PDB-4fxh: Crystal structure of the isolated E. coli RelE toxin, P212121 form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fxh

タイトル

Crystal structure of the isolated E. coli RelE toxin, P212121 form

要素

mRNA interferase RelE

キーワード

TOXIN / toxin/antitoxin system / nuclease / translational control / stress response / RelB / Ribosome / B-ME on Cys50

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin sequestering activity / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / cellular response to amino acid starvation / protein-DNA complex / ribosome binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Brodersen, D.E. / Boggild, A. / Sofos, N.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: The crystal structure of the intact E. coli RelBE toxin-antitoxin complex provides the structural basis for conditional cooperativity.
著者: Boggild, A. / Sofos, N. / Andersen, K.R. / Feddersen, A. / Easter, A.D. / Passmore, L.A. / Brodersen, D.E.

履歴

登録	2012年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月26日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fxh.cif.gz	97.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fxh.ent.gz	75.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fxh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fxh_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fxh_full_validation.pdf.gz	450.1 KB	表示
XML形式データ	4fxh_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	4fxh_validation.cif.gz	16.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/4fxh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/4fxh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4fxeC 4fxiC 3kha PDB 未公開エントリS 2kc8 2kc9 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2djs-d 5s8o-2 4n6l-d 5s8q-2 1pju-2 2yuw-d 5s8p-2 2d7m-d 5rky-d 5hs8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: mRNA interferase RelE

B: mRNA interferase RelE

ヘテロ分子

22.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: mRNA interferase RelE

登録者が定義した集合体
11.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: mRNA interferase RelE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.631, 61.443, 63.904
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	mRNA interferase RelE / Endoribonuclease RelE / Toxin RelE 分子量: 11236.251 Da / 分子数: 2 / 断片: RelE / 変異: R81A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1563, JW1555, relE / プラスミド: pSC2524HE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P0C077, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.61 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES, 0.2 M ammonium sulphate, 30% PEG 5000 MME, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

EMBL/DESY, HAMBURG

/ ビームライン: X12 / 波長: 0.91838 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91838 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→44.291 Å / Num. all: 8223 / Num. obs: 8223 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 40.7 Å² / R_sym value: 0.049 / Net I/σ(I): 18.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.3-2.36	4.1	0.151	5.1	2484	601	0.151	98
2.36-2.42	4.1	0.134	5.7	2443	590	0.134	97.8
2.42-2.49	4.1	0.116	6.6	2391	579	0.116	98.2
2.49-2.57	4.1	0.103	7.3	2347	575	0.103	98.1
2.57-2.66	4.2	0.092	8.3	2199	521	0.092	96.4
2.66-2.75	4.1	0.081	9.5	2113	516	0.081	97.3
2.75-2.85	4.2	0.069	10.4	2122	506	0.069	97.4
2.85-2.97	4.1	0.061	11.6	1990	485	0.061	97.1
2.97-3.1	4.2	0.049	13.2	1934	465	0.049	96.4
3.1-3.25	4.2	0.047	14.3	1849	444	0.047	97.6
3.25-3.43	4.2	0.041	14.6	1769	423	0.041	96.4
3.43-3.64	4.1	0.045	13.7	1662	402	0.045	96.3
3.64-3.89	4.1	0.049	13	1566	379	0.049	96.3
3.89-4.2	4.2	0.051	11.6	1456	350	0.051	96.9
4.2-4.6	4.1	0.05	11.6	1361	330	0.05	96.3
4.6-5.14	4.1	0.042	14.7	1223	298	0.042	95.5
5.14-5.94	4.1	0.038	15.1	1066	263	0.038	95.6
5.94-7.27	4.1	0.035	13.7	907	220	0.035	95
7.27-10.29	4	0.028	17.5	689	173	0.028	92.4
10.29-44.291	3.7	0.028	19.1	376	103	0.028	87.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KHA

3kha
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.4→37.669 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.7941 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 26.7

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2822	350	4.85 %	Random
R_work	0.2357	-	-	-
obs	0.238	7220	95.26 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.36 Å² / k_sol: 0.323 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.39 Å² / B_iso mean: 47.4198 Å² / B_iso min: 5.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.5881 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.6751 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.2632 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→37.669 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1513	0	5	194	1712

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1551
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.827	2077
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	232
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	257
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.435	629

