0.0047	0.0306	0.0008	-0.0037	0.0298	-0.0448	-0.0185	0.0704	-0.0077	-0.0492	0.0182	-0.072	0.0174	-0.0285	0.1769	0.0601	-0.1014	0.1119	0.0167	0.2235	46.3593	74.8776	47.4158
22	0.0186	-0.0251	0.0055	0.0933	0.0451	0.0497	0.0459	0.0786	0.0568	-0.0764	0.0189	0.0354	-0.071	-0.0456	0.0952	0.1138	0.0144	-0.0446	0.0649	0.1425	0.2483	52.7471	70.6709	45.626

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:66)	A	1 - 66
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 67:87)	A	67 - 87
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 88:204)	A	88 - 204
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 205:247)	A	205 - 247
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 248:310)	A	248 - 310
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 10:15)	B	10 - 15
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 16:52)	B	16 - 52
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 53:101)	B	53 - 101
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 102:153)	B	102 - 153
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resseq 1:66)	C	1 - 66
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resseq 67:87)	C	67 - 87
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resseq 88:217)	C	88 - 217
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resseq 218:265)	C	218 - 265
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resseq 266:310)	C	266 - 310
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resseq 10:14)	D	10 - 14
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resseq 15:25)	D	15 - 25
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resseq 26:41)	D	26 - 41
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resseq 42:57)	D	42 - 57
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resseq 58:81)	D	58 - 81
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resseq 82:92)	D	82 - 92
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resseq 93:114)	D	93 - 114
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resseq 115:153)	D	115 - 153

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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