PDB-4fwj: Native structure of LSD2/AOF1/KDM1b in spacegroup of I222 at 2.9A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fwj

タイトル

Native structure of LSD2/AOF1/KDM1b in spacegroup of I222 at 2.9A

要素

Lysine-specific histone demethylase 1B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / lsd2 / fad / histone demethylase / C4H2C2 / CW / epigenetic

機能・相同性

機能・相同性情報

epigenetic programing of female pronucleus / genomic imprinting / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / histone demethylase activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / FAD binding / HDMs demethylate histones / UCH proteinases ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Zhang, Q. / Chen, Z.

引用

ジャーナル: Cell Res. / 年: 2013
タイトル: Structure-function analysis reveals a novel mechanism for regulation of histone demethylase LSD2/AOF1/KDM1b
著者: Zhang, Q. / Qi, S. / Xu, M. / Yu, L. / Tao, Y. / Deng, Z. / Wu, W. / Li, J. / Chen, Z. / Wong, J.

履歴

登録	2012年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fwj.cif.gz	595.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fwj.ent.gz	489.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fwj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fwj_validation.pdf.gz	955.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fwj_full_validation.pdf.gz	979.7 KB	表示
XML形式データ	4fwj_validation.xml.gz	58.3 KB	表示
CIF形式データ	4fwj_validation.cif.gz	82.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/4fwj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/4fwj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fweC 4fwfC 2hkoS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4gut-d 4gus-d 1lvc-2 4fwe-d 3q8x-d 3vb9-2 7kzi-1 4gur-d 1io8-d 5yz5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific histone demethylase 1B

B: Lysine-specific histone demethylase 1B

ヘテロ分子

181 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Lysine-specific histone demethylase 1B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
90.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lysine-specific histone demethylase 1B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
90.4 kDa, 1 ポリマー
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3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.322, 170.933, 202.566
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Lysine-specific histone demethylase 1B / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 1 / Lysine-specific histone demethylase 2 分子量: 89340.977 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-822 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LSD2 / プラスミド: pet-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NB78, 酸化還元酵素

#1: タンパク質

Lysine-specific histone demethylase 1B / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 1 / Lysine-specific histone demethylase 2

分子量: 89340.977 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-822 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LSD2 / プラスミド: pet-28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NB78, 酸化還元酵素

-
非ポリマー , 5種, 474分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.82 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 130 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 55698 / Num. obs: 55566 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.113 / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2759 / R_sym value: 0.346 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.6.0116	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2HKO

2hko

解像度: 2.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 22.144 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 3 / ESU R: 0.911 / ESU R Free: 0.314 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22233	2818	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18628	-	-	-
all	0.18813	55698	-	-
obs	0.18813	52723	99.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.586 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.96 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11480	0	118	464	12062

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	11907
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.281	1.964	16189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.043	5	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.807	23.911	496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.748	15	1881
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.854	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	9048

