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万見
- PDB-4fth: Crystal Structure of NtrC4 DNA-binding domain bound to double-str... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fth
タイトルCrystal Structure of NtrC4 DNA-binding domain bound to double-stranded DNA
要素
  • 5'-D(*AP*CP*TP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*T)-3'
  • 5'-D(P*GP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*A)-3'
  • Transcriptional regulator (NtrC family)
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / sigma-54 / transcriptional activator / DNA-binding domain / NtrC / Fis / helix-turn-helix / DNA-binding / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription activator activity / phosphorelay signal transduction system / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional regulator (NtrC family)
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.004 Å
データ登録者Vidangos, N.K. / Heideker, J. / Lyubimov, A.Y. / Lamers, M. / Huo, Y. / Pelton, J.G. / Ton, J. / Gralla, J.D. / Kuriyan, J. / Berger, J.M. / Wemmer, D.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: DNA Recognition by a sigma (54) Transcriptional Activator from Aquifex aeolicus.
著者: Vidangos, N.K. / Heideker, J. / Lyubimov, A. / Lamers, M. / Huo, Y. / Pelton, J.G. / Ton, J. / Gralla, J. / Berger, J. / Wemmer, D.E.
履歴
登録2012年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22014年11月12日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator (NtrC family)
B: Transcriptional regulator (NtrC family)
C: 5'-D(*AP*CP*TP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*T)-3'
D: 5'-D(P*GP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0794
ポリマ－30,0794
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6300 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area14190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.436, 28.798, 74.931
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator (NtrC family)


分子量: 8441.859 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 374-442) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: aq_164, ntrC4 / プラスミド: Rosetta.pLysS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66551
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*TP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*T)-3'


分子量: 6734.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: lpxC upstream DNA-binding site, forward strand
#3: DNA鎖 5'-D(P*GP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*A)-3'


分子量: 6461.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: lpxC upstream DNA-binding site, reverse strand
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 30 mM Na-cacodylate pH 6.0, 140 mM spermidine, 50 mM potassium thiocyanate, and 15% (poly)ethylene glycol mw 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月16日
放射モノクロメーター: Khozu double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→48.1 Å / Num. all: 5902 / Num. obs: 5777 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル最高解像度: 3 Å / Rmerge(I) obs: 0.063 / Mean I/σ(I) obs: 15.5 / Num. unique all: 5902 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3E7L

3e7l


解像度: 3.004→48.108 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2644 560 9.69 %RANDOM
Rwork0.2428 ---
obs0.2452 5777 95.49 %-
all-5902 --
溶媒の処理減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.071 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--32.5754 Å20 Å21.6543 Å2
2--17.6015 Å2-0 Å2
3---14.9739 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.004→48.108 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1105 861 0 1 1967
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042082
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8022968
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.252872
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003223
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0042-3.30650.36051170.32511147X-RAY DIFFRACTION85
3.3065-3.78480.26241390.26661319X-RAY DIFFRACTION98
3.7848-4.76770.2631380.23221370X-RAY DIFFRACTION100
4.7677-48.11390.24931660.22191381X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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