PDB-4fw2: Crystal structure of RSV three-domain integrase with disordered N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fw2

タイトル

Crystal structure of RSV three-domain integrase with disordered N-terminal domain

要素

Integrase

インテグラーゼ

キーワード

DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ /

リボヌクレアーゼH / DNA integration /

逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency /

RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity /

転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid ...
類似検索 - 分子機能

Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Retroviral Gag polyprotein, M / Retroviral M domain / gag protein p24 N-terminal domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Rous sarcoma virus (ラウス肉腫ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Shi, K. / Aihara, H.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: A possible role for the asymmetric C-terminal domain dimer of Rous sarcoma virus integrase in viral DNA binding.
著者: Shi, K. / Pandey, K.K. / Bera, S. / Vora, A.C. / Grandgenett, D.P. / Aihara, H.

履歴

登録	2012年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fw2.cif.gz	185.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fw2.ent.gz	150.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fw2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/4fw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/4fw2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4fw1C C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Integrase

B: Integrase

59.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	176.400, 56.168, 65.276
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.86, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Integrase / インテグラーゼ / IN / pp32 / RSV integrase 分子量: 29932.424 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1281-1550 / 変異: C23S, R166K, F199K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rous sarcoma virus (ラウス肉腫ウイルス) 株: Prague C / 遺伝子: gag-pro-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03354
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% ethanol, 100 mM imidazole-HCl, and 5% PEG4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 96 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月8日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 18558 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.058
反射シェル	解像度: 2.65→2.7 Å / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→35.846 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2439	1855	10 %	Random
R_work	0.1741	-	-	-
all	0.1812	-	-	-
obs	0.1741	17623	99.32 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.851 Å² / k_sol: 0.336 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.1246 Å²	0 Å²	3.2711 Å²
2-	-	-9.7914 Å²	0 Å²
3-	-	-	15.916 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→35.846 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3303	0	0	99	3402

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3383
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.128	4588
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.724	1249
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	510
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	571

