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- PDB-4fxc: TERTIARY STRUCTURE OF [2FE-2S] FERREDOXIN FROM SPIRULINA PLATENSI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fxc
タイトルTERTIARY STRUCTURE OF [2FE-2S] FERREDOXIN FROM SPIRULINA PLATENSIS REFINED AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION: STRUCTURAL COMPARISONS OF PLANT-TYPE FERREDOXINS AND AN ELECTROSTATIC POTENTIAL ANALYSIS
要素FERREDOXIN
キーワードELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) ...Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Ferredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrospira platensis (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Fukuyama, K. / Tsukihara, T.
引用
ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1995
タイトル: Tertiary structure of [2Fe-2S] ferredoxin from Spirulina platensis refined at 2.5 A resolution: structural comparisons of plant-type ferredoxins and an electrostatic potential analysis.
著者: Fukuyama, K. / Ueki, N. / Nakamura, H. / Tsukihara, T. / Matsubara, H.
#1: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1981
タイトル: X-Ray Analysis of a (2Fe-2S) Ferredoxin from Spirulina Platensis. Main Chain Fold and Location of Side Chains at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Tsukihara, T. / Fukuyama, K. / Nakamura, M. / Katsube, Y. / Tanaka, N. / Kakudo, M. / Wada, K. / Hase, T. / Matsubara, H.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1980
タイトル: Structure of S. Platensis (2Fe-2S) Ferredoxin and Evolution of Chloroplast-Type Ferredoxins
著者: Fukuyama, K. / Hase, T. / Matsumoto, S. / Tsukihara, T. / Katsube, Y. / Tanaka, N. / Kakudo, M. / Wada, K. / Matsubara, H.
#3: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1978
タイトル: X-Ray Analysis of Ferredoxin from Spirulina Platensis. II. Chelate Structure of Active Center
著者: Tsukihara, T. / Fukuyama, K. / Tahara, H. / Katsube, Y. / Matsuura, Y. / Tanaka, N. / Kakudo, M. / Wada, K. / Matsubara, H.
#5: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1977
タイトル: Location of the Iron-Sulfur Cluster in Spirulina Platensis Ferredoxin by X-Ray Analysis
著者: Ogawa, K. / Tsukihara, T. / Tahara, H. / Katsube, Y. / Matsu-Ura, Y. / Tanaka, N. / Kakudo, M. / Wada, K. / Matsubara, H.
#4: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure (Data Section)
年: 1978
履歴
登録1995年4月25日処理サイト: BNL
置き換え1995年12月7日ID: 3FXC
改定 1.01995年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6822
ポリマ－10,5061
非ポリマー1761
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.320, 28.510, 108.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 FERREDOXIN


分子量: 10506.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arthrospira platensis (バクテリア) / 参照: UniProt: P00246
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 %
結晶化
*PLUS
温度: 3 ℃ / pH: 7.5 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11-3 %protein11
287 %satammonium sulfate12
30.5 M12NaCl
40.1 MTris-HCl12

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.199 --
obs0.199 2912 84.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数732 0 4 42 778
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.62.6
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.93.9
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.43.4
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.84.8
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 31.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.072
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.031
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr0.162
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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