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.4-2.7472	0.334	119	0.2864	2261	2380	2261	97
2.7472-3.4608	0.3394	121	0.2439	2288	2409	2288	96
3.4608-37.6733	0.2366	110	0.2159	2321	2431	2321	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1785	-0.1694	-1.0164	4.7509	-1.197	2.0919	-0.1763	0.6469	0.0696	-0.4352	0.109	0.2948	-0.0759	-0.1688	0.0049	0.4051	0.0643	-0.1591	0.1905	-0.0308	0.2756	-0.2722	-15.2763	-15.8531
2	4.9195	-2.8466	3.8073	3.7407	-2.4898	7.8105	0.2948	-0.003	-1.2397	-0.2041	1.1768	1.3919	1.4535	-0.7995	-1.2848	0.5613	-0.1358	0.0916	0.6286	0.1627	0.8647	-3.11	-24.8727	-10.5237
3	6.4759	-0.2729	0.8952	6.35	0.8215	6.2504	-0.2854	-0.5454	0.1894	0.5143	0.3856	-0.6009	0.0093	0.239	-0.0905	0.1898	0.0857	0.0187	0.3132	-0.037	0.2146	7.5281	-14.1397	-7.1067
4	4.2331	-1.3541	1.1505	7.1769	-0.1026	4.5958	0.9836	0.2072	-0.5695	-0.0171	-0.0026	-0.8687	0.5029	0.0989	-0.7463	0.3807	0.3438	0.2127	1.0525	-0.4332	0.9571	10.9152	-31.6435	-16.5502
5	2.2074	-1.2038	1.19	4.8489	0.2802	2.1137	-0.2008	0.2966	0.2268	-0.2768	0.3824	0.1547	-0.1044	0.6195	0.0284	0.2794	-0.0274	-0.0277	0.3108	-0.0351	0.4301	9.5401	-43.1749	-18.7901
6	3.7981	-1.003	-1.7698	1.9865	-2.0802	4.5793	0.8277	1.0512	-0.8271	-0.2441	0.7939	-0.4677	0.3744	0.3353	-0.6883	-0.8467	0.737	-0.1388	0.6087	-0.777	1.7545	23.5555	-47.7149	-13.1021
7	2.0331	6.4303	5.3299	8.7381	7.6086	2.0281	-0.8199	0.8979	0.7391	-1.5582	0.3509	0.5066	-0.8275	1.8696	0.4048	0.7389	-0.0634	0.1263	0.4589	-0.0577	0.3916	24.7341	-35.453	-18.1848
8	5.5247	2.3538	2.8594	2.7422	-0.088	2.4442	-0.7277	0.6778	0.1041	-0.8619	0.43	-0.7898	0.0421	0.738	-0.0537	1.0038	0.3923	0.1699	1.1928	-0.2566	0.6983	32.4571	-30.5592	-10.9531
9	7.4645	1.1032	-0.5466	7.6882	2.2443	3.7355	0.4118	-0.1224	-1.0898	1.382	0.7203	-1.9784	-0.2746	1.4865	-0.964	0.7023	-0.0577	-0.3375	0.5499	-0.0797	0.4924	28.8831	-39.0321	-4.347
10	6.3248	0.7189	-0.8459	2.046	-1.0376	0.8782	1.3321	-1.7769	-1.4734	0.957	-0.0302	0.0287	0.2678	-0.5525	-0.9039	0.896	-0.0522	-0.218	0.6274	0.1013	0.629	18.6732	-46.889	-1.1686
11	9.6822	1.7392	-3.8859	2.1573	0.1792	5.8808	0.0518	-1.3578	0.2364	0.3915	-0.8171	1.4313	-0.7841	-2.9663	1.2313	0.7086	0.1019	0.0324	0.7084	-0.1888	0.4626	9.5187	-41.2763	-7.2572
12	7.4315	7.0699	0.3706	2.0139	-2.9826	3.4841	1.3328	-0.8984	0.7813	1.9615	-0.2289	1.2666	-0.1608	-0.4498	-0.7331	0.4738	-0.1249	0.0934	0.5726	-0.1645	0.3092	21.5072	-31.8588	-1.7482
13	2.468	6.0852	0.5275	8.8456	-0.775	5.7393	0.3721	-0.0924	-0.7712	-0.4614	-0.3975	-0.5534	0.6811	-0.6187	0.0626	0.3842	0.0455	-0.1018	0.4173	-0.041	0.3467	17.3374	-43.7751	-10.1267
14	4.963	-1.1264	0.4625	7.9377	2.6036	4.8832	0.0313	0.0467	0.3292	-0.6932	0.1842	-0.766	-0.1572	-0.3936	-0.0545	0.2583	0.0803	-0.0235	0.3083	-0.073	0.1943	19.5365	-35.5908	-12.1892
15	6.6561	5.6108	-0.3603	2.036	-6.2845	6.9735	-0.0064	0.7685	-0.4186	-0.1454	-0.6416	-1.1925	0.1578	0.3001	0.5034	0.3674	0.1711	0.0029	0.6511	0.0021	0.2503	12.7825	-17.6509	-18.1793

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 2:15)	A	2 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 16:33)	A	16 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 34:78)	A	34 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 79:83)	A	79 - 83
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 84:95)	A	84 - 95
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 2:8)	B	2 - 8
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 9:15)	B	9 - 15
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 16:21)	B	16 - 21
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 22:33)	B	22 - 33
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 34:42)	B	34 - 42
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 43:51)	B	43 - 51
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 52:59)	B	52 - 59
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 60:70)	B	60 - 70
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 71:84)	B	71 - 84
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 85:95)	B	85 - 95

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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