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.7205	0.3495	136	0.2744	1223	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7205-2.8005	0.3423	140	0.2436	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8005-2.8908	0.309	141	0.2082	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8908-2.9941	0.2894	142	0.1971	1292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9941-3.1139	0.2629	144	0.1816	1289	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1139-3.2556	0.2605	141	0.1798	1264	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2556-3.4271	0.2417	144	0.1739	1302	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4271-3.6416	0.2556	142	0.1688	1281	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6416-3.9224	0.2356	143	0.1689	1292	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9224-4.3166	0.2203	144	0.151	1292	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3166-4.9398	0.2149	143	0.1342	1280	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9398-6.2183	0.2621	146	0.1772	1316	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2183-35.846	0.1885	149	0.1724	1336	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3587	-1.1279	2.5966	1.7713	1.2926	7.314	0.0449	-0.6661	-0.6506	0.5445	0.5316	-0.1594	0.8705	0.9523	-0.3379	0.5332	0.1286	-0.0344	0.3507	0.0308	0.1856	43.9814	-8.3107	9.4444
2	2.4005	1.69	1.0649	7.9288	2.0612	2.404	0.1055	0.302	-0.2789	0.3627	0.0939	0.6662	0.3205	0.0448	-0.0708	0.1202	0.0132	0.0054	0.2079	-0.0064	0.2937	37.5136	-23.9972	-0.0403
3	2.7776	-0.2278	-1.1936	4.9498	1.0216	4.4767	-0.096	-0.0468	-0.0227	-0.3775	0.3714	-0.1243	0.0706	-0.1663	-0.3634	0.1391	-0.0383	-0.0166	0.1705	-0.01	0.1415	36.4457	-18.6401	-5.1571
4	5.3331	2.3487	6.3348	5.1206	3.5055	8.3646	-0.347	0.2535	1.0503	-0.574	0.0252	0.2438	-0.5578	0.4388	0.558	0.2708	-0.0044	0.0469	0.1492	-0.0095	0.2447	37.7788	-6.9788	0.0335
5	0.769	-0.9708	-0.223	6.7466	5.9796	5.9451	0.5315	0.1754	-0.4093	-0.0699	0.3188	-0.9527	0.6124	0.6966	-0.4353	0.3285	0.0169	0.0304	0.2304	-0.118	0.5892	48.387	-19.4783	-3.8516
6	2.3927	-3.4314	1.88	5.2292	-4.2849	9.673	0.7142	0.2892	0.8937	-0.3735	0.1038	-0.9485	-0.7176	1.1617	-0.5083	0.5845	-0.2191	0.1615	0.6413	-0.0798	0.3384	48.9628	-14.9414	-12.7087
7	5.1809	1.9282	5.0706	5.2968	1.1689	5.0763	0.1732	0.6976	0.4297	-1.3392	0.6231	0.1209	-0.6445	0.3232	-0.5958	0.3208	-0.0095	0.1425	0.2296	0.0973	0.3327	43.2206	-7.8868	-10.7172
8	4.8092	-0.5464	-2.8956	3.0489	2.0085	3.7248	0.2389	-0.6628	-0.5874	0.2048	0.0234	-0.4307	0.5615	0.6533	-0.0448	0.3255	-0.0004	0.0531	0.2717	-0.0413	0.263	49.8756	-12.5926	-1.9605
9	4.0153	2.4819	-1.1673	2.5259	0.7619	2.5629	0.5647	-0.538	-0.8596	1.3778	-0.1751	-0.4058	0.3091	0.2373	-0.1658	0.3625	0.0427	-0.0116	0.2485	0.11	0.3911	37.9943	-25.5271	9.0016
10	2.9352	0.7717	-3.9798	3.828	2.8321	9.7631	0.3217	-0.2763	-0.8055	0.9375	0.1894	0.1988	1.2593	-0.5129	-0.3594	0.4845	0.0321	-0.1058	0.3675	0.2204	0.5491	26.3359	-33.3559	8.0705
11	3.4311	2.2084	-3.0287	8.4071	-3.936	4.8137	-0.078	0.3589	-0.5432	0.9746	-0.3985	0.5942	0.4271	-0.3962	0.3881	0.4563	-0.1635	0.0043	0.5037	0.1486	1.1957	23.8721	-38.2236	2.2116
12	1.2787	2.2298	2.7021	3.9995	4.4199	6.4879	0.2146	-0.0127	-0.6991	0.0244	-0.2266	1.5267	0.3321	-1.0456	0.0178	0.2842	-0.0608	-0.1089	0.3646	0.0345	0.7616	23.3203	-28.6354	-0.7037
13	3.8998	-2.3956	3.9745	8.7219	-1.1108	4.2935	0.1116	-0.887	0.2135	0.8106	0.7837	0.7027	-0.1484	-0.7559	-0.6799	0.2961	0.0192	0.0675	0.3708	0.0929	0.3989	27.5313	-18.1985	11.0152
14	5.2138	3.2784	1.4382	5.1039	4.673	5.0647	0.155	-1.584	-0.7263	2.4295	0.2409	-0.6837	0.7522	0.8225	-0.4054	0.9399	0.1054	0.0783	0.7328	-0.0189	0.3794	31.4385	-14.1525	18.6052