LS精密化シェル

解像度: 2.899→2.974 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.397	203	-
R_work	0.303	3559	-
obs	-	2818	97.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.279	0.5143	-0.6446	2.8925	0.0585	2.0647	-0.1798	0.2175	0.0559	-0.043	0.1802	-0.6613	-0.1006	0.4135	-0.0004	0.0396	-0.0456	-0.0545	0.1495	-0.0424	0.3236	-11.1158	37.8067	34.0202
2	1.5794	-0.818	-0.5057	3.9326	1.2305	1.7985	-0.1006	0.0784	-0.0725	0.0648	0.1075	-0.2843	0.0405	0.1402	-0.0069	0.0314	-0.0163	-0.0192	0.0551	-0.0405	0.1147	-20.6251	31.2037	38.6926
3	9.6584	4.315	11.6671	1.9372	5.2167	14.1031	-0.0226	0.9869	-0.5834	-0.0831	0.4997	-0.2326	-0.2819	1.156	-0.477	1.1702	-0.0111	0.674	1.1578	-0.19	2.562	-13.3583	11.0038	37.0055
4	1.1757	1.2924	-0.3146	4.4652	-0.4401	0.1805	-0.0163	-0.007	0.0238	-0.0266	0.0863	-0.1897	0.0617	-0.0251	-0.0699	0.0538	0.006	-0.0572	0.0431	-0.019	0.0969	-31.0793	18.9762	36.4394
5	3.3469	0.3482	-1.436	8.8518	4.7598	3.3636	0.0949	-0.6907	0.9833	1.1442	0.4783	-0.1696	0.508	0.5537	-0.5732	0.7917	0.1079	-0.0212	0.8013	-0.0956	0.5744	-45.9207	23.7988	51.9956
6	0.9086	0.3397	0.0331	1.2426	-0.3477	0.4663	0.0099	-0.1245	0.0502	0.1524	0.0285	0.0503	0.0232	0.0392	-0.0384	0.1246	-0.0131	-0.0625	0.0572	0.0019	0.0642	-46.7084	0.2575	47.2476
7	2.4105	-0.9815	0.2109	2.099	0.3027	2.2986	0.0036	0.1894	0.0076	-0.2747	-0.087	0.021	-0.0628	-0.0208	0.0835	0.1821	-0.0294	-0.0324	0.1539	-0.0326	0.0202	-48.5087	-18.6032	18.5036
8	1.0382	-0.4003	-0.1079	1.6534	-0.039	1.0547	-0.0179	0.02	0.0956	0.0624	0.0684	0.2251	-0.0083	-0.1088	-0.0504	0.0639	-0.0227	-0.0253	0.0475	0.019	0.081	-57.9881	3.6543	39.2947
9	0.6932	-0.6973	0.7211	1.3545	-0.3801	2.2775	-0.0239	-0.1094	-0.1677	0.0385	0.0822	-0.0383	-0.1399	-0.1874	-0.0583	0.115	0.0083	-0.0359	0.1084	0.0294	0.1468	-46.6507	-23.6618	40.283
10	1.0109	0.1915	-0.0591	0.4259	0.0585	0.1264	0.0461	0.0209	0.0588	-0.063	-0.0405	0.2205	0.0259	-0.0345	-0.0056	0.1254	0.0064	-0.0556	0.0924	-0.0103	0.1296	-54.5405	-6.7273	38.446
11	1.1701	-1.6906	-1.4898	2.4722	2.2506	4.462	0.061	0.0161	-0.0502	-0.0517	0.1422	-0.024	1.1869	0.9392	-0.2033	0.6561	0.2948	-0.0303	1.0496	-0.2387	0.5905	-21.1224	22.1518	-3.0067
12	1.9258	0.2068	0.6494	2.1272	1.4434	4.6986	-0.2043	0.0718	0.0793	-0.2039	0.2193	-0.3844	-0.2525	1.3	-0.015	0.1581	-0.0869	0.0682	0.4823	0.0102	0.108	-24.4089	36.8904	0.5542
13	21.5031	-0.9363	-5.2057	0.0939	0.1769	1.3087	1.7088	2.2226	1.4868	-0.0084	-0.8861	-0.1016	-0.6662	-0.2677	-0.8227	1.6694	-0.2375	0.0053	1.8065	0.3038	0.8065	-34.064	45.003	-18.9263
14	1.2998	-0.5261	1.135	1.2869	1.5821	6.9043	0.0049	-0.038	0.0028	0.066	-0.0192	-0.1199	0.344	0.3502	0.0143	0.1331	-0.0365	0.0637	0.1761	0.0058	0.0779	-33.1028	34.2707	5.9568
15	12.9961	6.4678	-19.8185	3.3217	-9.977	30.3496	1.8512	1.4942	0.1491	1.3697	-0.8086	-0.1671	-4.3392	-1.6801	-1.0426	0.7741	0.4826	0.4608	3.6852	-0.1355	2.4812	-29.3047	54.4634	15.7116
16	1.4235	-1.1252	-0.7283	2.0599	1.4505	1.0397	-0.0373	0.0818	0.0976	-0.2163	0.0445	-0.033	-0.1916	0.0652	-0.0072	0.1342	-0.0471	-0.0605	0.0886	0.004	0.0434	-42.8329	41.1516	15.4995
17	4.0953	5.4543	9.2679	7.3	12.3998	21.0653	-0.2889	-0.2365	0.3496	-0.2943	-0.5296	0.5034	-0.4668	-0.795	0.8185	0.6308	-0.0161	0.0586	0.9184	-0.0006	0.6763	-61.5585	39.5605	7.7603
18	1.3818	0.6326	0.3519	1.367	0.346	1.0217	-0.0435	-0.0144	0.2391	-0.0676	-0.0828	0.1969	-0.0487	-0.1122	0.1262	0.0463	0.0409	-0.0737	0.0493	-0.0536	0.154	-61.2052	51.9675	38.0696
19	1.3473	-0.471	1.0084	2.9616	1.4459	3.554	-0.2971	-0.2458	0.6566	-0.2125	-0.0989	0.3014	-0.2465	-0.1294	0.396	0.1209	0.0973	-0.2399	0.0831	-0.1853	0.5547	-61.5461	72.1111	42.4462
20	1.3065	0.9897	0.7805	1.1047	0.1436	1.0342	-0.0653	-0.1021	0.3294	-0.0531	-0.0391	0.3363	-0.0381	-0.1234	0.1045	0.0299	0.0285	-0.0794	0.059	-0.0669	0.2521	-65.5556	54.3574	37.3566

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	48 - 170
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	171 - 233
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	234 - 264
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	265 - 367
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	368 - 384
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	385 - 462
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	463 - 547
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	548 - 662
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	663 - 723
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	724 - 822
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	51 - 89
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	90 - 170
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	171 - 183
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	184 - 233
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	234 - 265
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	266 - 367
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	368 - 383
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	384 - 661
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	662 - 723
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	724 - 822

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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