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- PDB-4fvf: SPFH domain of mouse stomatin (Crystal form 1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fvf
タイトルSPFH domain of mouse stomatin (Crystal form 1)
要素Stomatin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / mixed alpha-beta / scaffolding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of viral process / RHOH GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / positive regulation by host of viral genome replication / RHOA GTPase cycle / Stimuli-sensing channels / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / RNA polymerase binding ...positive regulation of viral process / RHOH GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / positive regulation by host of viral genome replication / RHOA GTPase cycle / Stimuli-sensing channels / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / RNA polymerase binding / ion channel inhibitor activity / positive regulation of protein targeting to membrane / Neutrophil degranulation / melanosome / cytoskeleton / membrane raft / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Band 7 domain / Band-7 stomatin-like / Band 7/stomatin-like, conserved site / Band 7 protein family signature. / Stomatin/HflK/HflC family / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues / Tetrahydropterin Synthase; Chain A / Band 7/SPFH domain superfamily ...Band 7 domain / Band-7 stomatin-like / Band 7/stomatin-like, conserved site / Band 7 protein family signature. / Stomatin/HflK/HflC family / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues / Tetrahydropterin Synthase; Chain A / Band 7/SPFH domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Stomatin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Brand, J. / Schwefel, D. / Daumke, O.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: A stomatin dimer modulates the activity of acid-sensing ion channels.
著者: Brand, J. / Smith, E.S. / Schwefel, D. / Lapatsina, L. / Poole, K. / Omerbasic, D. / Kozlenkov, A. / Behlke, J. / Lewin, G.R. / Daumke, O.
履歴
登録2012年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stomatin
B: Stomatin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,73816
ポリマ－28,2182
非ポリマー1,52014
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area13030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.500, 55.500, 343.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Stomatin / Protein 7.2b / Erythrocyte band 7 integral membrane protein


分子量: 14108.921 Da / 分子数: 2 / 変異: C86S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Epb7.2, Epb72, Stom / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 Rosetta / 参照: UniProt: P54116
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1 M sodium acetate, 0.05 M cadmium sulfate, 0.1 M HEPES , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年11月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→57.26 Å / Num. all: 12433 / Num. obs: 12351 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 55.254 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 22.67
反射 シェル解像度: 2.46→2.61 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 1.851 / Mean I/σ(I) obs: 4.12 / Num. unique all: 1932 / Rsym value: 0.626 / % possible all: 0.958

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0086精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2RPB

2rpb


解像度: 2.46→57.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 14.083 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.369 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26849 597 4.8 %RANDOM
Rwork0.21745 ---
all0.21975 11820 --
obs0.21975 11753 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.483 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.96 Å20.48 Å20 Å2
2--0.96 Å20 Å2
3----1.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→57.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1800 0 17 77 1894
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0221830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9541.9652491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1865232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.60125.55681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.53815333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8461512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0211334
LS精密化 シェル解像度: 2.462→2.526 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 37 -
Rwork0.309 808 -
obs--92.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6711-0.12184.5561.8161-0.26975.6227-0.18290.2540.0424-0.0320.1179-0.1696-0.2523-0.05320.0650.06060.01460.04010.10520.01350.052717.53687.789318.5928
25.5094-0.7987-4.23361.67930.50074.9149-0.26030.1253-0.1541-0.02910.04620.25180.32990.0080.21410.06030.0121-0.00950.0964-0.00050.067948.9671-11.300416.6221
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A88 - 202
2X-RAY DIFFRACTION2B89 - 205

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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