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- PDB-4ftm: Crystal Structure of the CHK1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ftm
タイトルCrystal Structure of the CHK1
要素Serine/threonine-protein kinase Chk1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic centrosome separation / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nucleus organization ...negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic centrosome separation / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nucleus organization / negative regulation of gene expression, epigenetic / cellular response to caffeine / Transcriptional Regulation by E2F6 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / replicative senescence / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of cell cycle / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Activation of ATR in response to replication stress / regulation of signal transduction by p53 class mediator / DNA damage checkpoint signaling / condensed nuclear chromosome / replication fork / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / peptidyl-threonine phosphorylation / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Signaling by SCF-KIT / G2/M DNA damage checkpoint / cellular response to mechanical stimulus / G2/M transition of mitotic cell cycle / regulation of cell population proliferation / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA replication / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / chromatin remodeling / protein phosphorylation / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / DNA damage response / chromatin / apoptotic process / protein-containing complex / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Checkpoint kinase 1, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Checkpoint kinase 1, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1HK / ISOPROPYL ALCOHOL / Serine/threonine-protein kinase Chk1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kang, Y.N. / Stuckey, J.A. / Chang, P. / Russell, A.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the CHK1
著者: Kang, Y.N. / Stuckey, J.A. / Chang, P. / Russell, A.J.
履歴
登録2012年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase Chk1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8617
ポリマ－32,1541
非ポリマー7076
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.022, 65.957, 58.139
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase Chk1 / CHK1 checkpoint homolog / Cell cycle checkpoint kinase / Checkpoint kinase-1


分子量: 32154.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: human / 遺伝子: CHEK1, CHK1 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
参照: UniProt: O14757, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 177分子

#2: 化合物 ChemComp-1HK / 4-[2-(2,4-dihydroindeno[1,2-c]pyrazol-3-yl)ethyl]-2-methoxyphenol


分子量: 306.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18N2O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, Isopropanol, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Osmic Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 26878 / Num. obs: 26744 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.116 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.970.34226681.017199.8
1.97-2.050.23326761.092199.9
2.05-2.140.17526771.064199.7
2.14-2.250.13926641.043199.9
2.25-2.390.10226561.239199.8
2.39-2.580.08726881.195199.9
2.58-2.840.06526811.2191100
2.84-3.250.04826811.136199.9
3.25-4.090.03826941.08199.6
4.09-500.03526591.068196.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BUSTER2.11.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→44.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9538 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9454 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2009 1341 5.02 %RANDOM
Rwork0.1719 ---
obs0.1734 26706 99.49 %-
原子変位パラメータBiso max: 131.7 Å2 / Biso mean: 34.1321 Å2 / Biso min: 11.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.7935 Å20 Å2-0.7915 Å2
2---1.836 Å20 Å2
3----1.9576 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.207 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2078 0 48 171 2297
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1044SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes54HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes367HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2257HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion284SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2651SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2257HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3092HARMONIC20.93
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.35
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.66
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 153 5.1 %
Rwork0.1972 2847 -
all0.1996 3000 -
obs--99.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0366-0.4415-0.25610.06160.7970.78530.00320.0011-0.01020.0397-0.0025-0.00110.0195-0.0139-0.00070.0486-0.00690.0170.03880.0393-0.08511.1068-4.4882-4.3505
20.26340.0707-0.28140.00130.69750.81920.01950.0342-0.03440.0249-0.0096-0.01520.0126-0.0229-0.00990.1156-0.0451-0.00610.0853-0.0339-0.197411.836-4.04840.0068
30.39260.72241.28630.41231.14360.20750.00480.10660.038-0.0656-0.04580.03460.0552-0.11450.041-0.0424-0.0463-0.07990.0960.0361-0.08494.0650.898513.6172
40.01760.01320.07360.02240.03790.10190.0006-0.0001-0.0031-0.0007-0.00090.0005-0.0008-0.00240.00040.0243-0.0336-0.02750.0138-0.02430.0031-0.1903-12.00213.5922
5-0.19110.09881.15831.01140.85640.7026-0.01130.0943-0.0574-0.17610.0192-0.11270.0626-0.0598-0.00790.0068-0.00770.05660.0471-0.0381-0.103718.1559-2.556711.4779
63.39910.0089-0.57022.5090.20141.3757-0.03230.1605-0.0323-0.26120.0394-0.0617-0.04190.0108-0.007-0.01620.01450.0006-0.04460.0111-0.026817.97913.572823.5216
70.4886-1.0436-0.24410.44590.20650.56090.0230.1515-0.034-0.1443-0.09360.0843-0.03610.02170.07070.0256-0.0335-0.00960.0298-0.0009-0.066914.85621.96815.4845
80.77370.02440.400900.11660.10720.00360.005-0.00320.0111-0.00840.0016-0.01250.00020.0048-0.13480.0272-0.0172-0.0462-0.0320.1898-4.90425.089929.9544
91.88910.65250.80620.3431-0.0590.2197-0.0038-0.0517-0.01510.0441-0.03930.08760.1259-0.13940.0431-0.0246-0.01020.0252-0.02860.00830.04927.4321-6.498232.9856
100.03530.1183-0.14570.0464-0.39170.2093-0.0005-0.0044-0.00260.01050.0010.00340.0054-0.002-0.0006-0.0178-0.04130.03050.00770.07330.03294.4294-8.33841.7088
111.44061.1461-0.29851.6042-0.27531.08390.009-0.0838-0.15070.0333-0.0435-0.11250.1114-0.05120.0344-0.03380.0144-0.0119-0.06610.01530.024518.5602-2.864432.5897
120.0548-0.60070.97870.1818-0.7830.63330.0079-0.0516-0.04770.0347-0.0281-0.00870.04860.02790.0201-0.03250.0363-0.0650.05380.10210.007325.1816-6.702143.4782
131.94761.424-0.88422.1442-1.34294.19550.0311-0.2510.0380.2799-0.0968-0.1325-0.09920.20120.0657-0.0616-0.0148-0.021-0.0344-0.0114-0.019522.6533.94337.6604
140.05760.0351-0.35690.5165-0.52230.10090.0065-0.01220.02340.0196-0.01210.0138-0.0129-0.00380.0056-0.024-0.0130.0051-0.0947-0.01060.139821.911514.486233.1549
150.15750.5879-0.35740.2835-0.15090.09710.00330.0788-0.0232-0.0523-0.01130.0518-0.01390.01170.008-0.02630.00220.0207-0.06570.01660.114930.598718.6517.2384
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|3 - 16}A3 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2{A|22 - 40}A22 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3{A|51 - 73}A51 - 73
4X-RAY DIFFRACTION4{A|74 - 80}A74 - 80
5X-RAY DIFFRACTION5{A|81 - 97}A81 - 97
6X-RAY DIFFRACTION6{A|98 - 136}A98 - 136
7X-RAY DIFFRACTION7{A|137 - 153}A137 - 153
8X-RAY DIFFRACTION8{A|154 - 160}A154 - 160
9X-RAY DIFFRACTION9{A|161 - 179}A161 - 179
10X-RAY DIFFRACTION10{A|180 - 183}A180 - 183
11X-RAY DIFFRACTION11{A|184 - 212}A184 - 212
12X-RAY DIFFRACTION12{A|213 - 226}A213 - 226
13X-RAY DIFFRACTION13{A|227 - 259}A227 - 259
14X-RAY DIFFRACTION14{A|260 - 264}A260 - 264
15X-RAY DIFFRACTION15{A|265 - 280}A265 - 280

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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