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- PDB-4fw8: Crystal structure of FABG4 complexed with Coenzyme NADH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fw8
タイトルCrystal structure of FABG4 complexed with Coenzyme NADH
要素3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / short-chain dehydrogenase/reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / short-chain fatty acid metabolic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / peptidoglycan-based cell wall / response to antibiotic / nucleotide binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-ZPG / 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Dutta, D. / Bhattacharyya, S. / Das, A.K.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of hexanoyl-CoA bound to beta-ketoacyl reductase FabG4 of Mycobacterium tuberculosis
著者: Dutta, D. / Bhattacharyya, S. / Roychowdhury, A. / Biswas, R. / Das, A.K.
履歴
登録2012年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references
改定 1.22014年3月12日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
B: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
C: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
D: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,5989
ポリマ－187,5124
非ポリマー3,0865
水3,891216
1
A: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
B: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5115
ポリマ－93,7562
非ポリマー1,7553
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8610 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area29870 Å2
手法PISA
2
C: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
D: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0874
ポリマ－93,7562
非ポリマー1,3312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7580 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area29100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.333, 71.304, 93.293
Angle α, β, γ (deg.)104.990, 97.080, 93.660
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase / Ketoreductase / PROBABLE 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] REDUCTASE FABG4 (3-KETOACYL-ACYL CARRIER ...Ketoreductase / PROBABLE 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] REDUCTASE FABG4 (3-KETOACYL-ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE)


分子量: 46878.008 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O53665, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 化合物 ChemComp-ZPG / (2S,5R,8R,11S,14S,17S,21R)-5,8,11,14,17-PENTAMETHYL-4,7,10,13,16,19-HEXAOXADOCOSANE-2,21-DIOL


分子量: 424.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H44O8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES PH 6.5, 47% (v/v) POLYPROPYLENE GLYCOL P400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年12月10日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.786→89.166 Å / Num. all: 37439 / Num. obs: 37439 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.79-2.943.80.5840.5031.51919450510.2950.5840.503389.1
2.94-3.1240.3920.342.32080152220.1970.3920.344.496.4
3.12-3.3340.2810.2433.21946248950.1410.2810.2435.897
3.33-3.640.1710.1485.21820245750.0860.1710.1489.197.3
3.6-3.9440.1270.10971691242560.0630.1270.10911.897.8
3.94-4.4140.090.0789.81514738130.0450.090.07815.698
4.41-5.0940.0750.06511.71346933950.0380.0750.06518.398.5
5.09-6.2340.0830.07210.51142128910.0420.0830.07216.598.9
6.23-8.813.90.0590.05113.7872922250.030.0590.05122.299.3
8.81-19.8583.90.0380.03219.3432011160.0190.0380.03231.990.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
StructureStudioデータ収集
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.79→19.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / WRfactor Rfree: 0.2093 / WRfactor Rwork: 0.142 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8409 / SU B: 34.677 / SU ML: 0.305 / SU R Cruickshank DPI: 0.3052 / SU Rfree: 0.4043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.404 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2378 1889 5 %RANDOM
Rwork0.1618 ---
obs0.1656 37439 96.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.53 Å2 / Biso mean: 40.963 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.73 Å2-0.97 Å2-2.66 Å2
2--1.21 Å20.33 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12057 0 189 216 12462
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02212435
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5651.99216938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.43651665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.84823.878459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.446151860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4561591
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.22023
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219323
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5221.58251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1213066
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.58334184
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7454.53872
LS精密化 シェル解像度: 2.786→2.859 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 117 -
Rwork0.283 2248 -
all-2365 -
obs--82.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.57020.05180.03610.53910.05841.05840.014-0.119-0.00250.02370.0245-0.01010.0653-0.204-0.03850.0304-0.01250.01660.09050.02670.07631.6399-0.16821.0727
20.57610.0115-0.24630.61660.12151.098-0.00710.04680.0747-0.01020.0258-0.047-0.18360.2513-0.01870.0631-0.05440.00760.08770.01590.066625.278216.4538-12.7687
31.2952-0.09370.6861.00590.09550.94770.0050.08080.07240.05190.0521-0.1256-0.0020.0274-0.05710.02730.02670.01350.05710.00140.0522-16.0348-25.532830.4816
41.23350.04980.59790.87210.21480.73840.133-0.0497-0.19430.2530.0269-0.06850.3163-0.1074-0.15990.2684-0.0102-0.10210.03330.0040.0584-20.9897-55.310342.217
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 454
2X-RAY DIFFRACTION2B20 - 454
3X-RAY DIFFRACTION3C29 - 454
4X-RAY DIFFRACTION4D29 - 454

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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