PDB-4frr: X-ray structure of Acetylcholine binding protein from Aplysia cal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4frr

タイトル

X-ray structure of Acetylcholine binding protein from Aplysia californica in presence of 3-((S)-azetidin-2-ylmethoxy)-5-((1S,2R)-2-(2-methoxyethyl)cyclopropyl)pyridine

要素

Soluble acetylcholine receptor

キーワード

ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN / nactivates released acetylcholine at cholinergic synapses / Homopentameric Acetycholine Binding Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Aplysia californica (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Mukhopadhyay, S. / Mesecar, A.D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray structure of Acetylcholine binding protein from Aplysia californica in presence of 3-((S)-azetidin-2-ylmethoxy)-5-((1S,2R)-2-(2-methoxyethyl)cyclopropyl)pyridine
著者: Mukhopadhyay, S. / Mesecar, A.D.

履歴

登録	2012年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4frr.cif.gz	871.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4frr.ent.gz	729.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4frr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/4frr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/4frr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wn9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wnl-1 5tvh-d 2wzy-1 2wnc-d 2byr-2 2wzy-2 4xk9-2 5oaj-1 5tsf-d 4wv9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Soluble acetylcholine receptor

B: Soluble acetylcholine receptor

C: Soluble acetylcholine receptor

D: Soluble acetylcholine receptor

E: Soluble acetylcholine receptor

F: Soluble acetylcholine receptor

G: Soluble acetylcholine receptor

H: Soluble acetylcholine receptor

I: Soluble acetylcholine receptor

J: Soluble acetylcholine receptor

ヘテロ分子

265 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Soluble acetylcholine receptor

B: Soluble acetylcholine receptor

C: Soluble acetylcholine receptor

D: Soluble acetylcholine receptor

E: Soluble acetylcholine receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
133 kDa, 5 ポリマー
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2

F: Soluble acetylcholine receptor

G: Soluble acetylcholine receptor

H: Soluble acetylcholine receptor

I: Soluble acetylcholine receptor

J: Soluble acetylcholine receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.270, 139.735, 146.399
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Soluble acetylcholine receptor 分子量: 26122.256 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 18-225 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aplysia californica (無脊椎動物) プラスミド: pFLAG-CMV-3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WSF8
#2: 化合物	ChemComp-0VC / 3-[(2S)-azetidin-2-ylmethoxy]-5-[(1S,2R)-2-(2-methoxyethyl)cyclopropyl]pyridine 分子量: 262.347 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₂O₂
#3: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 822 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris HCl,7.5, 15% PEG 4000 and 0.2M MgCl2 . , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月12日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→200 Å / Num. obs: 142663 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Χ²: 1.103 / Net I/σ(I): 7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.2-2.24	6.7	0.849	6953	0.827	1	98.7
2.24-2.28	6.9	0.788	7034	0.826	1	99.4
2.28-2.32	7	0.682	7094	0.835	1	99.8
2.32-2.37	7.1	0.603	7034	0.846	1	99.7
2.37-2.42	7.1	0.518	7062	0.868	1	99.9
2.42-2.48	7.1	0.468	7070	0.875	1	99.9
2.48-2.54	7.2	0.418	7079	0.891	1	99.9
2.54-2.61	7.2	0.349	7087	0.901	1	99.9
2.61-2.69	7.2	0.286	7125	0.921	1	100
2.69-2.77	7.3	0.242	7069	0.965	1	99.9
2.77-2.87	7.3	0.201	7105	1.073	1	100
2.87-2.99	7.3	0.163	7131	1.182	1	100
2.99-3.12	7.4	0.134	7130	1.233	1	100
3.12-3.29	7.4	0.097	7106	1.184	1	100
3.29-3.49	7.5	0.076	7184	1.186	1	100
3.49-3.76	7.6	0.066	7146	1.338	1	100
3.76-4.14	7.5	0.064	7202	1.961	1	100
4.14-4.74	7.5	0.046	7216	1.665	1	100
4.74-5.97	7.5	0.037	7312	1.187	1	100
5.97-200	7.1	0.031	7524	1.101	1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WN9

