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万見
- PDB-4fs3: Crystal structure of Staphylococcus aureus enoyl-ACP reductase in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fs3
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus enoyl-ACP reductase in complex with NADP and AFN-1252
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH] FabI
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Rossmann Fold (ロスマンフォールド) / short chain dehydrogenase / NADPH binding (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / : / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NADP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0WD / Chem-0WE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH] FabI
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kaplan, N. / Yethon, J. / Bardouniotis, E. / Thalakada, R. / Albert, M. / Awrey, D.E. / Romanov, V. / Dorsey, M. / Ramnauth, J. / Clarke, T.E. ...Kaplan, N. / Yethon, J. / Bardouniotis, E. / Thalakada, R. / Albert, M. / Awrey, D.E. / Romanov, V. / Dorsey, M. / Ramnauth, J. / Clarke, T.E. / Schmid, M.B. / Berman, J. / Pauls, H.W.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2012
タイトル: Mode of Action, In Vitro Activity, and In Vivo Efficacy of AFN-1252, a Selective Antistaphylococcal FabI Inhibitor.
著者: Kaplan, N. / Albert, M. / Awrey, D. / Bardouniotis, E. / Berman, J. / Clarke, T. / Dorsey, M. / Hafkin, B. / Ramnauth, J. / Romanov, V. / Schmid, M.B. / Thalakada, R. / Yethon, J. / Pauls, H.W.
履歴
登録2012年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月7日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH] FabI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1483
ポリマ－28,0251
非ポリマー1,1232
水4,612256
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH] FabI
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH] FabI
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH] FabI
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH] FabI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,59112
ポリマ－112,1004
非ポリマー4,4918
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_545y+1/2,x-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation10_765-x+2,-y+1,z1
crystal symmetry operation16_665-y+3/2,-x+3/2,-z+1/21
Buried area15070 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area34030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.269, 126.269, 80.913
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-436-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH] FabI / ENR / NADPH-dependent enoyl-ACP reductase


分子量: 28024.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MRSA252 / 遺伝子: fabI, SAR0978 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6GI75, EC: 1.3.1.10
#2: 化合物 ChemComp-0WD / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(3-aminocarbonyl-4H-pyridin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-0WE / N-methyl-N-[(3-methyl-1-benzofuran-2-yl)methyl]-3-(7-oxo-5,6,7,8-tetrahydro-1,8-naphthyridin-3-yl)propanamide


分子量: 377.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23N3O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.25 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.4
詳細: 32% (w/v) PEG400, 0.1 M NaHEPES, 0.2 M calcium acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 30598 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.7 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 38.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.529 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MFP

1mfp


解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 0.001 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20328 1537 5 %RANDOM
Rwork0.17139 ---
obs0.17303 28960 99.97 %-
all-30598 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.665 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3 Å20 Å20 Å2
2---1.3 Å20 Å2
3---2.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1971 0 76 256 2303
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 98 -
Rwork0.245 2110 -
obs--99.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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