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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fyh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of rcl with phospho-triciribine | ||||||
![]() | Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Purine catabolism / deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase activity / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / nucleoside salvage / dGMP catabolic process / allantoin metabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / epithelial cell differentiation / positive regulation of cell growth / protein homodimerization activity ...Purine catabolism / deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase activity / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / nucleoside salvage / dGMP catabolic process / allantoin metabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / epithelial cell differentiation / positive regulation of cell growth / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Labesse, G. / Padilla, A. / Kaminski, P.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the oncoprotein Rcl bound to three nucleotide analogues. 著者: Padilla, A. / Amiable, C. / Pochet, S. / Kaminski, P.A. / Labesse, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 221.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 179.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17173.334 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 11-151 / 変異: D69N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O35820, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 #2: 化合物 | ChemComp-TR5 / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.11 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 100 mM Tris, 1.2 Li2SO4, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月22日 |
放射 | モノクロメーター: Asymmetric Laue 001 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9334 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.44 Å / Num. all: 23302 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2.44→2.57 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.815 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.44→59.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.44→2.503 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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