2wn9

解像度: 2.2→101.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 11.434 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2462	7147	5 %	RANDOM
R_work	0.1972	-	-	-
obs	0.1997	142574	99.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.76 Å² / B_iso mean: 42.362 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.9 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→101.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16773	0	270	822	17865

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	17803
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.757	1.964	24262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.939	5	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.014	24.281	848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.646	15	2861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.81	15	110
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	2694
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	13608

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	452	-
R_work	0.274	9401	-
all	-	9853	-
obs	-	-	98.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	15.4964	-0.938	3.7438	15.2529	0.9375	19.5264	0.3569	-1.0522	-1.3278	0.4603	0.0868	0.2379	0.6299	-0.6978	-0.4437	0.3286	-0.1028	0.0265	0.1585	-0.0021	0.4568	100.4667	5.299	-11.8343
2	1.8285	0.2249	0.1314	1.2493	0.3407	1.4856	-0.0003	0.1883	-0.0642	-0.1396	0.0352	-0.0319	0.0442	0.096	-0.0348	0.028	-0.0022	0.0047	0.0894	0.0111	0.0123	116.1893	30.5483	-8.9443
3	17.8865	-0.3219	-6.4152	12.8279	1.5374	16.7009	-0.2895	-0.8806	-0.1245	0.4075	-0.0689	0.0879	0.2679	0.0193	0.3585	0.3116	-0.1248	-0.1407	0.1126	0.0525	0.2055	77.5981	8.2902	3.6425
4	1.5572	0.4864	0.0059	1.3461	-0.0749	1.1724	-0.0075	0.1698	0.0031	-0.1302	-0.0024	0.0088	-0.0359	-0.1142	0.01	0.0459	0.0239	-0.0222	0.1109	0.013	0.0227	88.7971	33.2607	-10.5097
5	20.6567	-3.0311	2.3537	16.6259	-1.8101	3.4407	0.6919	-0.0962	-1.2687	0.0097	-0.0136	-0.4416	1.2576	0.7104	-0.6782	0.6863	0.1767	-0.2166	0.3288	0.013	0.5124	84.3915	8.1253	28.7819
6	1.5111	0.037	0.1359	1.1031	-0.1508	1.5064	0.0194	-0.1691	0.008	0.0518	0.0022	0.1777	0.0419	-0.2298	-0.0216	0.0429	0.0287	-0.0082	0.1186	-0.0111	0.0618	78.8964	35.4148	15.2529
7	15.429	-0.7212	-5.301	4.7509	2.1057	3.9359	-0.3832	1.3794	-1.4731	-0.332	-0.1379	0.3216	0.1473	-0.2445	0.521	0.7619	0.1424	-0.0268	0.4191	0.0109	0.5669	109.1143	4.8017	28.1398
8	1.8238	-0.0667	-0.2554	1.9078	-0.2809	1.6985	0.0182	-0.2702	-0.0226	0.14	0.0128	0.0347	0.0121	0.0103	-0.031	0.0496	0.0023	-0.0132	0.1663	-0.0174	0.0101	100.0894	33.473	32.8642
9	7.3672	-0.7692	-0.6428	7.3595	-0.6832	26.5671	-0.027	0.503	-0.0934	-0.3063	0.2396	0.1626	1.3408	-1.2449	-0.2127	0.4106	0.0068	-0.0546	0.1989	-0.0598	0.5765	120.7426	3.3134	1.8977
10	1.2413	-0.1108	-0.1497	1.1851	-0.0802	1.6633	-0.0273	-0.1593	-0.0469	0.1138	-0.0039	-0.1783	0.0509	0.2479	0.0312	0.0194	-0.0071	-0.0226	0.1565	0.0104	0.0589	122.9852	30.4449	17.6194