15	3.0674	-1.1416	2.0701	3.1592	0.8513	5.7038	-0.2478	0.094	0.0799	0.9822	0.1569	0.5073	-0.4362	-0.0994	0.1437	0.3351	0.0479	0.0825	0.3834	0.0536	0.1504	34.2022	-4.9578	13.4542
16	4.7228	-0.7635	4.3375	4.0345	-1.3814	6.24	-0.0196	0.5392	0.5826	-0.089	-0.6534	-0.7692	-0.1449	0.6892	0.7957	0.7168	-0.0383	-0.2361	0.2191	0.1041	0.3671	50.202	-2.6191	26.7674
17	6.1649	-4.7246	0.9605	5.1646	-1.9695	2.4476	0.0409	0.1564	-0.8182	0.4446	0.1581	-1.3917	0.352	1.5575	-0.2059	0.5124	-0.0106	-0.3464	0.9411	0.1603	1.4287	61.1271	-12.5154	27.7005
18	7.9251	1.7378	-1.3007	7.5205	-2.9777	4.0328	-0.1398	-0.0611	-0.607	0.1717	-0.1365	-1.1067	0.2996	0.0878	0.0208	0.4688	0.0656	0.0282	0.2022	-0.036	0.2641	49.3359	-9.7072	22.785
19	6.263	4.9617	-2.2853	8.6278	-1.3826	8.3048	-0.1033	-0.1686	1.1765	0.3177	0.0518	-1.1069	-1.7346	0.8748	0.1259	0.7594	-0.0701	0.0749	0.2861	-0.039	1.0815	56.2337	-0.7169	18.8755
20	4.7846	0.9852	-1.5725	4.2903	0.9631	4.6183	0.0043	-0.5777	-0.6885	0.483	-0.1818	-1.2973	1.0668	-0.2502	0.0474	0.5763	0.0064	-0.0792	0.252	0.0594	0.4083	52.2782	-11.3772	24.5154
21	3.6748	3.1491	2.7288	2.9496	3.0011	3.7663	-0.0322	-0.6518	0.5676	-0.1375	-0.2609	1.1301	-0.6517	-1.0263	0.3721	0.3155	0.2743	0.1334	0.6429	0.1257	0.8379	13.0455	-6.4498	5.3846
22	0.4748	0.6267	0.1104	0.8991	0.6223	2.9136	0.4835	0.7903	-0.3804	-0.5897	0.0429	0.3976	0.2957	-0.4706	-0.0457	0.4726	0.2028	-0.4117	0.5505	-0.029	0.6948	18.0684	-15.2882	-16.1816
23	2.3705	0.14	0.4178	0.7737	0.3063	1.9199	0.0871	-0.3203	0.2594	0.067	0.2371	0.1349	-0.0861	-0.2658	-0.2618	0.0879	0.0664	-0.0048	0.3385	0.0934	0.6519	18.3553	-10.449	-4.8224
24	2.4574	4.3728	-4.8243	8.6841	-8.4494	2.0001	-0.319	0.2012	-0.767	-0.5397	0.0148	0.0611	0.9431	-0.7618	0.4366	0.4591	-0.0042	-0.2407	0.5465	0.0147	1.2403	14.1924	-24.4239	-11.1356
25	4.0601	5.0633	5.0383	7.1475	5.5879	6.8297	-0.3627	-0.1866	-0.5208	0.3748	0.1139	1.5131	0.3102	-0.6077	0.2558	0.2431	0.0268	0.0078	0.3996	0.1635	0.753	18.6295	-17.5034	0.8226
26	6.4107	-1.4006	5.3833	1.8471	-0.244	7.1889	0.1295	0.0797	-0.3895	-0.0361	-0.2163	0.9177	-0.0418	-1.2469	0.0401	0.2947	0.0844	0.1341	0.7858	0.1208	1.1975	7.5689	-13.0328	0.3948
27	0.0232	-0.1185	-0.0968	0.6046	0.4903	0.4743	0.0074	-0.4883	0.0585	-0.0858	-0.0553	0.6634	0.1307	-1.1516	-0.021	0.3762	-0.1241	-0.2041	1.1601	0.0766	1.5507	5.7294	-23.5809	-3.6954
28	3.1251	0.3319	-1.3317	1.6594	0.0896	1.651	-0.2061	-0.5231	-0.6745	0.0552	0.1052	0.368	0.1522	-0.6807	-0.1663	0.0818	0.0521	-0.0164	0.6223	0.2457	0.8544	10.3415	-13.2344	-1.8779
29	4.884	2.8965	-2.4643	8.8083	-0.0917	5.434	-0.1219	1.0982	0.663	-1.4789	-0.0541	0.6349	-0.7655	-0.5428	0.0053	0.5641	0.2289	-0.058	0.445	0.2776	0.4175	24.2685	-4.8703	-16.9698
30	1.2336	-0.957	-0.9972	5.0761	0.5732	1.6377	0.3128	0.0535	0.1113	-1.1302	0.4808	0.2419	0.0325	-0.7151	-0.681	1.2442	0.4114	0.2887	1.0045	0.3268	0.638	30.4264	-7.6947	-24.4445
31	3.2315	-2.4834	-4.6577	6.3105	1.3238	7.8824	0.0916	0.4167	-0.1356	-0.4964	-0.3087	-0.1756	-0.2371	-0.0359	0.0039	0.5147	0.0982	-0.0207	0.3049	-0.0499	0.7219	29.9577	-16.4917	-19.4974
32	3.9098	0.3279	3.1727	2.8545	3.2872	5.9238	0.0155	0.539	0.29	-0.0028	-0.0479	0.0974	0.0732	0.2571	-0.0598	0.3082	0.0436	0.0604	0.2735	0.0659	0.1726	29.028	-7.1145	-7.9728
33	4.2974	-4.8018	-0.3351	5.373	0.4107	0.2039	-0.0929	0.1665	0.9117	0.5698	0.1224	-0.0965	0.2121	-0.0298	-0.0118	1.0361	-0.1301	-0.1667	0.3705	0.2514	0.9409	25.5017	5.9099	-4.8793
34	5.8165	3.052	-1.9064	1.7534	-0.2258	4.5691	0.4832	-0.274	0.6553	-0.0295	0.1296	0.2462	-1.2614	-0.3602	-0.5316	0.3401	0.0851	0.1151	0.3812	-0.0664	0.5406	23.5845	1.3656	2.7628
