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- PDB-4fwe: Native structure of LSD2 /AOF1/KDM1b in spacegroup of C2221 at 2.13A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fwe
タイトルNative structure of LSD2 /AOF1/KDM1b in spacegroup of C2221 at 2.13A
要素Lysine-specific histone demethylase 1B
キーワードOXIDOREDUCTASE / lsd2 / fad / histone demethylase / C4H2C2 / CW / epigenetic
機能・相同性
機能・相同性情報


epigenetic programing of female pronucleus / genomic imprinting / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / histone demethylase activity / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / FAD binding / HDMs demethylate histones / UCH proteinases ...epigenetic programing of female pronucleus / genomic imprinting / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / histone demethylase activity / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / FAD binding / HDMs demethylate histones / UCH proteinases / nucleosome / flavin adenine dinucleotide binding / histone binding / oxidoreductase activity / chromatin binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / CITRATE ANION / Lysine-specific histone demethylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Zhang, Q. / Chen, Z.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2013
タイトル: Structure-function analysis reveals a novel mechanism for regulation of histone demethylase LSD2/AOF1/KDM1b
著者: Zhang, Q. / Qi, S. / Xu, M. / Yu, L. / Tao, Y. / Deng, Z. / Wu, W. / Li, J. / Chen, Z. / Wong, J.
履歴
登録2012年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific histone demethylase 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5126
ポリマ－89,3411
非ポリマー1,1715
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Lysine-specific histone demethylase 1B
ヘテロ分子

A: Lysine-specific histone demethylase 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,02412
ポリマ－178,6822
非ポリマー2,34210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area2230 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area61830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.691, 96.273, 182.797
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Lysine-specific histone demethylase 1B / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 1 / Lysine-specific histone demethylase 2


分子量: 89340.977 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-822 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LSD2 / プラスミド: pet-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8NB78, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.68 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 21% PEG3350, 200mM diammonium citrate, pH 7, EVAPORATION, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 0.97943 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97943 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→50 Å / Num. all: 47400 / Num. obs: 44518 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 10.2 %
反射 シェル解像度: 2.13→2.17 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.889 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1987 / Rsym value: 0.663 / % possible all: 85.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FWJ

4fwj


解像度: 2.13→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 6.254 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 3 / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24556 2114 4.8 %RANDOM
Rwork0.20283 ---
all0.20486 47400 --
obs0.20486 41665 93.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.419 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.47 Å20 Å20 Å2
2--1.24 Å20 Å2
3----2.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5845 0 69 236 6150
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.026068
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3591.9658250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.815749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.08723.923260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.57315981
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8051531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.13→2.185 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 124 -
Rwork0.303 2729 -
obs--86.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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