[日本語] English
万見
- PDB-4ftw: Crystal structure of a carboxyl esterase N110C/L145H at 2.3 angst... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ftw
タイトルCrystal structure of a carboxyl esterase N110C/L145H at 2.3 angstrom resolution
要素Phospholipase/Carboxylesterase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase superfamily / esterase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Phospholipase/carboxylesterase/thioesterase / Phospholipase/Carboxylesterase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3CM / Phospholipase/Carboxylesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wu, L. / Ma, J. / Zhou, J. / Yu, H.
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2013
タイトル: Enhanced enantioselectivity of a carboxyl esterase from Rhodobacter sphaeroides by directed evolution.
著者: Ma, J. / Wu, L. / Guo, F. / Gu, J. / Tang, X. / Jiang, L. / Liu, J. / Zhou, J. / Yu, H.
履歴
登録2012年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phospholipase/Carboxylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7475
ポリマ－29,9201
非ポリマー8274
水39622
1
A: Phospholipase/Carboxylesterase
ヘテロ分子

A: Phospholipase/Carboxylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,49410
ポリマ－59,8402
非ポリマー1,6558
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area17390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.382, 112.382, 47.569
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Phospholipase/Carboxylesterase


分子量: 29919.902 Da / 分子数: 1 / 変異: N110C/L145H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 遺伝子: CGMCC1.1737, RHOS4_13150, RSP_2728 / プラスミド: pET-30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3J2V1, carboxylesterase
#3: 糖 ChemComp-3CM / 3-CYCLOHEXYLPROPYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / CYMAL-3


タイプ: D-saccharide / 分子量: 466.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C21H38O11

-
非ポリマー , 4種, 25分子

#2: 化合物 ChemComp-PIN / PIPERAZINE-N,N'-BIS(2-ETHANESULFONIC ACID) / PIPES / 1,4-PIPERAZINEDIETHANESULFONIC ACID / PIPES


分子量: 302.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O6S2 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.3M Na-tartrate, 34.5mM CYMAL-3, 0.1M pipes , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 15208 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 20.538
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Diffraction-ID% possible all
2.3-2.3810.31100
2.38-2.4810.31100
2.48-2.5910.31100
2.59-2.7310.31100
2.73-2.910.31100
2.9-3.1210.31100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASERMR位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FHZ

4fhz


解像度: 2.3→48.663 Å / SU ML: 0.35 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2991 757 4.98 %RANDOM
Rwork0.2389 ---
obs0.2416 15208 97.36 %-
all-15175 --
溶媒の処理減衰半径: 0.49 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 72.139 Å2 / ksol: 0.387 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.891 Å2-0 Å20 Å2
2---7.891 Å2-0 Å2
3---15.7821 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.663 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1611 0 52 22 1685
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071699
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2192314
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.158672
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077255
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004302
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.47680.3261660.28512892X-RAY DIFFRACTION100
2.4768-2.72610.32591510.26662947X-RAY DIFFRACTION100
2.7261-3.12050.29261730.25062936X-RAY DIFFRACTION100
3.1205-3.93120.32251460.22112930X-RAY DIFFRACTION98
3.9312-48.67370.27841210.23672746X-RAY DIFFRACTION89

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る