35	5.1175	5.0327	3.3391	7.334	5.3973	5.428	-0.1495	-0.75	0.4137	0.434	0.2047	0.9837	-0.9026	-0.3784	-0.077	0.3819	0.1362	0.1474	0.2923	0.0542	0.4299	30.1487	-0.5067	12.0003
36	7.3391	-0.0545	-0.7295	3.9892	-1.4942	7.1716	-0.2951	-0.2821	0.0388	0.2124	-0.3476	0.42	0.6391	-1.1087	0.5207	0.8617	0.0156	0.1501	0.4	-0.061	0.4631	33.268	-2.0148	33.5197
37	3.6305	2.0639	3.5015	4.2836	-1.2461	9.2024	-0.0629	-1.0284	0.245	0.581	0.0399	-0.4042	-0.3311	-0.7843	-0.0968	0.8998	0.0358	0.2537	0.5271	-0.0692	0.5874	32.654	0.1529	42.2339
38	3.368	1.0504	-1.3977	3.5065	0.8279	3.1805	-0.4579	-0.3773	-0.58	0.162	-0.215	-0.1929	0.5485	0.087	0.4141	0.7095	0.0035	0.1825	0.264	0.0399	0.2648	40.4213	-6.0544	30.4942
39	5.0289	-5.2841	3.06	8.5657	-0.3289	6.5065	0.3204	0.2193	1.6055	-0.2851	-0.2618	-0.35	-1.1932	0.03	-0.1981	1.05	0.0611	0.1803	0.3604	0.0169	0.7132	38.0639	6.7952	30.1875
40	3.671	1.9347	-2.8511	3.7786	-0.1301	4.6979	-0.1161	-0.5189	-0.6634	0.4408	-0.6651	0.19	0.3302	-0.1089	0.5256	0.8427	0.0177	0.1564	0.264	0.0232	0.3199	37.5453	-5.6613	35.519

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 52:59)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 60:84)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 85:109)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 110:117)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 118:126)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 127:132)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 133:139)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 140:145)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 154:166)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 167:173)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 174:179)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 180:192)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 193:201)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 202:208)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 209:219)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 220:225)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 226:234)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 235:248)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 249:256)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 257:269)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 54:62)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 63:76)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 77:93)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 94:100)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 101:114)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 115:122)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 123:132)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 133:162)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 163:171)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 172:178)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 179:186)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 187:198)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 199:203)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 204:212)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 213:219)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 220:228)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 229:236)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 237:249)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 250:256)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 257:268)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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