11	13.4853	-1.5458	-6.2522	8.096	2.3567	3.8203	-0.3316	-2.0642	-2.0144	-0.0938	0.0308	0.0034	0.359	0.1065	0.3009	0.5558	-0.3073	-0.1909	1.5852	0.8445	1.0508	123.6898	74.5958	-11.9993
12	1.7086	-0.1428	0.1175	1.482	-0.0345	1.6737	0.0697	0.2092	-0.0335	-0.1813	-0.0235	-0.0362	0.0299	0.1362	-0.0461	0.073	0.0096	0.0037	0.1269	0.0198	0.0118	138.683	100.4067	-8.9817
13	1.8855	0.048	-0.3484	1.8386	-0.1849	2.1222	0.0798	-0.046	-0.5056	0.1655	-0.0535	0.1729	0.501	-0.4675	-0.0263	0.2449	-0.0299	-0.055	0.3059	0.0397	0.1833	108.0412	93.2407	-5.7333
14	1.8532	0.1825	-0.0968	1.4333	-0.0298	2.2491	0.0315	0.1653	-0.013	-0.1082	0.0228	0.0651	0.063	-0.2615	-0.0542	0.0837	0.0468	-0.0353	0.1645	0.0292	0.0385	110.9082	103.1094	-10.7809
15	19.8595	-2.1311	-2.3095	13.1651	-0.2481	0.4236	0.0784	0.3052	-0.9421	-0.2482	0.1677	-0.3234	0.2559	0.0055	-0.2461	0.7743	0.0553	-0.343	0.2072	-0.0458	0.7749	106.7618	76.7854	27.7287
16	1.3748	-0.0646	0.1741	1.266	-0.2657	1.5702	0.0238	-0.0867	0.0327	0.0802	0.0501	0.2248	-0.0122	-0.3026	-0.0738	0.1011	0.0364	-0.0004	0.1962	0.0043	0.0757	101.1771	104.4631	15.2657
17	19.4026	-1.2232	-2.4929	10.0962	2.0301	7.8071	-0.0122	1.1183	-1.3891	-0.0829	-0.3354	0.4151	0.5321	-0.2071	0.3477	0.612	0.0673	0.0417	0.2974	-0.0173	0.3959	131.862	74.4138	27.9441
18	1.7899	-0.2063	-0.2427	1.7672	-0.1449	1.7306	0.0515	-0.2174	-0.0112	0.1269	-0.015	0.0486	-0.0538	0.0118	-0.0366	0.0846	-0.0283	-0.0154	0.142	-0.0171	0.012	122.3893	102.6466	32.8136
19	7.8513	-0.4673	1.5297	10.7893	3.216	19.1304	0.2316	0.3281	0.1414	0.0436	0.0071	0.1919	0.6756	-1.0498	-0.2387	0.2314	0.0492	-0.079	0.1147	0.0102	0.3731	143.842	73.3725	2.4424
20	1.1105	-0.3291	-0.2202	1.3323	0.1623	1.6153	0.0131	-0.1493	0.037	0.1103	-0.0156	-0.1881	-0.0935	0.318	0.0025	0.0528	-0.046	-0.0161	0.1744	0.0097	0.0631	145.5165	100.5469	17.5591

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	20 - 208
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	-3 - 18
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	20 - 208
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	-2 - 18
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	20 - 208
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	-2 - 19
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	20 - 208
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	-4 - 17
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	20 - 208
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	-1 - 19
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	20 - 208
13	X-RAY DIFFRACTION	13	G	-3 - 66
14	X-RAY DIFFRACTION	14	G	67 - 208
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	-1 - 18
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H	20 - 208
17	X-RAY DIFFRACTION	17	I	-2 - 19
18	X-RAY DIFFRACTION	18	I	20 - 207
19	X-RAY DIFFRACTION	19	J	-5 - 19
20	X-RAY DIFFRACTION	20	J	20 - 208

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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